印度還批評美國為了使巴基斯坦站在美國一方，而在恐怖主義問題上采取雙重標準———“隻打擊那些危害美國安全的恐怖主義分子，而不是那些困擾著印度的那些恐怖主義分子。”[46]美國采取積極步驟把“拉什卡民兵組織”和“穆罕默德聖戰組織”列入外國恐怖主義組織（Foreign Terrorists Organizations，FTOs）名單，仍不能令印度滿意，因為美國認為這兩個組織是“無國家”（stateless）的恐怖主義組織，其目標既是針對印度的，也是針對巴基斯坦的。此外，作為“9·11”事件後一係列恐怖分子襲擊[47]的主要受害者，印度在2002年夏威脅不惜以戰爭來對付巴基斯坦，就像以色列對付巴勒斯坦、俄羅斯對付車臣一樣。美國呼籲印度保持克製，因為那樣將削弱並改變全球反恐戰略。
在克什米爾這一“比基地組織更重要”[48]的問題上，印度政府對美國要向該地區派遣一個特使的想法非常冷淡，也反對美國提出的要求印度與巴基斯坦進行會議的要求。印度還日益認識到並擔心，“9·11”事件以後美國把更多的精力集中到全球反恐問題和次大陸的危機管理上，而較少繼續“9·11”事件之前與印度建設戰略夥伴關係和“改造”雙邊關係的努力。為了反恐需要，美印雙邊防務合作有了相當的加強，包括美國幾十年來首次考慮向印度轉讓武器，但是，雙邊經濟關係，包括更多的直接投資和高技術轉讓以及其他方麵，卻沒有取得什麼進展而令印度失望。
以下一些問題如果不能很好處理有可能對美印戰略夥伴造成陰影。
第一，美巴結盟困擾著印度。美國已宣布巴基斯坦是其在南亞的“主要非北約盟國”（major non‐NATO ally，MNNA），美國因此將向巴基斯坦出售更先進的武器，甚至包括交付F‐16戰鬥機。印度媒體質疑“伊斯蘭堡是否真的需要反裝甲和反艦導彈來搜捕本·拉登”，並稱“華盛頓正在推行一項對巴基斯坦軍事政權使媚眼的親善政策”。[49]印度政府一位官員則明確指出政府反對美國向巴基斯坦提供F‐16戰鬥機，因為“它們可能被用來對付印度”和“導致該地區的軍備競賽”。
第二，不擴散問題上的新因素。隨著時間的推移，印度的核和導彈項目越來越得到美國的理解甚至默許。但在不擴散領域有可能出現新的問題。2004年9月29日，美國國務院確定印度兩位科學家（C.Surender和R.S.R.Prasad）違反了2000年伊朗不擴散法（the Iran Nonproliferation Act of 2000）而將被製裁，因為他們向伊朗轉移了與大規模殺傷性武器有關的設備和（或）技術。但印度拒絕這一製裁並稱“沒有發生敏感技術的轉移”。美國對印伊關係的進一步發展提出了警告。但印度發現伊朗是其在西亞的一個重要同盟，聲稱印伊關係局限在能源、貿易和運輸等方麵，不涉及核領域的合作。
第三，美國對印度經濟最為關注的是其改革的範圍和步伐。一些美國學者和官員認為，過度管製和官僚結構對印度發揮其經濟潛力形成了障礙。2004年3月，美國駐印度大使穆爾福德（David Mulford）說，“美國是世界上最開放的經濟之一，而印度是最封閉的經濟之一。”美國傳統基金會的《2004年經濟自由指標》（2004 Index of Economic Freedom）把印度列為“大體上不自由的”。美國次國務卿拉爾森（Larson）也抱怨，由於“印度經濟改革步伐緩慢”，“美國和印度的貿易和投資大大低於它們應有的水平。”另外，不徹底的知識產權保護也是兩國之間長期存在的問題。2004年5月，由於印度在知識產權保護和執法方麵的“軟弱”，美國貿易代表（USTR）再次把印度列入“特別301重點觀察名單”（the Special 301 Priority Watch List）。
第四，在一些重大國際問題上的分歧。在全球反恐中，美印並沒有實質性的合作。美國對印度拒絕派兵前往伊拉克表示很大的失望。在全球貿易談判中，美印在勞工、環境和知識產權保護等問題上存在不同的立場。印度對美國的單邊主義、先發製人和削弱聯合國的做法也不滿意。
此外，在執行NSSP方麵，也存在一些操作性問題。美國次國務卿賈斯特在一次有關NSSP的會議上指出，一個主要問題在於印度不是某些多邊出口控製機製的成員，如核供應國集團（Nuclear Suppliers Group，NSP）、澳大利亞集團（The Australia Group，處理化學和生物武器）、導彈技術控製機製、瓦森納爾安排（The Wassenaar Arrangement，處理雙用途產品和常規武器），更不用說《不擴散核武器條約》。[50]為防止相關技術的擴散，美國在駐印大使館設立了出口控製部門以監督出口到印度的敏感技術的最終用途。[51]