過了一年，到了征和三年（前90）時，劉徹愈加老邁，經常疑神疑鬼，擔心身邊有人要害他。在這種情況下，江充等人便借機將巫蠱之禍引到了宮中。江充就告訴劉徹，說他覺得宮中鬼氣森森，裏麵肯定埋著不少木頭小人，現在全國的木頭小人都已經被我清除掉了，就剩下宮中娘娘們的寢宮了。
劉徹一聽，立刻就明白了，袖子一揮，就讓江充去挖掘。江充這時候的膽子本就大到了驚人的地步，此時又得到劉徹的授權，就更加無所顧忌了。
當然了，膽子再大，還得小心從事，江充剛開始時的下手對象，是那些失寵的娘娘。失寵的娘娘調查完了，然後是一般的娘娘，然後是受寵的……如此循序漸進，等所有娘娘的宮寢都調查完，剩下的，就隻有皇後衛子夫和太子劉據的寢宮了。於是江充等人便氣勢洶洶地帶人衝進皇後衛子夫和太子劉據的宮中，大張旗鼓地四處發掘。
調查巫蠱是劉徹下的命令，皇後和太子雖然問心無愧，但也無法阻止。但讓人目瞪口呆的是，江充將皇後和太子宮掀了個底朝天後，竟然真的挖出了東西來，各種木頭小人呀，帛書呀什麼的，而且還不在少數。
如此一來，江充等人終於眉開眼笑了，可皇後和太子卻傻了眼了。
巫蠱之禍興起已經有一年了，其中的殘酷，太子劉據當然一清二楚。如今就連自己宮中也挖出這麼多木頭小人，一旦被牽連進去，恐怕將死無葬身之地。如此一想，劉據就害怕了，於是便去找老師石德問計。
問計的結果比較簡單，那就是不能坐以待斃。劉據這時候已經確定巫蠱之禍的最終目的，是有人要陷害他。這時候江充已經派人將證據送去甘泉宮，一旦那些誣陷的證據被劉徹知道，那後果是十分嚴重的。而最近幾年劉據母子二人與劉徹的關係又不太好，劉徹經常冷落著二人，劉據想要見劉徹親自說明真相，無奈連一點機會都沒有。
在這種情況下，劉據便去找母親衛子夫商量。劉據生性仁慈，遇到大事沒什麼主見，但衛子夫就不同了，做了幾十年的皇後，臨機決斷非常人能比。知道自己的兒子此時到了生死關頭，衛子夫便顧不得那麼多了，毅然決然建議兒子誅殺江充，等日後有機會，再向劉徹當麵澄清。
就這樣，劉據便征調侍衛抓捕江充等人。江充等一幹人沒想到劉據竟然如此大膽，一時間沒有防備，被劉據逮了個正著，其中韓說因反抗當場被殺，江充被抓，蘇文和章贛僥幸逃走。
抓到江充後，劉據的氣就來了，這家夥，竟然要把我往死路上逼。既然如此，那好啊，我便先送你去見閻王吧。就這樣，一是因為生氣，二是因為疏忽，劉據沒從江充身上尋找有利於自己的證據、供詞什麼的，一怒就把江充斬了。殺了江充後，為了防備不測，劉據便假傳聖旨到各營去調兵。
逃脫的蘇文和章贛知道這次把劉據惹毛了，心中也十分害怕，就跑到甘泉宮去報信，對劉徹說太子殺死了江充，已經起兵造反了。
劉徹雖然不怎麼喜愛劉據，但畢竟是自己的兒子，而且他對劉據還是比較了解的，聽說太子造反，卻不相信，便派人去查探。但查探的人早就和蘇文等人串通好了，根本就沒去找太子，在外麵溜達一圈回來後，就直接對劉徹說，太子真的反了。
劉徹一聽，這時候就開始生氣了。
這時候恰逢丞相劉屈氂派人送來急報，也說太子反了，向劉徹請示怎麼辦。
劉徹這時候確定無疑，便下令劉屈氂剿滅太子一黨，他要大義滅親。
就這樣，劉屈氂拿著劉徹的詔書，去各營調兵平叛去了。
