利用這種低溫敏核不育係，就可以進行實用性的兩係法雜交育種。
在袁隆平的指導下，羅孝和等人很快摸清了水稻感溫部位和穩定溫度的關鍵日期，於1993年在自交繁殖的溫度敏感期，采用冷水串灌降溫、穩溫的辦法，獲得成功，使不育係的自交繁殖畝產達到127公斤，真正發揮了高溫製種、低溫自繁的雙重效用，兩個方麵都達到了可投入生產應用的水平。兩係法雜交水稻的實際應用從此真正地成為現實。
羅孝和為兩係法的成功投產立了大功，袁隆平果然兌現許諾，給予重獎。
後來，不育起點出現了溫度漂移的現象，也就是原來在攝氏24度以下不育的品種，不育起點溫度竟然逐代恢複到24度以上。袁隆平設法攻克了這一難關。
1995年袁隆平鄭重宣布：兩係法雜交水稻研究基本成功。
原中國水稻研究所所長閔紹楷先生感慨地說，袁隆平真令人欽佩，在每一個關鍵時刻，每一個困難麵前，他都不動搖，各種困難都難不倒他。
在兩係雜交水稻育種理論的啟發下，兩係法雜交高粱、兩係法雜交油菜、兩係法雜交棉花、兩係法雜交小麥相繼研究成功。我國農作物育種創造出了新的輝煌。
追求更高的奮鬥目標
20世紀90年代初，總部設在華盛頓的世界觀察研究所所長萊斯特·布朗博士發表了一篇長文《誰將養活中國？——來自一個小行星的醒世報告》。
萊斯特·布朗博士是美國經濟學家。他在文章中認為，中國僅有占世界7%的耕地，要養活占世界22%的人口，如果走日本、韓國或台灣高速工業化的發展道路，中國將失去大量農田，糧食將無法自給，結果將會引起世界的糧價上漲和糧食短缺。
1996年9月，袁隆平在北京參加全國科技十傑表彰大會，在人民大會堂發表了題為“攀登雜交水稻研究新高峰，解決中國人吃飯問題是我畢生的追求”的演講。
他針對布朗博士提出的尖銳命題，在演講中作出了有力的回答——
我從30多年的雜交水稻育種科研實踐中，深深體會到：雜交水稻蘊藏著巨大的增產潛力，我們現在正在從事培育產量更高、米質更好的雜交稻的科技研究，這對進一步提高我國水稻的產量和品質具有重要意義，再加上其他綜合增產措施，中國完全有能力解決自己的吃飯問題。
袁隆平決定向更高峰發起衝擊——選育超級雜交稻！他計劃用3~5年時間育成大麵積種植平均畝產超800公斤、米質達部頒二級、抗兩種以上主要病蟲害的超級雜交稻。
超級雜交稻研究項目需要更大的投入，袁隆平說：“研究水平越高，對設備、儀器、人員各方麵的要求也越高。現在有些人在美國不願意回來，我不敢用優惠政策來許願要人家回來，因為我沒有錢。如果有了錢，我就可以有優惠政策，可以給他幾室幾廳，給他10萬元年薪，他就可以來。我可以把科研條件準備好，現在進入分子水平了，很多東西我們不能靠那些老儀器在那裏搞，我們把實驗室武裝一下，現代化一下，就可以吸引人才。”
這一項目得到了國務院總理朱鎔基的高度重視。1998年，朱鎔基總理特批1000萬元予以資助。
1998年6月24日，湖南省四達資產評估事務所在長沙舉行資產評估結果發布會。他們宣布：通過210天的工作，對11萬組數據資料進行嚴格審查論證，評定“袁隆平品牌”的無形資產價值為1008.9億元。這個消息在社會上產生了廣泛而強烈的反響。
1998年12月，著名電視人楊瀾在國家雜交水稻工程技術研究中心的育苗暖棚裏采訪了袁隆平。
楊瀾：報紙上說您這個品牌值一千億元，您回家跟自己的太太談論這件事的時候，她有什麼看法？
袁隆平：從來沒有談，我對這個看得非常淡薄。我現在的思想主要集中在我的研究上麵，對這個問題根本沒有考慮。
楊瀾：我想，可能另外一個數字對您現在更有實際的意義：朱鎔基總理給您批了1000萬元人民幣的研究經費，以期盡快地研製出超級水稻。這方麵的進程怎麼樣？什麼時候能夠完成這個項目呢？
袁隆平：我頭一天把報告遞給總理，第二天就批下來了，所以說給了我們搞科技的人員極大的鼓舞。但這也是很大的壓力。我們計劃在5年之內育成這個超級雜交水稻，爭取3年完成。
楊瀾：這是不是您在有生之年最大的一個願望？
袁隆平：我在有生之年有兩大願望：第一個願望是要把超級雜交水稻培育成功，並且應用在生產上；第二個願望就是把雜交水稻推向世界，造福全人類。