坤寧宮改建後，就成了清宮薩滿祭祀的主要場所，但中宮的地位並未改變。康熙四年（1665年）玄燁大婚時，太皇太後指定大婚在坤寧宮行合巹禮。此後同治帝、光緒帝的大婚以及溥儀結婚，也都選在坤寧宮舉行。雍正帝後，皇帝移住養心殿，皇後也不再住坤寧宮，所以坤寧宮實際上已成為專供薩滿教祭神的場所了。
坤寧宮內的祭祀活動
清代，皇宮中有許多專門的祭神、祭祖場所，祭神在坤寧宮，祭祖在奉先殿。
坤寧宮的祭神活動很頻繁，每天都有朝祭、夕祭，平時還有司祝、司香、司俎等人祭祀。大祭的日子，皇帝皇後還會親自參加。所祭之神包括釋迦牟尼、關雲長、蒙古神、畫像神等多尊神像。祭祀時，要進獻糕點、酒，還要殺豬、唱誦神歌，並有三弦、琵琶、禱鼓、拍板等伴奏。平時的小祭，每天會宰豬4口；春秋大祭時，要宰豬39口。每年都要用700多石紅黏穀做糕酒，且就在宮內殺豬煮肉、做糕，就地吃肉。現在坤寧宮內還保留著當年殺豬用的刀、案，以及煮肉的大鍋等。
祭祀時，先要將神像陳列在西炕上，供器、供品陳設在炕上炕下。朝祭大多在清晨4點左右開始，由一名俗稱“薩滿太太”的滿族婦女充當司祝，主持祭儀。她手擎神刀，口誦神歌，既歌且舞，三弦、琵琶、拍板及拍掌人伴奏。這時，主廚太監進活豬兩頭，豬頭朝關帝像，先用清水灌豬耳，於神前殺豬、剝皮、肢解，然後放入大鍋裏煮熟，供獻到神前。
夕祭是在下午4點左右，所祭神靈有穆哩罕神、畫像神、蒙古神等，屬於多神崇拜。神像安放在北炕上，供物在前。薩滿太太腰係閃緞裙和腰鈴，手持手鼓，盤旋舞蹈。然後薩滿太太解掉內裙和腰鈴，祭品獻上後，在屋內展掛黑綢幕布，將門窗遮得嚴嚴實實，室內熄燈，灶中滅火，讓屋內一片漆黑。除執鼓板太監外，大家都要出去，將門關死。過一會兒，薩滿太太忽然搖響神鈴，誦神歌禱祝，如此三次才能開門，撤掉帷幕，點起燈燭。這就是所謂的“背燈祭”。每次朝祭撤下的牲肉一般都會賞給值班大臣和侍衛等當場食用。
皇帝怎樣行大婚
清朝共有十個皇帝，而在皇宮內舉行過大婚的，隻有順治、康熙、同治和光緒四個皇帝。
皇帝大婚要經過納彩、大征、冊立、奉迎、合巹、慶賀和賜宴等七個程序。皇帝到了大婚的年齡，首先要由太後和近支的王公大臣議婚確定皇後。選定後，先要舉行納彩禮，也就是向皇後家贈送彩禮，以示定婚，彩禮主要是馬匹、布帛之類。贈送彩禮的儀式在太和殿舉行，選定吉時，宣製官宣布皇太後懿旨，正、副使臣抬彩禮，衛士牽著馬匹，在禦仗前導下出太和中門，直到皇後府邸。皇後的父親此時要穿著朝服，率全家在大門外跪迎。接受彩禮時，再率子弟朝皇宮方向行三跪九叩。納彩後，皇後家還要舉行納彩宴。
迎娶皇後前，還要舉行大征禮，再向皇後家送一次大婚禮物。數目比彩禮要多，包括黃金、白銀及金、銀器皿等。
大婚中最隆重的要屬冊立和奉迎禮了。這一天，京城內外、全國上下，人人都要穿紅戴綠，家家張燈結彩，宮內更是一片喜氣。宮內禦路紅氈鋪地，宮門、殿門紅燈高照，主要宮殿還要懸掛喜字彩綢。皇帝同時要派官員祭告天地、太廟。這天，迎親儀仗隊會簇擁著皇後儀駕，由太和門出發，直奔皇後府邸，皇後父親還要率子弟穿朝服在大門外跪迎。內監宣讀冊文（即封後金冊）、寶文（即皇後印），皇後再拜位跪聽。冊文和寶文實際就是皇帝封給皇後的“身份證”，表示皇後的合法性。吉時一到，皇後要升鳳輿喜轎，正、副使乘馬先行，鳳輿近前有命婦四人騎馬前導，後有七人騎馬後護，內監在鳳輿左右扶輿步行，內大臣、侍衛均騎馬壓後，浩浩蕩蕩地奔赴大內。
坤寧宮中保留的東暖閣，就是皇帝大婚時暫住的洞房，大婚合巹禮也在這裏舉行。在合巹宴上，帝、後要對飲交杯酒，唱交祝歌。
大婚後，帝、後分別到慈寧宮向皇太後行朝見禮。皇帝還要在太和殿舉行大朝慶賀禮，接受文武百官、外國使臣的祝賀，同時還要頒發詔書，告示天下。慶賀禮後，皇帝還要在太和殿設宴，宴請皇後的父母及群臣。
皇帝的洞房什麼樣
清朝按其滿族習慣，將坤寧宮改成了祭神之所，隻保留東暖閣作為皇帝臨時的洞房。皇帝大婚後，皇後可在東西六宮選擇一處居住。現在參觀故宮的坤寧宮時，還能看到光緒皇帝大婚時的洞房原狀。
那麼，皇帝和皇後的洞房究竟什麼樣呢？