出長“中央研究院”
胡適於1958年4月2日離開紐約，取道舊金山，與在此為台灣清華大學購買原子反應爐的梅貽琦相會後聯袂返台；8日飛抵台北。當天，在鬆山機場受到台灣國民黨當局及學術界代表隆重的歡迎，到機場迎接者有陳誠、張群、張厲生、俞鴻鈞、蔣經國、莫德惠、張其昀、羅家倫、李濟、王世傑、朱家驊、李石曾、蔣夢麟、陳雪屏、董作賓、毛子水及長子胡祖望夫婦、長孫胡複等及中國公學校友會等團體，共500餘人。此外，國民黨元老於右任坐在輪椅上，由秘書陪同迎候於機場檢查室門口。這一熱鬧場麵，說明國民黨人對胡適之到來是寄予很大希望的。胡適在機場休息室答記者詢問時說：我個人雖不是研究自然科學的，但我認為自然科學的發展，在現代國家中實在占一個極重要的地位。“中央研究院”是國家最高的學術機關，必須迅速負起推廣學術研究的任務。當記者問及目前台灣是不是需要一個強大的反對黨時，他很風趣地說道：“請你不要審問我與政治有關的問題好不好?”接著便解釋說：我去國至今三年零三天，國內的事全部茫然，你這個問題又是如此之大，今天我無法給你圓滿的答複。最後又補充說：我向來對於政治沒有興趣，如今老了，更加沒有興趣了。次日蔣介石在官邸接見他，晤談了一個多小時。事後，他對報界透露說，他們就如何重建台灣學術基礎一事進行了廣泛的談論。他認為如何重建學術基礎，發展科學研究，實為當前刻不容緩的事，並稱：茲事體大，必須多與國內學者們談談，為國家著想，在何種方式之下，來建立高等學術基礎，“七年之病，求三年之艾”不預為籌劃，是不可能得到的。
4月10日上午，胡適在南港正式就職，但未舉行任何儀式，僅由胡適作了簡短講話。後來會議便轉入舉行第三次院士的議程。此會有蔣介石、陳誠等人及學術界人士約200人參加，蔣在致詞中要求中研院發展科學，為其“反共”政策服務，宣稱：“中央研究院為全國學術之最高研究機構，且應擔負起複興民族文化之艱巨任務。目前大家共同努力的唯一工作目標，為早日完成反共抗俄使命，如果此一工作不能完成，則吾人一切努力均將落空，因此希望今後學術，亦能配合此一工作來求發展。”蔣介石講完後，由梅貽琦代表來賓致詞。之後，胡適作答謝詞，他說：“談到我們的任務，我個人認為，我們學術界和中央研究院挑起反共複國的任務，我們做的工作，還是在學術上，我們要提倡學術。”接著他舉了兩個例子來說明他的觀點：第一個例子是歐洲普法戰爭後，法國割地賠款。當時法國有位化學科學家巴斯德努力作研究，發現一切傳染病都是由微生物來的。這個研究成果為國家帶來巨大利益，因此彌補了法國的賠款和損失。第二個例子是美國約翰·霍普金斯大學。這個大學董事會聘請了吉爾曼為第一任校長。他提出辦大學不要像哈佛學院、耶魯學院那樣，而要學習德國那種以研究院為中心的新式大學。當時美國大學還沒有科學研究。由於他提倡研究，學校培養了很多人才。後來哈佛、耶魯等校也跟著變，改為以研究院為中心的大學。一個人、一個學校竟轉變了整個美國的學術風氣。因此，胡適強調說：“我向來是樂觀的。現在困難危急的時候，我的話並不是駁總統。總統對我個人頗有點偏私，說的話我實在不敢當。我覺得我們的任務還是應該走學術的路，從學術上反共、救國、建國。至少我個人有這樣的樂觀。盡管我們的物質設備損失了很多、人才缺乏，但我們可以造就人才。”由此可見，蔣、胡之間在如何發展科學上有一些認識上的分歧，但在政治上“反共”這一點是同呼吸、共命運的。
