我認為，過去我們由常規育種進入雜交育種領域的辦法是由簡到繁，但今後，雜交水稻育種的方法，必然要由繁到簡，從“三係”簡化到“兩係”再到“一係”；雜種親緣的利用範圍必須由近到遠，從品種間推遠到亞種間再到遠緣間；雜種優勢必須由強到超強方向發展。——袁隆平
在水稻育種科學領域裏，袁隆平站得很高，看得很遠，是一個不斷求索、永無止境的科學巨人。——（江蘇省農科院研究員）鄒江石
新的戰略設想
麵對成功帶來的各種榮譽，袁隆平沒有沉醉，依然探索不止。
1987年，袁隆平發表了具有裏程碑意義的重要論文《雜交水稻育種的戰略設想》，更加詳盡地論述了他在首屆國際雜交水稻學術會議上的新設想。
他高瞻遠矚地提出：超越三係法品種間雜種優勢利用，過渡到兩係法亞種間雜種優勢利用，最後實現一係法遠緣雜種優勢利用。這將是雜交水稻的三個戰略發展階段。
這一年，國家啟動“863”計劃。兩係法雜交水稻研究被確定為“863”計劃生物工程中的第101—1號專題。袁隆平被指定為該專題組組長和責任科學家，牽頭組成了兩係法雜交水稻研究協作組，開展了全國性的協作攻關。
“863”計劃是我國高科技研究的一項重大舉措。1986年3月，我國著名科學家王淦昌、王大珩、陳芳允、楊嘉墀聯名向中央遞交了一份題為“關於跟蹤研究外國戰略性高技術發展的建議”的報告。
這個報告指出，由美國“星球大戰”計劃、西歐“尤裏卡”計劃，及其他國家的相應高科技計劃，帶來了世界高技術的迅猛發展，形勢逼人。鑒於我國的經濟實力，一時無法在整個科技領域與發達國家展開全麵競爭，建議及時開展以下工作：
1．對於影響國力的高技術，強調一個“有”字，也就是不從數量和規模上與發達國家比，但“有”與“沒有”大不一樣。我國的“兩彈一星”在數量和規模上都無法與美國等國家相比，但由於我們也“有”了，我們才有了今天的國際地位。
2．通過有限項目，在高技術上起到帶動一片的作用，而不是全麵鋪開，以取得高效率。
3．對國際進展積極跟蹤，通過科學實踐摸清關鍵，在實踐中也要有所創造，爭取進入國際同行的俱樂部，得到交流的機會。
4．充分發揮多年來發展尖端技術而培養出來的技術骨幹的作用，通過有形的項目培養新生力量，為跨世紀的發展作好準備工作。
他們在報告中提出，要以有限的投入，取得最大的效益，並培養出後繼人才。
這份報告送上去的第三天，鄧小平親自作出批示：“這個建議十分重要。”國務院責成有關部門迅速擬定了《高技術研究發展計劃》，簡稱為“863”計劃。當年11月，中共中央和國務院批準了這個關係到國家前途和命脈的重大科技發展計劃。
作為“863”計劃生物工程第101—1號專題組組長和責任科學家，袁隆平感到雜交水稻的研究獲得了更好的發展機遇，同時也深感責任重大。他像以前一樣，在實驗田裏忙開了。有人勸他，你年紀大了，要少下田，注意休息。袁隆平樂嗬嗬地說，關在屋子裏手腳發癢，下田搞實驗，才有樂趣。
過去的三係法雜交育種材料，由於不育係自身不能繁殖後代，必須用保育係跟它雜交，再用不育後代與恢複係進行雜交，從而獲得供給大田生產的種子。湖北水稻專家石明鬆在“農墾58”的晚稻田裏偶爾發現，裏麵有3株雄性不育株很特別，它們在夏天的長日照條件下保持雄性不育，在春秋短日照條件下則自動恢複雄性可育。也就是說，這3株雄性不育株受光照、溫度的影響而呈現不一樣的生育特性。石明鬆提出，利用這種不育係，在長日照、高溫度的夏天直接進行雜交製種，而在短日照、氣溫較低的春秋進行自然繁殖。
石明鬆的設想與袁隆平的思路不謀而合，他的發現打開了水稻兩係法雜交育種的大門，得到袁隆平的充分肯定和高度重視。
經過幾年實驗，結果卻不像理論上設想的那麼美妙。袁隆平再一次激發了“不要在一棵樹上吊死”的靈感，發動專題組的全國各協同單位，去尋找新的育種材料。1987年7月，李必湖的助手鄧華鳳在安江發現了一株受光、溫條件控製的秈稻核不育株，引起了袁隆平的極大興趣。
經過三代繁殖，鄧華鳳發現的這株不育株在安江盛夏高溫的條件下，不育株和不育度都達到100%，保持不育的期間長達50天以上。而在這50天之前或之後抽穗開花，則全部表現為雄性可育，可自交結籽。
袁隆平親自主持鑒定會，把它命名為“安農S—1”光、溫敏核不育係。他非常高興，他的助手李必湖在27歲時發現了“野敗”，現在李必湖的助手也是在這個年紀發現了給“兩係法”帶來希望的“安農S—1”。雜交水稻研究人才輩出，他感到十分欣慰。