1945年56歲
6月返國，7月5日抵上海。8月有《戴震自定水經注的後記》等文發表。9月就任北大校長。10月有《“文史”的引子》、《考據學的責任與方法》等文發表。是年11月國民黨在南京召開偽國大，胡適被邀出席。
1947年57歲
1月作《論楊守敬判斷水經注案的謬妄》。9月作《爭取學術獨立的十年計劃》。是年人民解放軍由防禦轉入進攻。
1948年58歲
3月出席中央研究院評議會，被評為人文組院士。當選為“國民大會”主席團成員。12月作《北京大學五十周年》。因北平被人民解放軍包圍，15日，國民黨政府派飛機到北平接他到南京。是月作《四百年來水經注研究的小史》。
1949年59歲
2月有《齊白石年譜序》、《戴震的官本水經注最早引起的猜疑》等文問世。4月由上海乘船到美國。在船上作《“自由中國”的宗旨》、《陳獨秀的最後見解》等文。7月續寫《記全祖望的五校本水經注》。是冬，開始寫《趙一清與全祖望辨別經注的通則》。是年10月1日新中國建立。
1950年60歲
1月作《〈朱子語類〉的曆史》。7月作《神會和尚語錄》的第三個敦煌寫本《南陽和尚答雜征義：劉澄集》。是年受聘為美國普林斯頓大學葛思德東方圖書館館長。7月16日通知國民黨政府駐美大使館，取消一切約會，不接見任何政府或國會領袖。
1951年61歲
9月作《十年來中美關係急趨惡化的原因》。是年作《趙一清的“東潛詩稿”摘錄》。在美國全國社會科學協會講演《共產主義在中國》。是年有“生日決議案”，擬在有生之年還清全部文債。
1952年62歲
5月作《杜威死了》(書信)。11月第一次回台灣(次年1月17日返美)。在台灣大學講《治學的方法》、《水經注考》。12月20日在傅斯年逝世兩周年紀念會上講《傅孟真先生的思想》。是年被聯合國教科文組織聘為“世界人類科學文化史編輯委員會”委員。
1953年63歲
1月在蔡元培先生84歲生日紀念會上講《禪宗史的一個新看法》，又在台灣師範學院講《傳記文學》。17日離台返美。
1954年64歲
2月第二次返台，出席台灣當局召開的“國民大會”第二次會議。4月離台回美。5月有《跋清代學人書劄詩箋十二冊》、《大明實錄》等文問世。9月寫《寧鳴而死，不默而生》。
1955年65歲
2月在畢茨堡大學講《對近代西洋文化的東方看法》。9月重寫《所謂“全氏雙韭山房三世校本”水經注》。
1956年66歲
3月《丁文江的傳記》脫稿。9月到加州大學講學四個月，專講有關中國文化問題，一共十講。台灣中央研究院曆史浯言研究所出刊《慶祝胡適先生六十五歲論文集》。
1958年68歲
4月6日離美回台北定居。5月擬定“國家發展科學培植人才的五年計劃的綱領草案”。是月10日就任台灣中央研究院院長職，並主持第三次院士會議；作《曆史科學的方法》。5月作有《中國的文藝複興與運動》、《從爭取言論自由談到反對黨》等文。
1959年69歲
1月作《一個人生觀》。2月1日，被蔣介石任命為“國家長期發展科學委員會”主席。6月作《記郭象的自然主義》。7月出席夏威夷大學主辦的東西方哲學會議，接受夏威夷大學人文博士學位。7月作《論唐初盛唐還沒有雕板書》。12月作《容忍與自由》。是年7月在台主持中研院第四次院士會議。11月主持台灣省“國家長期發展科學委員會”第二次會議。
1960年70歲
1月作《〈王國維“水經注箋”跋〉後記》。2月作《〈全唐文〉裏的禪宗假史料》、《終身作科學實驗的愛迪生》。5月5日《胡適講“五四”運動》一文載於台北《中央日報》。6月5日，出席蔣介石歡迎艾森豪威爾的宴會，並與其晤談。7月作《中國的傳統與將來》。11月作《所謂“曹雪芹小像”的謎》。是年9月台灣《自由中國》雜誌主持人雷震被國民黨當局逮捕。
1961年71歲
2月作《影印“乾隆甲戌脂硯齋重評石頭記”的緣起》、《影印乾隆壬子年木活字本百廿回“紅樓夢”序》。5月作《跋“乾隆甲戌脂硯齋重評石頭記”影印本》。8月作《朱子語略》二十卷。11月6日，應美國國際開發總署之邀，在“東亞區科學教育會”作《科學發展所需要的社會改革》講演。是年心髒病複發，其夫人江冬秀由美返台。
1962年72歲
2月24日在台北主持中央研究院第五次院士會議。會後，在歡迎新院士酒會結束時，因心髒病猝發而與世長辭。10月15日安葬於南港舊莊墓園。