對雜交水稻的美好前景，袁隆平充滿了信心。1989年2月的一個夜晚，他做了一個美妙的夢。他夢見自己在安江農校的水田邊散步，發現田裏的禾苗長得比高梁還高，穀穗比掃帚還長，穀粒像花生米那樣大。他和朋友們在高大的禾苗下聊天、乘涼……
他一生都富有夢想又有實幹精神，總是不斷地實踐著雜交稻研究的新探索。
冷靜地看待榮與辱
袁隆平的科研成果在生產實踐中產生了令世界矚目的巨大效益，且在國際上獲得了廣泛承認和各種榮譽，湖南省人民政府於1991年5月鄭重地推薦他為中國科學院生物學部委員（院士）候選人。
但是，這年新增了34位生物學部委員，袁隆平卻榜上無名。
第二年，湖南省人民政府再次申報推薦，袁隆平仍然沒有評上院士。
這個結果讓人弄不明白其中因由。新聞界有記者評述：袁隆平評不上院士比評上引起的震動更大。
袁隆平對此抱一貫的超脫態度，他平靜地回答記者：“我沒當選為院士，說明我的水平還太低，我還要努力學習，繼續‘充電’，使自己的學問不斷完善，不斷提高。”
不久後，一家報紙在頭版頭條上刊登了一篇座談紀要，一些有身份的人發表看法，大肆貶斥雜交水稻，說雜交稻是“三不稻”，即“米不養人，糠不養豬，草不養牛”。
對這些貶斥雜交稻的論調，袁隆平不得不出來說話了。他以讀者的身份寫了一封信，《人民日報》以《雜交稻既能高產又能優質》為題於1992年6月18日刊發出來。這篇文章短小精悍，樸實無華，用鐵一般的事實說話，具有強大的說服力。
袁隆平寫道——
目前，全國種植麵積最大、產量最高的一個水稻良種叫“汕優63”，它是雜交稻。近幾年的年種植麵積都超過一億畝，平均畝產穩定在500公斤左右，不僅產量高而且品質好，被評為全國優質秈稻米。
的確，在我國南方生產的稻穀中，有相當一部分米質較差，這主要是雙季早稻。目前積壓的稻穀以及曆年來糧店出售的大米，大多數是這種早秈稻。……其實，雜交稻、常規稻與其他農作物一樣，品種不同，產量和品質是有差別的，有的甚至很懸殊。一般地說，大多數雜交稻品種的米質屬於中等，其中也有個別雜交品種的米質較差，但絕不能以個別品種的優劣來概括一般。
1991年12月，廣東省韶關市召開了一次稻米品質鑒定會……采取編號保密和無記名打分投票方式進行鑒定。結果，名列榜首的是產量很高的雜交稻新品種“香優63”。這個事實生動地說明，雜交水稻既能高產又能優質，具有誘人的前景，絕對不是什麼“三不稻”。
這封信發表後，增強了廣大農民群眾種植雜交稻的信心。同時，袁隆平在改良米質方麵下了更大的工夫，他後來指導尹華奇培育的“香兩優68”，邁出了早稻米質更新換代的新步伐。
湖南省委和省人民政府在兩次推薦袁隆平參評院士都落選的情況下，於1992年9月15日鄭重作出決定，授予袁隆平“功勳科學家”的榮譽稱號，並在長沙舉行了隆重的授勳儀式。
直到1995年，經湖南省第四次推薦，袁隆平終於當選為中國工程院院士。
兩係法成功
從三係法過渡到兩係法的研究過程中幾經波折，甚至出現重大挫折，袁隆平以過人的膽識和豐富的經驗，幾度調整研究方案，使得兩係法雜交水稻研究得以順利進行。
他仔細研究了長江流域有記錄以來的所有氣象資料，除在平原、丘陵地區設點實驗外，還在海拔200～2000米的山區不同高度上設立多個實驗點，同時開展轉育實驗。
他找來外號叫“樂嗬嗬”的羅孝和，要他盡快培養出一個不育起點在攝氏24度以下的兩用不育係來。
羅孝和剛經曆了一場“割耳朵事件”，心裏很不痛快。
原來，羅孝和見到有些人私下裏做種子生意發了財，去年也就去幹了點“私活”，打算賺點錢，沒想到反而賠了本。他用尚不成熟的兩係法在新化縣搞了100畝雜交製種，結果父母本花期嚴重不遇，每畝隻收到2.5公斤種子。大受損失的製種農民捉住他不放，急得他趕緊向袁隆平求救：“快彙錢來救我，農民要割我的耳朵了。”袁隆平急忙彙去兩萬元錢，給他賠償農民的損失，他才得以脫身。
袁隆平要他一心一意搞好這個項目，用基金資助他進行實驗，答應搞成功後給予重獎。
羅孝和沒有辜負袁隆平的期望，1991年培育出了一個不育起點為攝氏23.3度的低溫敏核不育係，定名為“培矮64S”，當年8月通過了“863”專家組的鑒定。這給袁隆平的理論設想提供了一個有力的佐證，表明不育起點溫度低於攝氏24度的低溫敏兩用核不育係完全可以培育出來。