乾清宮的東西兩側還各有一個小院落，這兩個小院落中分別建了一座三間小殿，稱東西暖殿。東邊一座叫昭仁殿，是乾隆帝存放宋元版圖書“天祿琳琅”的書齋；西邊一座叫弘德殿，皇帝所居住的乾清宮，其實通常都是弘德殿。康熙後，每年正月初一一大早，皇帝都要在這裏吃餃子，碗上麵的一個餃子包了小銀錁，若一下箸即得之，則為大吉大利。晚清時期，小皇帝同治還曾在此地讀書上課。
乾清官的南、東、西三麵的廊廡，在清代也有很重要的用途。南廡東側（乾清門東）是皇子讀書的上書房，西側（乾清門西）是皇帝文學侍臣值班的南書房。東廡，日精門南是禦藥房，日精門北共有9間，每3間一個單元，共三個單元，南北兩頭是自鳴鍾處和禦茶房，中間是著名的端凝殿，存放各代皇帝所用過的朝珠和頭冠。西廡，月華門南是內奏事處，月華門北邊和東廡一樣，也分為三個單元，南端為批本處；中間為懋勤殿，北端為懋勤殿駙房。清朝之所以將這麼多重要的設施都設在此處，主要還是因為乾清宮是皇帝的正寢。
康熙為何要設立南書房
上麵我們提到了，在乾清宮東西廡房的南頭有兩個書房。東邊的是上書房，是皇子皇孫們讀書的地方，西邊的叫南書房，是皇帝文學侍臣值班的地方。這兩座書房都是康熙皇帝所設，而南書房則是康熙皇帝的書房，在康熙年間起過頗為重要的作用。
康熙本人很好學，早年就開設日講和經筵，每天都與講官們往來密切，但他還是覺得難以滿足自己對知識的渴求，稱乾清宮內的近侍“並無博學善書者，以致講論不能應付”，於是向內閣大學士提出選擇兩人“常侍左右，講究文義”。當時他選的兩人一個是翰林院的侍讀學士、日講起居注官張英，一個是流落在京的浙江窮書生高士奇，而且還特意讓內務府就近為他們找了住所，每天到宮中的南書房入值。此後，南書房就成了康熙習文寫字、讀史論經的重要場所。可以說，康熙在這裏吸取了不少前朝統治者的經驗教訓，也受到了漢族悠久文化傳統的熏陶。
此後，選拔到南書房任職的官員也逐漸增多。康熙選擇的主要標準是德才兼備，且不注重出身門第。高士奇是一個窮書生，但因寫得一筆好字，被破格選入。此外還有大名鼎鼎的朱彝尊，因出身“布衣”故被當時朝野稱為“野翰林”，但康熙卻認為他能詩善文，所以選他入了南書房。還有一個曾被關進死囚牢裏的方苞，康熙聽李光弟說他古文出類拔萃，因此赦免了他的罪行，讓他入職南書房。
康熙與南書房的官員關係甚密，經常和他們談詩論詞，而且對南書房官員的生活也很關注，每有進貢佳味美食，都會派入送到南書房，讓詞臣們嚐鮮。至於平時賞賜一些瓜果酒菜，更是常有之事。
正是因為康熙與南書房官員的關係密切，建立了“無異同堂師友”的關係，因此，康熙對南書房官員的信任程度也遠遠超過其他官員。久而久之，南書房的權力也越來越大，從不幹預政事到為皇帝草擬諭旨、參與機密工作等。最後，南書房幾乎有代替內閣之勢，舉足輕重，起到了不可忽視的重要作用。
嘉靖年間的乾清宮宮變事件
明朝嘉靖年間的乾清宮，後半部是供休息的暖閣，分上下兩層，都有樓梯相通。每間設有3張床，有的在上層，有的在下層，九間共27張床。皇帝可以任意在一張床上休息，其他人是很難找到的。但是，嘉靖帝因為長期醉心道教，終日齋醮煉丹，所以對妃嬪宮女迫害得極為殘酷，最後終於激起了她們的反抗。
嘉靖二十一年十月二十一日淩晨，在皇帝妃嬪曹氏、王氏的策動下，宮女楊金英、楊玉香、蘇川藥、邢翠蓮、姚淑皋、王槐香、關梅秀、劉妙蓮、陳菊花、張金蓮等人合謀，打算殺死嘉靖皇帝。當時，嘉靖帝朱厚熄正在睡夢之中，楊玉香首先將從儀仗上解下來的絲花繩搓成一條粗繩，楊金英用這根繩子拴成套扣，邢翠蓮找來一塊黃綾抹布，姚淑皋則一把將抹布蒙到嘉靖臉上，雙手掐了他的脖子，然後邢翠蓮按著嘉靖的前胸，王槐香按在他身上，蘇川藥把住左手，關梅秀把住右手，劉妙蓮、陳菊花按著兩腿。楊金英將繩套拴到皇帝脖子上，姚淑皋、關梅秀這一頭一個拚命拉繩子，大家像殺豬一樣，製住了嘉靖皇帝。可憐這位萬歲爺，先已被掐了個半死，再用繩子一勒，眼看就要沒命了。大概是他命不該絕，楊金英在準備送這位萬乘之尊上西天時，心裏一慌將繩子打成了死扣，姚、關兩名宮女拉了半天，扣子也沒勒下去，這反倒救了嘉靖。這時，宮女張金蓮見事不妙，背叛了姐妹們，跑到坤寧宮去報告了皇後。皇後得報後馬上入乾清宮救駕，剛一進門就被姚淑皋迎麵打了一拳，宮女王秀蘭叫大家把燈吹滅，張金蓮又叫人點上，後又被大家打滅。這時，宮女陳芙蓉跑出去將管事太監叫來，宮女們終於都被抓住了。嘉靖皇帝雖然沒有被勒死，但這卻是他有生以來見過的最可怕的陣勢，早嚇暈過去了，半天才醒來。
事後，這16位宮女都被淩遲處死。而曹氏、王氏這兩位妃嬪自然不便拉到街頭淩遲處死，可能是在紫禁城內被秘密處死了。