卻說明帝聽了馬皇後的一番話後，不禁大動惻隱之心。兩天後，便親幸洛陽監獄，開獄大審，甄別囚犯，當即命人釋放了一千多人。當時正值天旱，立刻降下了大雨。馬皇後也認為楚王之案，多有牽連濫殺，便乘機向明帝進言。明帝感悟，惻然而悲，夜間起床徘徊思索。從此，對罪人多所寬赦。
是時，任城令袁安調任楚郡太守。到達楚郡上任時，不入郡府，先往楚郡監獄，審理楚王英案，重新甄別受牽連者案情，對於查實證據不足者，逐一記錄在案。郡中府丞、掾吏等皆驚恐不安，爭相勸諫說：“楚王英謀反牽連者，應依法判其同罪，不可饒恕。”袁安嚴正地說：“如有不全，太守自己承擔責任，決不會牽連你們。”遂令人分別向朝廷具奏，明帝感悟，當即下詔赦免，由是得出四百多人。且說永平十五年春二月，明帝去東方巡視。
月底至江蘇下邳，舉行耕籍之禮。明帝親手扶犁耕田，禮畢，賜眾人食物。三月，明帝到達魯城曲阜，臨幸孔子故居，祭祀孔子及七十二弟子，並親禦講堂，讓皇太子和親王們闡說儒家經典。皇帝到曲阜祭祀孔子，始於漢高祖劉邦。漢高祖劉邦於高祖十二年十二月自淮南還，經過魯城曲阜，以太牢，即豬、牛、羊各一祭祀孔子。曆代儒家諸子對此感到無上榮耀，認為“漢家四百年命脈全在於此”。
自此以後，曆代國王君主競相效仿。東漢光武帝劉秀於建武五年過闕裏，命大司空宋弘到曲阜祭祀孔子。明帝在曲阜祭祀孔廟後，又臨幸東平、大梁返回京城洛陽。有大臣奏請皇子應封王，明帝準奏，將皇子劉恭封為钜鹿王、劉黨封為樂成王、劉衍封為下邳王、劉暢封為汝南王、劉炳封為常山王、劉長封為濟陰王，並親自劃定各封國的疆域，其麵積隻有楚國、淮陽國的一半大小。馬皇後見皇子們各自封國的疆域麵積這樣小，便對明帝說：“皇子們隻分得了幾個縣，同舊製相比，不是太小了嗎？”明帝嚴肅地說：“對皇子們要嚴格要求，我的兒子怎能與先帝的兒子相比，每年有兩千萬錢的收入就足夠了。”明帝在學業上和生活上都能夠對皇子進行嚴格要求，使得馬皇後很是敬佩。是時，北匈奴陽為修和，暗裏仍在冦掠邊塞。
雖遣使入貢，而冦鈔不息，邊城晝閉。在北匈奴不斷入侵西部邊境，燒殺劫掠，百姓無安寧之日，明帝不得不加強武備去對付北匈奴。在當時的朝臣中，有不少的是主張征伐北匈奴及平定西域的，謁者仆射耿秉就是持這種主張最力的一位。耿秉上書說：“北匈奴不斷地侵襲和擄掠邊疆百姓，民眾深受其害，痛苦不堪，請求討伐北匈奴。”耿秉為耿國之子，字伯初，體魄魁梧，腰帶八圍。博通書記，能說《司馬兵法》，具有將帥謀略。以父任為郎，曾數次上書言兵事。常以中國憂患，邊陲不寧，其患專在匈奴，以戰去戰乃盛王之道。明帝既有誌北伐，對於耿秉的奏書，雖然表麵上沒有表態，但內心有意，經常召耿秉到朝廷問及所上奏書治邊的方略，拜耿秉為謁者仆射。
每次公卿會議，常引耿秉上殿，訪談邊事，許多方略說到了明帝的心裏，得到了讚賞。但明帝初年，不願意貿然改變光武帝的政策，也隻能暗自聽取，記在心中。話說遠古時，在西域中部的東天山南北麓，生活的土著民族姑師人，早在兩千多年前就進入了文明社會，建立了姑師國，人口約六千，如再加上其周邊的二十六國，人口就有兩萬多了。他們活躍在羅布泊以東以北至天山的交河、吉木薩爾和巴裏坤一帶廣大地區。後來，居住在敦煌、祁連山一帶的烏孫國、大月氏國相繼進入西域，使西域的局勢相對動蕩起來。