這意味著美國計劃在南亞建立一種更為平衡的關係———在不同的基礎上建立與巴基斯坦的夥伴關係，同時與印度發展戰略關係。但任何一種關係都存在許多變數和不確定性。
首先，所謂的“平衡”關係實際上是不對稱的。美巴“夥伴關係”是在很短的時間內由單一的因素驅動的，它掩蓋了相互之間的許多分歧。即使在反恐行動中，美巴之間也存在不同有時是衝突的目標。美印“戰略關係”卻是兩國幾年之前就已經開始著手努力的目標，並且建立在廣泛共同利益的基礎上，盡管這一過程比兩國希望的要慢。
其次，反恐即使不是唯一，但也是美巴“夥伴關係”的主要基礎。美巴在推翻塔利班政權在阿富汗的統治的行動中有良好的合作，但當反恐戰場轉移到阿富汗與巴基斯坦邊界消滅塔利班和基地殘餘勢力時，情況就變得複雜。當在克什米爾發生一係列恐怖事件後，因雙方的不同目標，夥伴關係開始出現不一致。
第三，在印度，“由於感到‘9·11’後的發展使10多年來與美國重建關係的政治努力受挫，人們開始對未來美印關係持悲觀看法。”[17]布什政府不得不“在反恐這樣新的重點與全球經濟和民主這樣長期優先議程之間進行平衡”。[18]而這是充滿挑戰的。
美國對外關係委員會和亞洲協會的一份報告指出：“美國在該地區的中期（到2010年）政策挑戰是設計和執行一種穩定和持久的方法，把美國與該地區三個主要國家（印度、巴基斯坦、阿富汗）的雙邊關係串聯起來，並得到影響該地區主要發展的機會。”在印度，美國的中期政策挑戰是“完成從過去的相互疏遠通過建設性接觸到真正的夥伴這樣的轉型”，而巴基斯坦是“美國外交麵臨的最複雜和困難的挑戰之一”。由於“政治不穩定、伊斯蘭極端主義、經濟和社會落後、與印度的敵對籠罩著這個核武器國家”，美國通過提供實質性的援助幫助實現一個穩定的和與鄰國維持和平的巴基斯坦是一項重大的挑戰。[19]
第三節印度：從“天然盟友”到“戰略夥伴”
美印戰略夥伴關係（strategic partnership）可以追溯到2000年3月克林頓的南亞之行。在雙方發表的《印美21世紀展望》中，這兩個所謂世界上最大的兩個民主國家之間的關係被認為進入了一個新的階段：政治互信和經濟互利。不僅如此，雙方還同意通過廣泛的高層會晤、不同合作領域的工作小組把雙邊對話製度化。同年9月，印度總理瓦傑帕伊（Atal Behari Vajpayee）回訪，他在美國兩院聯席會議上發表演講，重申他在1998年提出的“天然盟友”。克林頓還在白宮舉行國宴招待。布什上台後繼續實行其前任對印傾斜的政策。當時共和黨政府的許多高官頻繁使用“轉型”（transformation）一詞來形容美印關係。[20]
“9·11”事件是美國全球戰略和南亞政策的轉折點。印度迅速和前所未有地向美國提供全方位合作，讓美國使用其基地用於反恐行動。作為回報，美國很快取消了對印度的製裁並提供大量援助。2001年11月，在布什和瓦傑帕伊首次會麵的同時，簽署了兩國發展戰略夥伴關係的的展望聲明，同時宣布了一係列加強雙邊關係的措施。此後，兩國的安全關係取得長足的進展。2002年9月美國發表的《國家安全戰略報告》對美印關係賦予新的含義，稱“印度有潛力成為21世紀最偉大的民主國家之一”，美國將“盡一切可能與印度建立強有力的雙邊關係，努力使我們的關係有相應的改變”。[21]
美國就變化了的南亞安全形勢重新評估其南亞政策。2002年10月10日，美國國務院負責南亞事務的助理國務卿羅卡在美國企業研究所（AEI）發表評論時指出，“促進與南亞所有國家的夥伴關係以確保穩定、安全、經濟發展和民主化已成為我們全球外交政策目標的關鍵”，為此，美國要“深化在南亞的參與，包括：促進阿富汗的安全與穩定；建設與巴基斯坦的夥伴關係；促進與印度的戰略關係；鼓勵斯裏蘭卡的和平進程”。[22]羅卡認為美國在南亞地區的最大挑戰是印巴之間的緊張關係。