且說太子劉據殺了江充後，雖然也去各營調兵，但由於沒有正式的詔令，所以各營將領都不敢擅自行動。這時候劉屈氂卻手持詔書正在調動各路軍馬，情急之下，劉據便下令釋放了長安囚牢中的囚徒，同時將長安百姓武裝起來，說江充等圖謀篡逆，皇上如今生死不明，以此來對付劉屈氂。
劉據雖然沒有什麼正規軍，但他組織起來的囚犯和百姓，還是很有些戰鬥力的。劉據和劉屈氂兩相交兵，這一戰竟然打了三天。三天之後，劉徹從甘泉宮移駕建章宮，親自來坐鎮平叛。長安百姓聽說劉徹還活著，紛紛拋下武器放棄抵抗。劉據無可奈何，隻能帶著兩個兒子逃出長安。
劉據逃亡後，劉徹勃然大怒，一氣之下便殺了許多和太子有牽連的人。群臣們見劉徹如此痛恨太子，都不敢說話，此時隻有一個人的膽子比較大，便給劉徹上了個奏章，希望劉徹能夠放過太子。這個人，名叫令狐茂，是陝西壺關縣管教育的一個小官。令狐茂在奏章上是如此說的，他說父子關係是天下最親密的關係，兒子絕不會奪父親的兵去造父親的反，太子之所以起兵，是因為有人製造了矛盾，而被殺的江充，就是挑撥陛下父子關係、陷害太子的人，太子之所以起兵，完全是為了自保，絕沒有反陛下的惡意。現在事情已經發生了，我們不能讓他再錯下去，為今之計，就是解除全國對太子的通緝，否則稍有不慎，太子恐怕會死於非命，陛下都時候就會後悔莫及。
令狐茂的話無疑是有道理的，劉徹看完奏章後心裏直點頭，但嘴上卻不承認。這時候，一件悲慘的事就發生了。
太子劉據逃到河南湖縣後，藏在一戶賣鞋人家的家裏。這家人雖然很善良，但無奈日子很窮，養不起高貴的皇子和皇孫。劉據也覺得主人家的日子不好過，這時候突然想起湖縣還有一個朋友，朋友的家境不錯，也許可以救濟自己。就這樣，劉據便讓人去找他的朋友。
但不幸的是，劉據派出去的這個人被官府給發現了，然後順藤摸瓜，最後找到了劉據。劉徹為了抓捕他心中的逆子，對有功之臣的獎賞是非常高的，在這種高利誘惑下，全國的大小官吏都十分賣力。所以，劉據和他的兩個兒子很快就被官府包圍了。
被包圍後，劉據就徹底絕望了。被自己的父親通緝，這件事是非常讓他難過的。就這樣，劉據終於選擇了死亡，死了，一切就都解脫了。於是，劉據選擇了懸梁自盡。劉據死後，他的兩個兒因為反抗也被殺了，與此同時被殺的，還有收留劉據的一家人。這次圍捕是十分血腥的，最後的結果是斬草除根，一個不留。而圍捕劉據的地方官員，很快就被劉徹封了侯。
劉據及其兩個兒子的屍體被運送到長安後，長安百姓是十分悲痛的。劉徹親眼目睹著兒孫的屍體，心中一陣難受，突然間似乎意識到了什麼，便派人去調查事情的前因後果。這一調查，真相就出來了，自己這個仁慈的兒子，果然是冤死的，而讓劉徹悲憤的是，那些逼死劉據的人，竟然都加了官封了侯。
追悔莫及的事情已經發生了，正如令狐茂當時所說的那樣。補救已然太晚，劉徹所能做的，隻有思念和報複。
巫蠱之禍真相大白後，劉徹的憤怒和悔恨是可想而知的，他覺得自己受到了前所未有的愚弄和恥辱。伴隨著喪子之痛的複雜心情，劉徹先是下令誅滅江充三族，又將黃門宦官蘇文活活燒死在黃門外的橋柱上，曾經追捕過劉據的一幹人等，許多人都受到了劉徹的無情誅殺。
做完這些，劉徹在劉據罹難的地方建造了一座宮殿，名為思子宮，其中又有歸來望思台，以示他對劉據的悲痛懷念之情。