旁聽生是辦了手續的，有轉正的機會；偷聽生幾乎都是貧困交加的青年，未辦任何手續，住在廉租房內，基本以饅頭充饑。
某日，蔡元培和陳獨秀、胡適散步，發現了一個不曾去過的處所。經過詢問，才知這裏是“偷聽生住的拉丁區”。三人好奇，信步走進一間屋子，看到一個衣著寒酸的青年正在借微弱的燈光讀書，身邊放著兩個發硬的饅頭。陳獨秀性急，上去劈頭就問：“你是什麼人？在這裏幹什麼？”那學生自然認識眼前鼎鼎大名的三位精神領袖，結結巴巴地說自己是一個窮學生，連辦旁聽證的錢都沒有，但他真的很想聽豫才先生（魯迅）講課，所以……蔡元培微笑著叫他不要緊張：“旁聽證明天你到我辦公室去取，但現在你要跟我們去吃飯。”那學生感動得熱淚翻湧。
哲學家馮友蘭先生也曾講過一件蔡元培的小事。那是他在北大當學生的時候，到蔡校長的辦公室去過兩次，其中一次是為了弟弟開證明。當時北大的校長室是單獨一所房子，設在景山東街校舍的一個舊式院子裏，門口沒有傳達，誰去都能推門而入。北大的教授和學生對校長充滿尊敬，很少有人為小事打擾蔡先生。馮友蘭的弟弟馮景蘭在北京大學預科上學，河南省政府招考留學生，馮景蘭想去開封應考，需要一張北京大學的肄業證明書。時間緊迫，辦普通的手續來不及，於是馮友蘭寫了一封報告，直接去校長室找蔡元培。馮回憶道：房子裏中間掛了一個大幔子，我掀開幔子，看見蔡元培正坐在辦公桌後麵看文件。我走上去，他欠了一欠身，問有什麼事。我把報告交給他，他看了，笑笑說：“好哇，好哇，能夠出去看看好哇。”我說：“那就請校長批幾個字吧。”他提起筆來就寫了兩個字：“照發”。我拿著他的批示到文書科，看著他們辦好證明書，我拿著證明書就走了。
蔡元培給老北大人的印象都是謙謙君子，很少動怒，但他發起火來，誰都害怕。北大有很多洋教員，許多都是駐外使館介紹而來的，憑著過硬的關係，拿著高薪成日悠遊。蔡元培三番五次訓斥後不起作用，幹脆一紙勒令，辭退了幾個不合格的洋人。這下可捅了馬蜂窩，幾個洋鬼子紛紛跑到自己的大使館控訴，還到北洋外交部、教育部大吵，聯名威脅政府撤掉蔡元培。其中兩個英國教員克德來、燕瑞博鬧得最盛，氣勢洶洶地請英國公使朱爾典來北大“談判”，蔡元培不堪其擾，怒道：“各位先生聽明白了，這裏是中國！”朱爾典素來頤指氣使，當年民國總統袁世凱和孫中山為了謀求英國貸款，都對他百般逢迎，被蔡元培嗆了一通，自然氣得頭發都豎起來了，他狠狠道：“蔡元培，你以後別想再做校長了！”當然，這洋鬼子僅僅是威脅而已，後來告到法庭，校方勝訴。
蔡元培對北大的學生也發了次飆。
1922年10月19日，過於享受民主的北大學生鬧了點事。因為校長的寬厚性子，北大氛圍素來自由，一些成績不好卻熱衷於各種運動的學生得隴望蜀，動輒示威：教授出的試卷太難，他們鬧罷考；拋開校方，自己組織人手“管理宿舍”，將親戚朋友都帶進來住；更誇張的是，他們連講義的錢都不願意付！
學生上學都需要講義，這些講義由北大印刷，然後低價格賣給學生，本來無利可圖，學生們卻覺得校方沒能向教育部爭取更多的經費，就鬧起了罷課。北洋的政權都搖搖晃晃，教育經費自然時斷時續，蔡元培忍無可忍，但還是本著民主的態度對教務長說：你們罷課，老師就罷教。
領頭的幾個學生聽說校方居然采取這種方式應對，聚集了數百人要衝進校長室，毆打教務長，甚至衝擊校長室。當時已經50多歲的蔡元培大怒，突然衝出，麵對鬧事學生大聲喊道：“有膽的就請站出來與我決鬥。如果你們哪一個敢碰一碰教員，我就揍他。我和你們決鬥！”看著骨瘦如柴的校長氣勢洶洶挽起袖子要打，學生們氣泄，很快都散了。此次蔡元培雖然沒有答應這些不合理的要求，卻也深感民主也必須有規則，不能太過火。他回憶道：“廢止講義費之事甚小，而破壞學校紀律之事實大，涓涓之水，將成江河，風氣所至，將使全國學校共受其禍。言念及此，實為痛心。”