綜上所述，隨著巡航導彈性能的不斷改進和完善，以及巡航導彈“克星”和措施的日益多樣和加強，可以說，“矛”越來越利，“盾”愈用愈堅。但反巡航導彈武器係統的實際研製和部署情況，不僅與存在的現實威脅有關，也日益受到經費的製約。例如，美國打算采用以采辦費和全壽命費用最低為中心的分階段的采辦戰略，製定“一項有潛力的、負擔得起的計劃，初期部署過渡性的係統，當威脅確實擴大時，可迅速作出反應，部署高性能的係統。”從各軍事強國當前研究反巡航導彈武器係統的現狀和其發展趨勢看，未來對巡航導彈的防禦將主要本著“高效”和“節約”的原則，同時向兩個方向發展。
一是改進現有的防空係統，使其具備反巡航導彈的能力。美、俄等國除繼續改進現有的防空導彈係統，增強反巡航導彈的能力以外，還將大力提高戰鬥機在反巡航導彈中的作用。主要途徑是：提高預警機雷達的靈敏度並加裝紅外探測設備，以提高預警機對巡航導彈的探測距離和探測的可靠性，從而把戰鬥機引導到作戰空域；改進戰鬥機的下視下射雷達並安裝紅外搜索與跟蹤裝置，以便能在地麵雜波幹擾的情況下發現巡航導彈；改進空空導彈的導引頭和引信，使其能有效地對付巡航導彈。
二是新研製的係統也要求盡可能具有反巡航導彈、反各種飛機和反戰術彈道導彈的能力。例如，美國、德國和意大利正在聯合研究“擴大的中程防空係統”（MEADS），作為多層防禦的低層防禦係統，要求它能攔截各種飛機、巡航導彈和戰術彈道導彈。美、以正在聯合研製的“鸚鵡螺”戰術高能激光武器，能使19千米遠處飛行的導彈的傳感器失靈，在4.8千米或更遠處將其摧毀。它主要用於對付近程戰術導彈和多管火箭彈，也可用作前沿地區或近程防空武器，以對付巡航導彈、無人機、攻擊型直升機等。在研製過程中，各國力求節約經費，以較少的經費研製出性能更好、造價更低的反巡航導彈武器。
反巡航導彈的對策
巡航導彈的出現使戰爭變得更加複雜，也使同巡航導彈作鬥爭的防空武器和抗擊理論成為現代軍事理論中的一項新課題。國內外大量研究表明：采用分層處理可有效對付巡航導彈的攻擊。在預警捕獲目標之後，首先用攜帶空空導彈的戰鬥機實施外層消耗性打擊；其次采用地麵或艦隊區域防空實行第二層攔截；最後由密集陣和製導炮彈攔截，攔截的同時還可采用煙幕和GPS幹擾，以及偽裝隱蔽與欺騙等技術措施。
一、巡航導彈的抗擊對策
巡航導彈具體對策有如下幾種：
（1）加緊研製新型反巡航導彈的防空武器。如：美國的“愛國者”，是一種防空、反導兼容型防空導彈。海灣戰爭中，“愛國者”大戰“飛毛腿”的畫麵讓人們驚歎不已；俄國的S-400“凱旋”導彈，是當今世界最先進的防空導彈之一；美國的“宙斯盾”導彈，是美國研製的一種全天候、中遠程艦對空導彈，經過多次改進，已演變出16種型號，成為世界上裝備數量最多的艦載防空導彈；俄國的“安泰”-2500導彈，也是在S-300導彈基礎上研製的。它是一種機動式反導、反飛機通用導彈，可攔截各種飛機、巡航導彈；以色列的“箭”-2導彈，是以色列與美國合作研製的一種防空導彈，其攔截高度為10~40千米，作戰距離為90千米，殺傷概率達90%，具有一定的低層防禦能力，目前已具備作戰能力。147
（2）遠程攔截。就是使用先進的防空導彈，在準確及時的偵察預警保障和嚴密可靠的防護抗擾掩護下，對飛行中的巡航導彈實施盡遠攔截。
（3）近程擊毀。就是綜合利用陸、海、空軍防空力量和人民防空力量中現裝備的各種型號的高炮、高機和單兵防空導彈等防空兵器，沿敵巡航導彈的飛行航路，形成遠中近程與高中低空相結合的立體防空火網，攔截敵巡航導彈。