實踐中也出現自發性的製度變革嚐試。例如，一些市縣以政府財力投資一些村莊的新農村建設，把節約出來的農村建設用地墾複為農業用地，再置換為城鎮建設用地。再如，一些大都市郊區的村鎮對房價地價的機會做出反應，加快新農村建設的力度，並在節約出來的農村建設用地上，開發商業樓盤供應市場（即“小產權”或“鄉產權”房現象）。這些自發的製度變革活動，既包含合理的因素，也潛藏某些法律、市場和技術的風險。試辦土地交易所，是要探索更規範、更大規模地利用市場機製來配置城鄉建設用地的製度安排。
《國務院關於深化嚴格土地管理的決定》（2004年國發28號文件）指出，“鼓勵農村建設用地整理，城鎮建設用地的增加要與農村建設用地減少相掛鉤”，“在符合規劃的前提下，村莊、集鎮、建製鎮中的農民集體所有建設用地使用權可以依法流轉”。土地交易所，是實現執行上述政策的一個具體手段。還要考慮到，城市國有土地使用權的市場化轉讓早已經走上軌道，而農民集體土地的依法轉讓還遠沒有起步，這種不平衡狀態，既影響我國土地資源配置的效率，也是導致城鄉收入分配不公的一個重要根源。試辦土地交易所的根本目標，是實現我國所有土地同製、同權、同價。這不但是解決當前緊迫經濟問題的一種嚐試，也是擴大社會公正和推進法治的一種探索。
重慶、成都是我國西部的中心城市，在實現國家西部大開發戰略中具有重要地位。率先在成渝兩地試辦土地交易所，可以為加快西部新農村建設籌措更多資本，也有利於增強西部中心城市的帶動和輻射作用。在起步階段，兩地可以各辦一個土地交易所；如果成功，還可辦成成渝聯合土地交易所，成為兩市、西部、中西部乃至全國的土地交易中心。
試辦的難題與風險
農民自用的建設用地權一旦經由市場競價，可能表現為驚人數目的貨幣財富。如何確保進入轉讓過程的農民土地物權不被攫取和侵占，確保土地指標交易的公開和公正，是辦土交所的第一難點。應明確，這不但是經濟體製改革的試驗，也是政治體製和行政體製改革的試驗。
土地交易所交易的是關於土地的財產權利。但是由於曆史原因，農村建設用地的權利劃分留有諸多不清楚之處，特別是土地所有權曾在人民公社三級主體之間有過很不穩定的分割，而土地所有權與實際的占用和使用權，也常常分屬不同的主體。在這種情況下，一旦啟動土地使用權交易，轉讓所得在農戶、鄉鎮企業和村集體之間究竟如何合理分配，需要探索可行的解決辦法。還要清醒地估計到，農民自用的建設用地權一旦經由市場競價，可能表現為驚人數目的貨幣財富。如何確保進入轉讓過程的農民土地物權不被攫取和侵占，確保土地指標交易的公開和公正，是試辦土交所的第一難點。應明確，這不但是經濟體製改革的試驗，也是政治體製和行政體製改革的試驗。
試辦期內，不可能廢除現行征地製度。因此，可納入土地交易所交易的，是每年征地數量以外的農村建設用地的增量。這就是說，土地的征地製和交易製將兩軌並存，並帶來相應的利益、機製和觀念方麵的矛盾和摩擦。從長遠計，兩製如何並軌，在方案設計時就應有通盤考慮。
試辦土地交易所涉及多個上下級政府部門之間的工作、管理權限和利益，因此，沒有強有力的和持續的部門協調行政能力，斷然辦不成這場改革。
試辦土地交易所，可能成功，也可能失敗。考慮到農村建設用地從投資整理、村莊重建、複墾、驗收、法律手續辦理到入場交易，需要經曆一個完整的流程，而土地交易所的興辦、運營以及交易規則為各方熟悉，也需要一段時間，因此，有必要承諾一個最起碼的試驗期（譬如5年），以穩定各方預期，更好地動員各方積極參與此項試驗，確保改革成功。