在行政機構改革的同時，美國對軍事部署也進行了大調整。2002年4月，美國首次成立專門負責北美大陸安全的北方司令部，使其成為美軍第5大戰區司令部，轄區範圍包括美國本土、加拿大和墨西哥。北方司令部已於2002年10月1日正式運行，總部設在科羅拉多州彼得森空軍基地。
二、打擊恐怖主義和防止大規模殺傷性武器及其擴散
《美國國家安全戰略》強調，“美國所麵臨的最大危險在於極端主義與科技發展的結合。”②《打擊大規模殺傷性武器的國家戰略》稱，敵對國家和恐怖主義分子獲取包括核武器與生化武器在內的大規模殺傷性武器，是美國麵臨的最大安全挑戰。《打擊恐怖主義國家戰略》指出，“打擊恐怖主義和保衛美國國土不受未來的攻擊是我們的首要重點”。
“9·11”事件發生後，美國麵臨的國家安全形勢的重大變化，恐怖主義成為美國麵臨的主要威脅。打擊恐怖主義和防止大規模殺傷性武器的擴散成為維護美國國家安全的首要任務。《美國國家安全戰略》報告認為，即使沒有裝備大規模毀滅性武器的恐怖分子，利用飛機作為武器對美國發動襲擊，就對美國造成了巨大的創傷，如果恐怖分子掌握了大規模殺傷性武器，將對美國的國家安全造成極其嚴重的威脅。“當生、化和核武器隨著彈道導彈技術一起擴散時，即使弱國和小的團體也能夠獲得對大國進行災難性打擊的能力。”布什政府認為，“據信伊拉克擁有化學武器，並計劃獲得核武器和生物製劑；朝鮮已經成為世界上主要的彈道導彈生產商，並在積極發展自己的大規模殺傷性武器；其他‘無賴國家’也在尋求核、生、化武器。”為了擊敗恐怖分子對美國的威脅，美國必須使用所擁有的各種手段———軍事力量、國土防禦能力、司法製度、情報以及積極的措施。“我們反恐的重點次序是：破壞和摧毀全球的恐怖組織，並且打擊它們的領導人，破壞它們的指揮、控製和通信，切斷對它們的物資供應，斷絕它們的財源。這樣就能做到癱瘓恐怖分子的計劃和他們實施恐怖行動的能力。”
2002年12月，白宮公布了《打擊大規模殺傷性武器的國家戰略》報告，稱“敵對國家和恐怖主義分子擁有大規模殺傷性武器———核、生、化武器是美國麵臨的最大的安全挑戰之一”，“美國將不會允許世界上最危險的政權和恐怖分子用世界上最具破壞性的武器來威脅我們。”③這一國家戰略包括三大支柱：第一，反擴散（counter‐proliferation）。美國必須加強其軍事、情報、技術和執法能力以避免大規模殺傷性武器的材料、技術和知識轉移到敵對國家和恐怖主義組織。
美國除了繼續使用常規和核威懾外，還將通過有效的情報、偵察、和執法等新的手段以加強威懾能力。美國還應通過積極的防務（先發製人的措施）和消極的防務（迅速和有效地減輕損失）對付大規模殺傷性武器。第二，不擴散（non‐proliferation）。美國將通過積極的不擴散外交、支持和遵守多邊防擴散和軍控機製、防擴散和減少威脅的合作、控製核材料、出口管製和製裁等途徑防止大規模殺傷性武器的擴散。第三，後果管理（consequence management），以應對大規模殺傷性武器的後果。美國必須對敵對國家或恐怖分子使用大規模殺傷性武器攻擊美國的後果做好充分的準備和應對。
2003年2月，白宮又發表了《打擊恐怖主義國家戰略》。該戰略可以說是對《美國國家安全戰略》的支持和對《國土安全國家戰略》的補充。如果說《國土安全國家戰略》的重點是美國防止恐怖襲擊在美國國內發生，《打擊恐怖主義國家戰略》的重點則是在威脅到達美國之前發現並消除它們。這一文件指出，“新的全球環境和大規模殺傷性武器正改變著恐怖主義的本質”，美國的戰略目的是“阻止恐怖主義分子攻擊美國、美國公民和美國利益以及我們在全世界的友邦盟國，並最終創造一個讓恐怖主義分子和所有為他們提供支持的人無法生存的國際環境”，為了完成這一使命，美國將同時采取“4D”行動：“擊敗（defeat）伸向全球的恐怖主義組織”，所有國家“杜絕（deny）對恐怖主義分子的讚助、支持和庇護”，“減少（diminish）恐怖主義企業圖利用的基礎條件”，“保衛（defend）美國、美國的公民和美國在國內外的利益”。④