因此，“9·11”事件之前，日益邊緣化的巴基斯坦在美國的政策議程中處於較低的地位。即使美國偶然關注它，也不是因為巴基斯坦可以如何幫助美國實現其在次大陸的利益，而是如何減少對美國利益的威脅。在美國國會中，廣泛存在這樣的認識，即“他們需要我們大大多於我們需要他們”。1998年的核試驗和1999年的軍事政變，使巴基斯坦這個冷戰時期的主要受援助國在20世紀90年代得到的發展援助非常有限。2001財政年度，巴基斯坦隻得到540萬美元的反毒品和糧食援助。
二、“9·11”事件以後美國在南亞的利益和目標
“對世界貿易中心和五角大樓的攻擊使美國的南亞政策發生急劇變化，把巴基斯坦帶到了中心位置，而使美印關係的部分議程受到延緩”。[11]恐怖襲擊也使南亞地區安全的形態發生變化。正如美國布魯金斯研究院資深南亞問題專家斯蒂芬·科恩所說，“世界上沒有其他地區受‘9·11’恐怖襲擊的影響能超過南亞地區。”[12]簡言之，由於“9·11”事件和美國在阿富汗開展的反恐戰爭，美巴戰略關係再次恢複、美印關係得到進一步加強、印巴危機的升級使美國更積極地尋求參與解決兩國在克什米爾和其他問題上的分歧和爭端。[13]
當印度表示完全支持美國的反恐行動，巴基斯坦決定參加美國的反恐聯盟後，美國第一次發現自己與印度和巴基斯坦同時保持友好關係。美國力圖與巴基斯坦建立夥伴關係，與印度發展戰略合作關係。但這兩種關係都存在許多變數和不穩定。由於印度和巴基斯坦首次采取同一立場支持美國在阿富汗的反恐行動，美國負責南亞事務的助理國務卿克裏斯蒂娜·羅卡認為，“美國在“9·11”以後在南亞的新的利益是建立與巴基斯坦的夥伴關係和培養與印度的戰略關係。美國在該地區最重大的挑戰是消除印巴之間的緊張狀態。”[14]
“9·11”事件後，美國在南亞有三個主要目標：從短期來看，美國努力避免印巴之間的全麵戰爭，同時維持兩國在反恐行動中與美國的合作，使美國與這兩個南亞大國的雙邊關係保持不斷改善的勢頭。從中期來看，美國的利益在於避免印巴衝突升級為核對抗，確保南亞的核武器和相關材料不被恐怖主義分子或其他組織得到，從而破壞不擴散的努力。從長期來看，美國尋求克什米爾問題的最終解決，同時要避免在這裏建立極端伊斯蘭武裝分子的避難所。
作為對印度“全麵支持”和巴基斯坦“不可缺少的幫助”的回應，布什很快取消了對這兩個國家的製裁，並提供援助。2001年9月22日，布什根據2000年國防部撥款法（公法106－79）簽署命令，決定取消所有針對印度和巴基斯坦的與核試有關的經濟製裁。2001年10月27日，總統又簽署參議院通過的第1465號法案，使之成為一項法律（公法107－57），這一法律授權總統在2003年取消1999年對巴基斯坦軍事政變的製裁。
此外，美國不僅取消了以前對印巴的製裁，而且大幅增加了援助。根據美國通過的法律，估計2002財政年度對南亞的援助將增加到9.14億美元，其中巴基斯坦為6.245億美元，印度為1.643億美元。[15]
在2002年9月公布的《美國國家安全戰略報告》中，布什稱“在南亞，美國已經強調印度和巴基斯坦有必要解決它們的爭端。政府將花時間和資源與印度和巴基斯坦建立強有力的雙邊關係。這種強有力的關係是我們在該地區緊張局勢變得劇烈時發揮建設性作用的手段。我們與巴基斯坦的關係因巴基斯坦選擇加入反恐和開始建立一個更加開放和寬容的社會而得到加強。本屆政府看到印度成為21世紀最偉大的民主國家之一的潛力，因此已經努力使我們的關係相應地得到改變。我們在該地區爭端中的參與，在雙邊關係中更早的投入，首先視印度和巴基斯坦采取實際步驟以幫助減少軍事對抗”。[16]