陳氏《鄭學》篇引王西莊雲：“學者若能識得康成深處，方知程、朱義理之學，漢儒已見及。程、朱研精義理，仍即漢儒意趣，兩家本一家。”《十七史商榷》卷六十四。以為：“昔之道學家，罕有知漢儒見及義理之學者，更罕有知程、朱即漢儒意趣者。”而此篇則引朱子《論語訓蒙口義序》雲：“本之《注疏》以通其訓詁，參之《釋文》以正其音讀，然後會之諸老先生之說以發其精微。”《語孟集義序》雲：“漢、魏諸儒正音讀，通訓詁，考製度，辨名物，其功博矣。學者苟不先涉其流，則亦何以用力於此。”遍舉《文集》《語類》之發此義者，以明朱子之守注疏，治訓詁，由訓詁以通義理。然朱子《答黃直卿書》：“為學直是先要立其本，文義卻可且與說出正義，令其寬玩味，未可便令考校同異，研究纖密。恐其意思促迫，難得長進。”朱子好考證之學，而又極言考證之病。陳氏乃申論之曰：“讀書，玩理與考證，自是兩種工夫。朱子立大規模，故能兼之。學者不能兼，則不若專意於其近者也。朱子時為考證之學甚難，今則諸儒考證之書略備，幾於見成事物矣。學者取見成之書而觀之，不甚費力，不至於困矣。至專意於其近者，則尤為切要之學，而近百年來，為考證之學者多，專意於近者反少，則風氣之偏也。”此則承漢學極熾之後，而為補偏救弊之談，陳氏生平宗旨所在，而東塾讀書之眼，學者不可不知。所謂“專意於其近者”，即在人倫日用之間。孔子曰：“己欲立而立人，己欲達則達人。能近取譬，可謂人之方也已。”《中庸》謂“忠恕違道不遠，施諸己而不願，亦勿施於人”，此之謂近，亦此之謂“立其本”也。
陳氏之指，在融通漢宋。然在清乾隆以前，未嚐有標揭漢學以詆宋儒者。太原閻若璩百詩，甘泉江藩鄭堂撰《漢學師承記》，嚐揭舉之為漢學開山之祖者也。然若璩以《古文尚書疏證》有大名，而古文二十九篇之偽，《朱子語錄》已發其覆，特證佐未具，俟若璩出而搜集，加以論定焉爾。若璩作《毛朱詩說》，右《集傳》而左《毛序》，此其於漢學殆不僅有騎牆之見而已。至濟陽張爾岐稷若、婺源江永慎修二人，則又篤信朱子，彰彰可考者也。張爾岐之《儀禮鄭注句讀》，江永之《禮經綱目》，鹹用朱子《儀禮經傳通解》之法，而江氏《近思錄集注》尤理學之圭臬，張氏且嚐以有明甲申之變，由於秉國成者，菲薄程、朱之一念有以致之，語著《蒿庵閑話》，何嚐以漢學標舉乎？吳縣惠周惕元龍，子士奇天牧及孫棟定宇，三世傳經，棟所造尤邃，著《周易述》《古文尚書考》《春秋補注》《九經古義》等書。論者擬之漢儒，在何邵公、服子慎之間。而惠氏紅豆山齋楹帖雲：“六經宗孔孟，百行法程朱。”亦何嚐以漢學標舉乎？休寧戴震東原為皖派開山，其學本出江永，作《原善》《孟子字義疏證》，雖與朱子說經牴牾，然采朱子說以撰《毛鄭詩考正》，則亦未嚐故立崖岸。金壇段玉裁若膺受學於震，議以震配享朱子祠，又跋朱子《小學》稱：“或謂漢人言小學，謂六書，非朱子所雲，此言尤悖。夫言各有當，漢人之小學，一藝也。朱子之《小學》，蒙養之全功也。”段氏以精研《說文》之人，而推朱子《小學》以崇之漢人《小學》之上，何嚐標揭漢學以詆宋儒乎？江藩為惠定宇再傳弟子，其師吳下餘蕭客古農，執贄於惠氏。