同日下午，胡適繼續主持院士會議，為選舉1957年度新院士，對34名院士候選人的資曆及其著作進行審查。次日，選出新院士林家翹、楊振寧、李政道、吳健雄、李卓皓、潘貫、林致平、朱蘭成、王世浚、蔣廷黻、姚從吾、勞幹、蔣碩傑等14人。對於此次院士選舉結果胡適甚感滿意。他說：“楊振寧、李政道、吳健雄三位物理學家獲選院士，係在意料中。”並指出：“吳健雄女士係用實驗方法，證實楊、李之‘奇偶性不變’定律者。”胡適在此著重介紹了吳健雄，說她的成績是用實驗方法取得的。他說這個話，是言之有據的：在此之前，即1957年2月4日，那時他在美國出席了紐約華美協進會為歡迎楊振寧、李政道、吳健雄、胡健中及他本人的歡迎會。在會上吳健雄發言時，甚讚胡適對她的幫助，她說：“適之先生是她的老師，她之能有今天，是根據老師‘大膽假設，小心求證’來的。”胡適那時在場，看到晚輩們在國際學壇上取得非凡的成就(楊、李奪得諾貝爾物理學獎，吳也有襄助勞)，為國爭了光很是激動。因有這段往事，所以他今天在大庭廣眾之中，大膽地說這個話，表現他對此感到自豪。
這次院士會議結束後，胡適擬定了一個“國家發展科學培植人才的五年計劃的綱領草案”，針對台灣地區科學落後、人才外流的情況提出增加科研經費，改善教授、科學家的生活待遇，聘請外國學者到台講學，進行學術交流等辦法，企圖以此來挽救台灣地區的學術危機。並於5月3日向台灣國民黨政府“副總統”陳誠作了彙報，希望政府給予支持。之後，他因要處理一些私人事務並作身體檢查故於6月16日離台赴美。到紐約後，他一方麵準備搬家的事宜，另方麵與有關朋友聯係，計劃今後如何開展學術研究等工作。為此，他曾約請好友趙元任回台講學，要他寫信給台大校長錢思亮，落實明年一、二、三月在台大講學的事，並告訴他說，自己已裝了四箱書了，但書架看上去好像還沒有動似的!聲稱搬家真是苦事!與此同時，他又在紐約以“中央”研究院院長的名義，召開了一次院士談話會，研討如何建立製度、發展科學等問題，當時在美國的院士共有21人，到會者有蕭公權、陳省身、陳克恢、汪敬熙、吳憲、朱蘭成、吳大猷、楊振寧、蔣碩傑、蔣廷黻、吳健雄、李政道、袁貽瑾、李書華、胡適、林致平16人。為了召開這次會議，胡適一直忙於發通知、擬綱要、聯係地點、安排食住等工作，到開完會後，才感覺身上如釋重負。他在日記裏寫道：“連日太辛苦，昨晚上床較早，取小說消遣，讀到終篇，天已大亮。”雖然很勞累，但愉快的心情，感到高興。在此之前，胡適請吳大猷幫忙擬了一個“發展科學及培植人才的計劃”，大家圍繞這個計劃，進行了廣泛的討論。這次會議為胡適日後返台開展工作起了促進作用。同年10月30日他帶著喜悅的心情離美返台。
這次回台灣後，他住進南港“中央”研究院為他建造的新居。因胡適有心髒病，院方特為他選塊平地蓋了一所小平房：裏麵有書房一間，客廳連餐廳一間，客房一間，臥室兩間。據說室內潮濕，設備簡陋，但胡適不在乎這些，每天仍專心致誌地在此工作。他的生活方式仍跟過去一樣，白天忙於辦公或是會客，到了晚上才是他搞學術研究的時光，因此他寫文章有時竟寫到天亮，才去安眠。這是他身體不好原因之一。一次，有記者訪問他，請談其感想，他說：南港寓所很幽靜，是過隱居的生活。並稱：“近來寫中國唐代佛教曆史上的一個問題，關於禪宗的，這問題我注意好多年了，現在根據敦煌石室中發現的史料把它寫定。這裏曆史語言研究所圖書館中的書搜集很精，對我研究中國思想史、中國文化史的工作很有裨益。拿這個圖書館作中心，再加上中央圖書館，台灣大學圖書館，及若幹私人的藏書，對我非常方便，我應該安定下來，把沒有完成的工作及時完成，不能再拖下去了。”之後，胡適寫了《新校訂的敦煌寫本神會和尚遺著兩種》及《史語所藏楊希閔過錄的何灼沈大成兩家的“水經注”校本》等論文，實想安下心來做學問，以了卻一生所欠下的“文債”。然而，在客觀上各方麵的幹擾依然很大，訪客雖有所限製，但仍然不少，其中有些是慕名來求其寫字的。胡適接應不暇，後來擬了一封謝絕給人家寫字的通知，略謂：“××先生：我從來沒有好好的學寫字，十幾歲時，我曾臨寫顏魯公，也曾臨寫褚河南，也曾臨寫蘇東坡。無論臨寫誰，我總寫不像……我19歲出國留學，更沒有學寫字的工夫了。民國六年(1917年)回國教書，到現在40多年了。