問題是美國與巴基斯坦在反恐中形成的夥伴關係，將是一種“長期和戰略”關係，還是僅僅重複曆史，是一種“臨時和策略”關係？這都有賴於兩國是否願意和能否擴大這種夥伴關係的基礎，協調其相互衝突的目標———就如20世紀50年代美國的目標是反共，巴基斯坦的目標是抗印；20世紀80年代，美國的目標是反蘇，巴基斯坦的目標是發展核力量；現在，美國的目標是反恐，巴基斯坦的主要目標卻在克什米爾。
這種目標的分歧已經開始出現。美國與巴基斯坦在阿富汗的反恐行動中有良好的合作，美國支持巴基斯坦重建國家和恢複對外關係，相應地巴基斯坦支持美國在阿富汗推翻塔利班政權的目標。當反恐前線轉移到巴基斯坦西部邊界，搜尋塔利班和基地組織殘餘勢力時，巴基斯坦的反美傾向和國內暴力開始增加。
也有人開始懷疑巴基斯坦在幫助美國打擊恐怖主義時是否盡心盡力。[60]美國“9·11”委員會報告也指出近年來美國在對巴關係上存在三個基本問題：在恐怖主義問題上，巴基斯坦軍隊和情報部門對打擊伊斯蘭極端主義有不同的看法，政府中的許多人對極端分子表示同情或提供支持；在不擴散問題上，最近披露的巴基斯坦科學家領導的核擴散網（nuclear proliferation network），說明不擴散關注是長期和非常嚴重的；在民主問題上，巴基斯坦在回到民主統治的進程上沒有什麼進展。[61]
為了反恐這一美國最高國家利益和繼續得到巴基斯坦在反恐行動中的長期和實質性支持，美國在不擴散問題上也對巴基斯坦有所遷就。2004年2月，有巴基斯坦“核武器之父”之稱的阿卜杜爾·汗承認自己參與了向朝鮮、伊朗和利比亞提供核武器關鍵技術和鈾濃縮材料的“核黑市交易”（nuclear black‐market trade）。巴基斯坦總統穆沙拉夫以阿卜杜爾·汗對國家作出的貢獻為由，有條件地寬恕了這位“國家英雄”，並告知美國，巴基斯坦政府並不知情。穆沙拉夫還拒絕美國和聯合國的調查人員直接與阿卜杜爾·汗接觸，但保證向美國通報擴散網絡的所有信息。美國表示，巴基斯坦對阿卜杜爾·汗的寬恕是巴內部事務，因而並沒有加以深究。
2004年7月公布的美國“9·11”委員會報告認為，穆沙拉夫總統是巴基斯坦和阿富汗穩定的“最好希望”，因此建議美國政府作出一項長期的承諾，隻要巴基斯坦答應反對恐怖主義和實行“明智和溫和”（enlightened moderation）的政策，就向伊斯蘭堡提供廣泛的援助。為執行這些建議，美國國會於2004年10月8日通過了三項法案。“H.R.10”要求總統就美國對巴基斯坦進行長期接觸（包括民主化、經濟現代化、不擴散和教育改革等）向國會提出一項詳盡的戰略。
“H.R.5024”要求增加美國的援助以幫助巴基斯坦打擊極端分子，並由總統決定援助的項目和條件。“S.2774”要求美國對巴基斯坦的援助至少維持在2004財政年度的水平，其援助將特別用於改進巴基斯坦的教育體係。
美國負責南亞事務的助理國務卿羅卡在一次演講中指出，“我們的目標是巴基斯坦成為一個安全的、繁榮的和溫和的民主國家，並有利於本地區的增長和穩定。”[62]而美國前駐巴基斯坦大使南希·鮑威爾（Nancy Powell）在一次演講中也認為，“一種牢固的、長久的和廣泛的美巴關係符合兩國的外交政策利益。這得到美國總統、國務卿、兩黨、國會的強有力支持。”她進一步指出，美國對巴基斯坦的外交政策重點包括：第一，在全球反恐戰爭中繼續共同努力；第二，支持該地區有關國家的努力以加強地區穩定；第三，幫助巴基斯坦促進其經濟、社會和政治發展；第四，在兩國人民之間建立橋梁以促進彼此間更大的相互理解。[63]
但許多學者對此並不樂觀。美國布魯金斯研究院的科恩一針見血地指出，過去美國對巴政策存在的主要問題“短期利益的重要性超越了長期挑戰”，或者說“為了眼前利益而犧牲了長遠利益”。這些長期挑戰包括：恐怖主義、核擴散、民主化、與印度的敵對、伊斯蘭極端主義等。他認為“最重要和困難的政策問題是華盛頓是否能應付巴基斯坦的深層次問題和為巴基斯坦最終可能成為一個失敗或無賴國家做好準備”。他還提出了美國未來對巴基斯坦政策的幾種可能性：“同盟”（就像20世紀50年代和80年代那樣巴基斯坦是美國重要的戰略資產）、“夥伴”（這是目前的政策，僅限於搜捕基地組織和塔利班殘餘，沒有合法和戰略意義）、“忽視”（就像20世紀70年代大部分時期、90年代前半期，如果美國不再需要巴基斯坦的幫助）和“對抗”（如果發生巴基斯坦內戰、核武器失控、與印度交戰等情況）等。[64]為了實現短期利益和長遠目標的協調，他為美國政府提出了多項政策主張：關於反恐，他認為美國應同時重視針對美國、印度和巴基斯坦的三類恐怖主義，因此“美國對巴基斯坦援助的數量和質量應與巴基斯坦在打擊所有三類恐怖主義的表現聯係在一起”，“幫助巴基斯坦警察部隊的職業化”，“要求巴基斯坦停止對克什米爾恐怖活動的支持必須與幫助推動印巴和平進程一起進行”；關於伊斯蘭，他主張“就像對付當年納粹主義和共產主義的挑戰一樣，運用新聞、學術交流、公共信息項目、辯論等保衛自己的原則和價值”，同時應鼓勵巴基斯坦讓通過和平手段尋求權力的伊斯蘭政黨參加選舉；關於經濟，他主張美國的援助應讓“巴基斯坦人民看到他們的政府與美國友好會給所有社會階層帶來重大利益”，“鼓勵美國公司在巴基斯坦投資”，“對援助進行審計”，援助的目的是“幫助其製度的結構性變化以避免變為危險的國家”；關於教育，他主張要求巴基斯坦把教育領域“向國際非政府組織開放”，“恢複私人教育機構”，“通過南亞區域合作聯盟選派巴基斯坦的優秀學生到印度學習”，“初級教育的重點是提高識字率和訓練師資”，“巴基斯坦政府應對教育投資和管理負更大的責任”；關於行政改革，他主張“鼓勵巴基斯坦官員去訪問那些社會、政治和經濟體製與巴基斯坦相似但發展得更好的國家，如馬來西亞、印度尼西亞和泰國，學習這些國家的專業和有效的管理及公正的司法體製”；關於民主化，他主張應堅持要求巴基斯坦製訂一個“逐步恢複民主的時間表”，讓“主流政黨如巴基斯坦人民黨（Pakistan People's Party，PPP）和巴基斯坦穆斯林聯盟（Pakistan Muslim League，PML）自由地活動”，“讓軍隊退出政治舞台”；關於軍事訓練項目，他認為“不應局限於軍事科目”，而應“讓巴基斯坦官員到美國的大學和研究機構學習和研究”。此外，他還認為美國應相應調整對印度和阿富汗的政策，因為這是巴基斯坦最直接的安全環境。