辯生末學，始標揭漢學以撰《師承記》，門戶角張。段氏外孫仁和龔自珍璱人即不謂然，詒箋諍曰：“大著讀訖，其曰《漢學師承記》，名目有十不安焉。改為《國朝經學師承記》，敢貢其說。夫讀書者實事求是，千古同之。此雖漢人語，非漢人所能奪。一不安也。本朝自有學，非漢學，有漢人稍開門徑而近加邃密者，有漢人未開之門徑。謂之漢學，不甚甘心。不安二也。瑣碎飣餖，不可謂非學，不得為漢學！三也。漢人與漢人不同，家各一經，經各一師，孰為漢學乎？四也。若以漢與宋為對峙，尤非大方之言，漢人何嚐不談性道。五也。宋人何嚐不談名物訓詁，不足概服宋儒之心。六也。近者有一類人，以名物訓詁為盡聖人之道，經師收之，人師擯之。以誣漢人，漢人不受。七也。漢人有一種風氣，與經無與，而附於經，謬以裨灶、梓慎之言為經，因以汨陳五行、矯誣上帝為說經。《大易》《洪範》身無完膚，雖劉向亦不免，以及東京內學。本朝人何嚐有此惡習，本朝人又不受矣。八也。本朝別有絕峙之士，涵泳白文，創獲於經，非漢非宋，亦其是而已矣。方且為門戶之見者所擯。九也。國初之學，與乾隆初年以來之學不同。國初即不專立漢學門戶，大旨欠區別。十也。有此十者，改其名目，則渾渾圜圜，無一切語弊矣。”江藩不從，其鄉人焦循理堂亦有異議。桐城方東樹植之遂作《漢學商兌》，以為反唇之論，是為漢宋之爭所由始也。
方東樹生乾、嘉漢學極盛之日，撰為《漢學商兌》上中下三卷，其指在申宋學以詘漢學，急言極論，殫見洽聞。詞筆既明快，足以達其所見；考據尤詳該，足以證其不誣。漢學家每以考據傲宋學之不逮，而東樹即以考據發漢學之覆。晰而不枝，核而能當，即以其人之道，還治其人之身，實開後來陳東塾、朱無邪一派。博學明辨，未可以文章之士而少之也。其書仿朱子《雜學辨》例，摘錄漢學家議論，各為辨正。而綜其指要，大端有六：一曰宋儒明義理之不廢訓詁。昔宋周公謹有言曰：“伊洛之學，行於世，至乾道、淳熙間盛矣。其能發明先賢旨意，溯流徂源，論著講解，卓然自為一家者，新安朱氏元晦尤淵深精詣。蓋其以至高之才，至博之學，而一切收斂，歸諸義理，其上極於性命天人之微，而下至於訓詁名數之末，未嚐舉一而廢一。蓋孔孟之道，至伊而始得其傳，而伊之學，至朱氏而始無餘蘊，必若是而後可言道學也已。”而漢學家議論，乃以宋儒廢《注疏》，使學者空言窮理，啟後學荒經蔑古空疏之陋。然此可以譏陸、王，而非所論於朱子。朱子教人為學，諄諄於漢魏諸儒，正音讀，通訓詁，考製度，釋名物，學者不先涉其流，則亦何以用力，而所為《四書集注》，唯重發明義理者，以訓詁名物，注疏已詳，不複為解。故曰：“邢昺《論語疏》集漢、魏諸儒之說，其於章句訓詁名物之際詳矣。學者讀是書，其文義名物之詳，當求之《注疏》，有不可略者。”又曰：“秦、漢以來，聖學不傳。儒者惟知訓詁章句之為事，而不知複求聖人之意，以明夫性命道德之歸。然或徒誦其言以為高，而不知深求其意，遂致脫略章句，陵藉訓詁，坐談空妙，而其為患反有甚於前日之陋者。”又曰：“自秦、漢以來，儒者不知反己潛心，而以記覽誦說為事，是以有道君子，深以為憂。然亦未嚐遂以束書不觀，坐談空妙，為可儌幸於有聞也。”又曰：“或遺棄事物，脫略章句，而相與馳於虛曠杳渺之中。”