這40多年裏，我寫了三四百萬字的稿子，或是講義，或是文稿，我隻有一條自律的規則，就是：不寫一個潦草的字，不要叫排字工人排錯。但是過去四五十年裏，我沒有費一天工夫去學寫字，所以我自己知道我不會寫字，更不配給別人寫字。承先生的好意，要我寫字。我寫這封信，請先生原諒，請先生恕我不寫了。原紙奉還，敬祝先生健康。”據筆者所見“胡適存件”中之原稿，確如上所述，沒潦草不清的字。過去有人評論說：“適之先生的思想與寫作的特點，一言以蔽之，就是‘清楚’。把問題搞清楚，把事實弄清楚，把話說清楚，這就是他的思想與寫作的態度和精神。”現在看來，似乎還須加上一句“把字寫清楚”，這樣意思才夠完整。
胡適自到中研院後，對發展科學的計劃抓得很緊：常向朋友們征求意見，在許多場合講他的看法，並將他11年前所寫的《學術獨立的十年計劃》與吳大猷擬定的原案，以及他新綜合的“五年計劃”彙集起來，分送台灣當局有關部門，請審議批準實施。這個計劃的要點，共有六項：(一)充實各研究機構的研究設備，(二)設立“國家客座教授”，(三)設立“國家研究講座教授”，(四)設立“研究補助費”，(五)添造“學人住宅”，(六)凡專習基本科學的研究生暫時免其兵役。總的精神是重視科學、改善教師與研究人員的生活待遇。這個思想是他一貫的主張。據說在台灣“行政院”討論這個方案時，大家肯定這方案意義十分重大，但對其可行性表示懷疑，因為沒有錢，方案再好也是等於零。尤其是對第四項“設立研究補助費”這一點困難更大。當時陳雪屏代表官方提出意見，認為公教人員待遇菲薄是一事實，但一時尚難作合理的調整，所謂“研究補助費”等於變相增加待遇，而且相當於原有薪金的半數，恐引起其他各類人員的不滿；其次，經費有限，申請者必多，標準難訂，分配不公，易引起糾紛，因此提議刪除這條。胡適對此卻大不讚成。他認為大學教授因薪金太低無法維持生活，所以不得不在校外兼課、兼事，這樣長此下去，勢必影響教學與研究，國家的損失實無法計算，因此他堅持這一條。他說：“補助辦法正是本案的一個重點。任何新的措施執行時必會發生很多困難，隻要政策正確，便不怕反對、不怕指責。如果坐待待遇全盤調整，而不及早設法勉於補救，將使高等教育的水準日趨低落，人才更無從培養，權衡利弊得失，萬不宜畏首畏尾，因循耽誤。”談到後來，他正顏厲色地責備陳雪屏，說：“你也是出身於教育界，更不應不明椖其中的利害。”陳無言答對。結果這一條在胡適的堅持下得以保留。後來台灣教育部長梅貽琦綜合各方麵的意見，又擬訂了一個“綱要”，送行政院審定。
1959年1月17日，台灣省行政院終於發表了《國家長期發展科學計劃綱領》，全文共7條，略記如下：
(一)設置國家發展科學專款。
(二)上項長期發展科學專款，分五年籌齊，第一年額定為新台幣2000萬元，美金20萬元。
(三)由教育部與中央研究院評議會共同組織一主持此項發展科學研究工作之機構。
(四)發展科學專款之用途，定為下列六項：(同上，故略之)。
(五)長期發展科學專款範圍，以自然科學、基礎醫學、工科及人文與社會科學為主。
(六)關心中等學校普遍加強科學教育，充實儀器設備。
(七)凡專習自然科學、基礎醫學或工程之研究生，畢業後仍繼續專治其所學者，準緩服兵役。根據上述第三條的精神，2月1日，台灣“中央”研究院評議會與教育部舉行聯席會議，通過“國家長期發展科學委員會組織章程”，並宣布國家長期發展科學委員會正式成立，胡適被任命為主席、梅貽琦為之副。次日台灣當局正式公布了“國家長期發展科學計劃綱領”。這個“綱領”發布後，台灣科學界及教育界人士感到極大興奮。胡適本人除對公布的經費有一些意見外，基本上還是滿意的，多年來的願望實現了，這使他感到無比的愉快。他說：這個綱領是在他與吳大猷擬製的基礎上，由教育部擬定的，由於經費問題一直沒有定下來，今天正式發表，已將原訂計劃的經費打了折扣。