巫蠱之禍的真相大白後，劉徹雖然懷著憤怒的心情將曾經參與陷害太子的人誅殺殆盡，但他心中的悲痛卻更加深沉，經常神情萎靡，白天的時候精神恍惚，晚上卻睡不著覺。
這種狀況持續了約莫半年，這半年中，劉徹猶如回光返照一般想起他繼位以來的種種事情：建明堂，大搞頂禮膜拜；允許以錢贖罪，吏治逐漸腐敗；窮兵黷武，掏空國庫；增加賦稅，百姓的生活日益艱苦；耗費人力物力，從建元二年（前139）起建造自己的陵墓，一直到死前為止，建了五十餘年；又迷信神仙方術，幻想長生不死；而且還聽信方士之言大興巫蠱之禍，最後逼得皇後自縊、兒孫慘死……凡此種種，每當想起之時，劉徹心中就一陣抽搐，眼前就會浮現出太子劉據活著時候的情景。太子敦厚仁慈，素來反對他用兵，反對他用酷刑，當時他是那麼地反感，但現在，他深深覺得劉據當初的話有道理。這時候劉徹便自責起來，有時候在夜晚偷著哭，他是萬民麵前威武強勢的帝王，看起來永遠高高在上，但在心底裏，也有兒女情長，隻是他的責任太重，而他又隱藏得太深，沒人能看到而已。
劉徹捫心自問，認為自己登基以來雖然做對了許多事，但同時也做了許多錯事，這些錯事，尤其是逼死自己兒子一事，讓他已然心灰意冷，再沒了什麼雄心大誌。征和四年（前89），劉徹在輪台親自耕田，頒布了一道自我反省的詔書，這道詔書，就是《輪台罪己詔》。劉徹是這麼說的，說他自即位以來做了許多狂妄悖謬之事，讓天下百姓愁苦不堪，現在想起來，他後悔莫及。從今以後，凡是傷害百姓、浪費天下財力的事情，他都要一律廢止！
《輪台罪己詔》頒布以後，劉徹如他所說的那樣開始變更政策，休兵戈而與民休息。後來又聽取大鴻臚田千秋的建議，遣散神仙方士等為亂宮室的人，以避免太子之禍重演。