又曰：“其有誌於為己者，又直以為可以取足於心而無事外求也，是以墮於佛老空虛之邪見，而義理之正，法度之詳，有不察也。”此指陸子。又引《說文》解《易·恒卦》；又於《大有》用享，以為亨享字，《易》中多互用，因言文字音韻，是經中淺事，故先儒得其大者，多不留意。然此等處不理會，卻費無限辭說牽補，卒不得其意，亦甚害事。據此，朱子教人讀書平實如此，可知朱子非廢訓詁名物不講，如漢學諸人所訾謗也。又諸漢學家皆譏義理為鑿空，亦是詖辭。須知孔子係《易傳》及子夏、子貢、孟子、《禮記》《大學》《中庸》諸篇及《孝經》等，凡引《詩》《書》，皆不拘求訓詁，即漢儒如費直、匡衡亦然，不獨程子也。然而朱子訓詁諸經，一字一句無不根極典謨，每謂：“擺落傳注，須是二程先生，方始開得此口。若後學未到此地位，便承虛接響，容易嗬叱，恐屬僭越氣象。”特不如漢學家之泛引駁雜耳。一曰漢學言訓詁之必衷義理。戴東原嚐言：“訓詁者，義理之所從出，非別有義理出乎訓詁之外也。”又言：“吾自十七歲時，有誌聞道，謂非求之六經孔孟不得。非從事字義名物製度，無由通其語言文字”雲雲。若是，則與朱子固為一家之學矣。顧所以斥朱儒者，則曰：“以理為學，以道為統，以心為宗，探之茫茫，索之冥冥，不如反而求之六經。”昔程子受學於周茂叔，亦曰“反而求之六經”，則程、朱固未嚐舍六經而為學也。且所謂求於六經者，何也？非謂求其道，求其理，求其心耶？戴氏力禁言理，而所以反求之於六經者，僅在於形聲訓詁名物製度之末。譬如良農舂穀，盡取精鑿以去，貧子不知，方持糠秕以傲之，何以異於是？古今學問大抵二端：一小學，一大學。訓詁名物製度，隻是小學內事。《大學》直從明新說起，《中庸》直從性道說起，此程、朱之教所主，為其已成就向上，非初學之比。如顏子問仁，問為邦，此時自不待與之言小學事矣。子夏固謂草木有區別，是也。漢學家昧於小學大學之分，混小學於大學，白首著書，畢生盡力，止以名物訓詁典章製度，小學之事，成名立身，用以當大人之學之究竟，絕不複求明新至善之止，痛斥義理性道之教，不知本末也。夫謂義理即在訓詁，是也。然訓詁不得義理之真，致誤解古經，實多有之。若不以義理為之主，則彼所謂訓詁者，安可恃以無差謬也。古人一字異訓，言各有當。漢學家說經，不顧當處上下文義，第執一以通，乖違悖戾，而曰義理本於訓詁，其可信乎？言不問是非，人惟論時代，以為去聖未遠，自有所受。不知漢儒所說，違誤害理者甚眾。如荀悅《申鑒》雲：“文有磨滅者，音有楚夏，出有先後。或學者先意，有所措定。後世相仿，彌以滋偽。”朱國楨《湧幢小品》雲：“古人古事古字，散見雜出，各不相同，見其一，不見其二，哄然糾駁，未免為古人所笑。”不明乎此，而強執異本異文，以訓詁齊之，其可乎？漢學諸人，釋經解字，謂本之古義者，大率祖述漢儒之誤，傅會左驗，堅執穿鑿，以為確不可易，如以“箕子”為荄滋，“枯楊”為姑陽，“蕃庶”為蕃遮。數百千條，迂晦難通。何義門雲：“但通其訓詁而不辨義理，漢儒之說，皆高子也。”信乎朱子有言：解經，一在以其左證之異同而證之，一在以其義理之是非而衷之，二者相須不可缺，庶幾得之！今漢學者全舍義理而求之左驗，以專門訓詁為盡得聖道之傳，所以蔽也。總而言之，主義理者，斷無有舍經廢訓詁之事！主訓詁者，實不能皆當於義理。何以明之？蓋義理實有時在語言文字之外者，故孟子曰：“以意逆誌。不以文害辭，辭害意也。”宋儒義理，原未嚐歧訓詁為二而廢之。
