航空工業院所科研體製改革是一項具有革命性的重大舉措。目前，研究院所承擔著一批國家重點飛機型號研製任務，科研體製改革首先不能影響“殺手鐧”任務，應以飛機型號研製能力為基礎，構建和完善適應航空武器裝備建設和市場經濟發展要求的航空科研新體製。
1.按照抓“兩頭”的思路，重組骨幹航空科研能力。抓“兩頭”就是抓“總體能力”和“配套能力”。航空科研的“總體能力”應是軍民用飛機的總體設計研究能力；航空科研的“配套能力”應是飛機相關的配套專業基礎技術能力。圍繞“總體能力”和“配套能力”對研究院所進行重組整合。對“總體能力”的飛機（發動機）設計研究院所，通過擇優扶強或兼並重組，實現優化整合，作為航空工業科技體製的骨幹飛機（發動機）設計研究院所。對“配套能力”和“重點專業”，根據專業技術的關鍵程度，承擔任務的多少，選擇或重組關鍵技術研究能力較強的專業研究院所，作為骨幹飛機設計研究院所的技術支持單位。尤其是總體能力主機研究院所，在飛機研製保障條件建設和專業技術建設方麵予以重點支持，使其成為專業配套、設備精良、技術先進的骨幹型研究院所。
目前，中國一航已經完成一飛院等院所的整合，航空科研“總體能力”顯著增強。發展中國民用飛機，我國幾代航空人前赴後繼，屢戰屢敗，屢敗屢戰，付出了巨大的代價。一飛院成立後首次自行設計研製具有自主知識產權的ARJ21新支線飛機，如噴薄欲出的紅日，令世界航空巨頭刮目相看。
2.按照經費投入結構分類，建立“政府主體性”科研體製。科研經費投入結構，國外軍工科研院所一般分為兩大類。一類是發展中國家的“政府主體型”，即：政府投入科研經費份額占50％以上；一類是發達國家的“企業主體型”，即：企業投入份額占50％以上。我國應當屬於“政府主體型”。在和平時期，我國國防工業多數企業由於任務和生產能力不足，就是在承擔“殺手鐧”項目生產的特殊時期，企業效益相對好的情況下，也無法拿出巨額投資，成為科技投入主體。因此，按照“政府職責”原則，把研究院所真正建立成一個小攤子、高水平的“國家隊”，其組織結構與政策需要進行“特殊設計”，就是要擇優保留一支精幹的“國立研究院所”，由國家繼續提供充足的“皇糧”，保留事業單位性質。對那些必須由政府擁有和管理的特別重大的和沒有商品意義的項目（如軍民用飛機、導彈、發動機等），實施直接管理外，其餘均通過“合同”方式讓研究院所去完成。因此，政府主要做好四件事：一是製訂國家航空科研長遠規劃；二是給予資金支持；三是負責製定政策法規；四是負責進行監督、執行等工作。
3.按照“合同製”，建立科研與生產夥伴關係。國防科技體製改革的初衷之一，是要解決科研與生產“兩張皮”的問題。實際上，這種提法並不完全適合於航空工業的實際情況。長期以來航空科研，特別是國家重大型號研製項目，在市場 “需求牽引”下，從領導體製到組織指揮管理係統，以及規劃計劃製定與實施方案，在科研、生產組織過程中，實行了“政、產、學、研”結合的“一體化”領導體製，也就是說航空科研與生產結合得十分緊密。比如，在研製飛豹飛機中，一飛院、西飛公司、軍事代表室組建了現場指揮部，成立了“科研、製造、協調”組織體係，配合非常密切。所謂“兩張皮”的問題根本不存在。因此，建立新的航空科研體製，應從航空科研的實際情況出發，必須符合航空科研自身發展規律和特點。如果生搬硬套“兩張皮”的普遍性說法指導具有特殊性的研究院所體製改革，就會使改革走進新的誤區，給航空科研發展帶來負麵影響。所以，研究院所和生產企業應當通過技術市場以合同的方式結成夥伴關係，雙方按照合同分享成果，項目結束，夥伴關係隨之結束。
4.按照市場需求，建立航空科研回報機製。研究院所的科研成果以國家的名義無償占有、使用，已不適應市場經濟的規律要求。“型號定型之日，就是斷糧之時”，嚴重地銷蝕了研究院所的積極性。目前，軍民用飛機是按企業完全成本和必要利潤定價，價格中沒有用於再開發的科研費用。美國和歐洲的軍工企業用於再開發的科研費占產品定價的30％。我國應在5～8％較為適中。航空產品訂貨量應當適當增加，以維持企業和研究院所的設計生產能力。研製生產要周密計劃具有戰略性，不能以個人意誌，一時大要，一時不要，堅決改變需要時十萬火急，不需要時無聲無息的現狀。積極開展軍貿活動，製定軍品出口開發、生產、銷售等優惠政策，激活軍品出口市場。