原來決定第一年為4000萬元，現在改為2000萬元。還不知將來如何兌現呢?之後，他滿懷熱情地為實現這個計劃而努力工作，並積極動員在海外的華人學者回台講學。當時在美國的科學家，如吳大猷、楊振寧、李政道、吳健雄等都是他爭取的對象。趙元任時已在台講學，胡適希望他退休回來，在四季常春的環境中，在祖國無數青年的熱望下，來完成所未完成的工作和訓練自己國家的青年。此外，他還鼓勵老友李書華回台講學或是定居。關於這件事，李有回憶文章說，“民國四十八年(1959年)2月間，適之提議的‘國家長期發展科學計劃’付諸實施後，他很高興，他寫長信來報告該計劃的詳細辦法。他約我‘回台走一遭’，‘作短期講學’。我因身體欠佳，不能遠行，未能回去。同年11月9日他又寫信勸我‘回到南港來住，晚年還可以收幾個徒弟。’信中有一段很動人的話，他說：“李恕穀(塨)的話：‘交友以自大其身，造士以求此身之不死?’這是你老鄉的名言，我寫寄老兄，也盼老兄與大嫂能回到南港來住。紐約天氣冬天太長，又太冷，於老年人實不相宜……所以我勸你們倆考慮我的建議。”後來，李書華因身體關係，未能返台一遊，雙方都甚表遺憾!至於改善教師、研究人員的待遇問題，後來有500多學人得到科學補助費，這在一定程度上安定了人心，使教學與研究有所發展。但另方麵也帶來一些困擾，因為甄審方麵缺乏一致的標準，多數的申請人落選後不免產生一些怨言，也造成一些誤會，甚至激發起惡意的攻擊，結果都集中到胡適身上，但他還是那句話：隻要正確的，問心無愧，不怕罵!甘心忍受。由於胡適、梅貽琦等人的努力，“長科會”在台灣取得了一些成績。後來雖然組織、名稱、人事、經費等都有過許多變動，但它的基本精神仍保持著，這對台灣地區學術的提高和發展是起很大作用的。
同年7月1日胡適又主持了“中央”研究院第四次院士會議，選出近兩年度的院士周煒良、袁家騮、顧毓琇、範緒筠、王世中、汪明、淩純聲、楊聯升、劉大中9人。對選舉院士，他主張不應有地域的限製，更不應有國內外的分別，要以學術上的成就為主。其次，認為“中央”研究院不是政府機關，故所發之文稿應盡量避免用公文，而改用私函，並由自己簽名。有一次，他看了中研院擬發給各院士的文稿，很感慨地說：“這班院士都是我的老朋友。我想在這稿子上添上‘吾兄’兩字都無法添入。他們都是學術界的人士，也不慣看公文。這樣的公文，連一點人情味也沒有。”所以他主張應改掉這種官僚習氣。
7月3日，胡適離台赴檀香山，出席夏威夷大學主辦的第三次“東西方哲學會議”。在這個會上講《中國哲學的科學精神與方法》。他首先闡述了中國哲學史的發展概況，接著對比了中西方學術發展的道路，並批評了一些外國學者認為“中國文化隻能容納由直覺得來的概念”的說法。主張對這個問題應該有曆史的看法，他以中國曆代著名的思想家為例說明，中國儒家傳統中也包含著“蘇格拉底傳統”，即“自由問答，獨立思想，懷疑，熱心而冷靜的求知”的傳統。並稱孔子確有許多地方使人想到蘇格拉底。像蘇氏一樣，孔子也常自認不是一個“智者”，隻是一個愛知識的人。他說：“知之者不如好之者，好之者不如樂之者。”什麼是曆史的看法呢?胡適解釋道：“曆史的看法，隻是認為東方人和西方人的知識、哲學、宗教活動上一切過去的差別，都隻是曆史造成的差別。”因此西方式“科學”絕不是什麼優等民族，獨占的創造，而是許多曆史因素湊合的自然結果。明瞭這個道理，就不會“天然阻止”一個民族或一種文化“去學習、吸收、發展，甚至於超過另一個民族在種種曆史條件之下開創發揚起來的那些知識活動”。胡適這篇文章主旨在駁斥西方學者對東方文明之蔑視，並從曆史角度闡明中國文化自有其特點，其中也包含著一個偉大的科學精神與方法。在這次會議上，他接受了夏威夷大學贈予的人文學博士學位。這是胡適一生所接受的35個榮譽學位的最後一個。31日離檀香山轉紐約，並在華盛頓主持中基會第三次年會。10月回到台灣。