有時廢之者，乃正是求義理之真而去其謬妄穿鑿，迂曲不可信者耳。若其不可易者，古今師師相傳，如朱子《詩集傳》訓多用毛、鄭，何遽能廢之也。漢學之人，主張門戶，專執《說文》《廣雅》小學字書，穿鑿堅僻，不顧文義之安，正坐斥義理之學，不窮理故也。考漢學諸公，大抵不識文義，故於義理多失。蓋古人義理，往往即於語氣見之，此文章妙旨，最精之說，漢學不解也。如臧氏琳說《孟子》“夫子之設科也”，子為予字之誤。不知此句若作孟子自道，則不特文勢弛緩不屬，令人索然，且似孟子自承認門人為竊，大儒取友，乃收召無賴小人，汙辱門牆，害義甚矣。漢儒之說，所以有不可從者，此類是也。按趙氏注稱“孟子曰夫我設教授之科”雲雲，又《章旨》雲“雖獨竊屨，非己所絕”，是殆直作孟子自認也。又據唐《石經》謂《詩》“蕭蕭馬鳴”當作“肅肅”，因引《毛傳》為證。無論開成《石經》最劣，不足信據，而杜子美在前已用“蕭蕭”，非石刻作肅，後人妄改加“艸”也。即謂木版在大曆之世，而子美讀已如此，可知非後人刓改也。《毛傳》言不嘩，正形容得是時出師氣象，及詩人措語之妙，言但耳聞馬鳴，目見旆旌，肅然不聞人聲，故以不嘩雙釋二句。若肅專屬馬。則此傳止當在馬鳴一句，下旆旌是無知物，非有血氣，豈亦可以不嘩詁之乎？要之，此詩連下文皆有肅意，正不必獨於馬用本義，故朱子移《毛傳》不嘩於徒禦不驚之下，而於下節有聞無聲，亦以至肅解之也。劉勰雲：“詩人感物，聯類不窮。流連萬象之際，沉吟視聽之區。寫氣圖貌，隨物宛轉；屬采附聲，與心徘徊。故灼灼狀桃花之鮮，依依盡楊柳之態，杲杲為日出之容，瀌瀌擬雨雪之狀，喈喈逐黃鳥之聲，喓喓學草蟲之韻。”由勰此論，則肅肅狀馬聲甚拙，不及蕭蕭字遠甚，非但失義，並失情景之妙。臧氏謂蕭涼蕭條，並入近人辭氣。不知風雨瀟瀟，亦非近人詩也。瀟，《說文》水名。若詩人以狀風雨聲，則亦蕭涼意。又如段氏玉裁說《左傳》“人盡夫也”當為天字之說。不知此句緊對上文父與夫句作答，又以見其母為機速婦人，一時相紿，倉卒情事，不暇顧理，口角如繪之妙。若作天字，則是其母正告以三綱之義，分義至重，安得人盡雲雲而方教之以背其天乎？語不知偏正，理不知倒邪，而鹵莽著書，真所謂癡符也。古人言各有當，漢學家每執一以解之，其意主於破宋人之說，其辭務博辨廣征，案往舊造說以讋人而奪之，而遂不顧畔道離經矣。又陳見桃據《爾雅》切、磋、琢、磨四者，各為治器之名，非有淺深，朱子釋為磋精於切，磨密於琢，殆強經以就己說雲雲。按《毛傳》雖本《爾雅》，作四事解。然《爾雅》本以釋《詩》。訓詁之體，未暇釋意。武公作詩，子貢賦詩，不據《爾雅》。況《毛傳》雲：“道其學而成也。