湯國梨冰雪聰明，一接到章太炎給她的遺囑，便即刻回信道：勿以家室為念。我居此奉母甚佳。我若入京，反轉累先生矣！同時致信袁世凱：……外子若不幸而遽隕，生命誠若鴻毛，特恐道路傳聞，人人氣短，轉為大總統之累耳。意思是：我丈夫才華蓋世，要是就這麼死了，世人都會罵你袁總統！
袁世凱簡直拿這一對活寶夫妻沒轍，無論章太炎做什麼，他都不聞不問，章的“瘋病”就變本加厲，每日大書“袁賊”二字，貼在住所的門窗上、桌上，動輒用手杖痛擊，稱作“鞭屍”；還扒下樹皮，寫上“袁賊”字樣，然後丟入火堆燒掉，高興地大呼“袁賊燒死矣”；每餐喝酒以花生佐食，邊吃邊罵道：“殺了袁皇帝的頭！”
1916年，袁世凱冒天下之大不韙稱帝，年號“洪憲”，攀龍附鳳之流推薦章太炎撰寫元旦草詔，袁世凱歎道：“如果以此事逼迫他，是加速其死之誌！我不願意讓太炎為禰衡，我豈能成為變相之黃祖呢？要是他真的死了，最起碼也是方孝孺，我可不能成全其美名。”此話傳到章太炎耳中，章輕蔑地說：“人家大明的天子姓朱，洪憲天子姓袁，我既不是禰衡，也不是方孝孺，袁世凱更不是明成祖朱棣，僅僅是乘亂而起，過一把皇帝癮的袁術而已。”
袁世凱稱帝徹底失了民心，蔡鍔在雲南樹起護國大旗，其他各省紛紛獨立，袁世凱一急之下重病纏身，連續吐血。1916年6月6日，當了83天皇帝的袁世凱一命嗚呼，被軟禁三年的章太炎終獲自由。
接著，段祺瑞踐踏中華民國臨時約法。孫中山到廣州建立“護法軍政府”，打算聯合廣西陸榮廷、雲南唐繼堯對抗北洋，章太炎也被邀請，出任軍政府秘書長。有人哄他“地位堪比國師”，章大喜前往，寫了幾篇痛罵段祺瑞的檄文，他又覺得才非所用，請纓去聯絡雲南督軍唐繼堯出兵。唐繼堯最終被說動，答應入盟，章太炎尤其興奮，讓人製了一麵大旗，比唐的帥旗還要大上一半，書“大元帥府秘書長”幾字，耀武揚威得意回粵，軍官們不免莞爾。西南軍閥根本不願與北方開戰，孫中山看清“南北乃一丘之貉”，忿然離開廣州。章太炎的國師也當得沒意思，落寞回到了上海。此後，章太炎揚言不再關心政治，專心學問，可南京國民政府成立之後，他又忍不住大放厥詞，諷刺蔣介石獨裁。幸好此老資曆相當深，小蔣奈何不了他。1931年“九·一八”事變爆發，張學良在短短三個月丟了東北三省，蔣介石也無意抵抗，章太炎怒不可遏，在報紙上痛罵：“有此總司令，此副總司令，欲奉、吉之不失，不能也。”“欲使此畏葸怠玩者，起而與東人（日本）爭，雖敝口瘍舌，焉能聽見？”
日本人占我東北後，又盯上華北五省，蔣介石居然讓何應欽與日本人簽訂喪權辱國的《何梅協定》，以“華北五省自治”。章太炎十分憤慨，作詩諷刺：淮上無堅守，江心尚苟安。憐君未窮巧，更試出藍看。意思是國民政府在淮河一帶不設防，竟把中原丟了，這就跟南宋無恥奸臣賣國後，還在江心寺喝酒逍遙一樣，可惜南宋奸臣伎倆不高明，今朝南京諸位可以青出於藍而勝於藍了。
此詩一出，廣為轉載，蔣介石十分惱火，委托國民黨中央監察委員主任張繼去勸導，張見了章太炎道：“兄當安心講學，勿議時事。”章太炎憤然問：“棟折榱崩，吾輩亦將受壓。而弟欲使人人不言，得無效厲王之監謗乎？”“誰使吾輩為小朝廷之民者？誰使同盟會清名被人揶揄嘲弄？”張繼隻能不吭聲。
1935年12月9日，“一二·九”學生愛國運動爆發，國民黨當局派軍警鎮壓。蔣介石一直沉迷於“剿共”，無視人民抗日激情。章太炎突發奇想，致書蔣介石：“既然國民政府不抗日，共產黨抗日熱情高亢，不如將察省交付於共產黨。”當然，如此高見，蔣介石自然不會采納。
1936年6月14日上午7時，章太炎因鼻咽癌、膽囊炎、氣喘病及瘧疾諸症並發，醫治無效，溘然長逝。臨終前，留下兩句遺囑：設有異族入主中夏，世世子孫毋食其官祿。章逝世時，全國政要、門生函電交馳，國民政府專門撥款，發布了以“國葬”資格相待的通告。