1960年3月19日，胡適因心髒病複發進台大醫院，半個月後出院。有一天他對他的秘書胡頌平說：“假定我還有10年的工作時間，我要刻苦把必要的東西寫出來，至少要計劃計劃。”這期間他曾提到要編五集、六集的文集，另外還要出一本詩存。出院後，6月5日在台灣師範大學14周年紀念會上講《教師的模範》。先從國內外大學的曆史講起，接著對比中西大學發展的概況，最後總結說：師範就是教師的模範。一個教師至少要有兩方麵的理想：一是人格方麵，要做到“不降其誌，不辱其身”，另方麵是知識問題，要有資格為人師表。如是“才能擔任教育下一代的神聖使命”。18日在台南成功大學畢業典禮上講《一個防身藥方的三味藥》。他對即將步入社會的畢業學生們說，今天要送一個小禮物給你們作為防身之寶。這禮物是三味藥：第一味叫“問題丹”，他希望同學們離開學校，總得帶上一兩個麻煩而有趣味的問題在身邊做伴，讓他時時向你挑戰，時時笑你不能對付他，時時引誘你去想他。隻要你有問題跟著你走，你就不會懶惰了，你就會繼續有知識上的長進了。有了問題，沒有書，你自會省吃少穿去買書，沒有好先生你自會去找好師友，沒有資料你自會上天下地去找。第二味叫“興趣散”，每個人進入社會，總得多發展一點專門職業以外的興趣，即業餘愛好。他說：“這種非職業的玩意兒，可以使他的生活更有趣更快樂更有意思。有時候，一個人的業餘活動也許比他的職業還更重要。”說到這裏，他舉西洋哲學家斯賓塞為例說，他是一個測量工程師，他的業餘工作使他成為一個很有勢力的思想家。第三味藥叫“信心湯”，他勸台灣青年不要悲觀、失望，總得有點信心。他說，“我們的信心，隻有一句話：‘努力不會白費’，沒有一點努力，是沒有結果的。”接著他舉了美國萊特兩兄弟，沒有受過大學教育的修理自行車的工人，發明製造飛機的故事，來證明他所說的這個道理。會前，胡適還參加了該校畢業生的謝師宴。他對記者說，“我很苦，每到一個地方，要出買路錢。買路錢是什麼?就是要你說話。留下買路錢，才能放你過去。”胡適原想回台灣做點學問，然而現實卻不能使他如願以償。許多意想不到的事都會找到他的頭上來。在此之前，台北大專院校校長集會決定成立孔孟學會，當時台灣省的教育部部長梅貽琦曾寫信給胡適，擬請他擔任該會發起人。他回信表示謝絕說：“我在40多年前，就提倡思想自由、思想平等，就希望打破任何一個學派獨尊的傳統。我現在老了，不能改變40多年的思想習慣。所以不能擔任‘孔孟學會’發起人之一。千萬請老兄原諒。”諸如這類事情，不勝枚舉。但有些事情，他又是勇於助人為樂的。比如，那時中研院有位數學研究助理員名叫劉登勝，因為父親被台灣當局治罪受到株連，警方不準其出國留學。他去向胡適求援，胡認為他是個人才，於是欣然允其所請，向陳誠寫了一封保薦信，信雲：劉登勝兩次考得美國第一流大學的獎學金，是個很有前途的數學家。隻因其父親關係，警備司令部不準放行，師友、同人均為惋惜。我因此特寫此信，請您考慮這個問題。“不可因為一個父親犯了罪而剝奪他的兒子出國進修的難得機會。”並稱“如果安全機構需要保人，我願意為劉君作保。”可見他對有真才實學的人才是非常愛惜的!
是年7月9日，胡適率台灣學者19人赴美國西雅圖，次日在華盛頓大學舉行“中美學術合作會議”。在會上，胡適講《中國的傳統與將來》。這次會議開了6天，雙方共有86位學者出席，會議采取所謂“保密政策”。台灣方麵宣稱，此會在會外有兩個任務：一是與美國各大基金會洽談資助問題，二是勸留學生返台做事。會後胡適在飛往紐約途中寫信給中研院總幹事全漢升說：“得錢不太難，得人最難”。從他的話裏，可窺測會議的一個大概情形了。因健康關係胡適未按原計劃返台。9月2日到華盛頓出席中基會1960年度會議，當天返回紐約。4日台灣“雷震案”發生。雷震等4人以涉嫌叛亂條例被捕，《自由中國》雜誌停刊。胡適與這事件有關連，聽到消息後感到極大震驚，並因此而陷入困境之中。據唐德剛先生回憶說：“那時他老人家那一副愁眉苦臉，似乎老了20年的樣子，我前所未見，看來也著實可憐見的。”
任《自由中國》發行人
為什麼胡適聽到“雷震案”發生後，竟至“老了20年”呢?他與雷震究竟有何關係，這就得從《自由中國》雜誌之由來說起了。
1949年初，國民黨軍隊經過遼沈、平津、淮海三大戰役後已經是潰不成軍，南京政府已處於指日可下之勢。但國民黨當局還在夢想劃長江為界，與代表人民利益的中國共產黨抗衡。在這種形勢下，時任南京政府行政院政務委員的雷震麵對國民黨的貪汙、腐敗很是失望，但還想如何來挽救它。於是他去找時在上海的胡適，征求他對時局的意見。胡適回答說，他有“四不”，第一，不請客，別人約不拒絕，但不回請。第二，不拜客。第三，不介紹人，因為學生太多，無法照顧。第四，不能組黨。雷震摸清胡的態度，主要是組黨一事，後來又約胡適與王世傑、杭立武等人進行多次商量的結果，決定開展一項新的運動，也就是自由中國運動，以自由主義為號召，從事長期的反共“救國”活動；首先是想辦一份報刊來振起輿論，請胡適題字，並起草該社宗旨。這事胡適一直拖著沒有寫。
同年4月胡適奉國民黨之委派出國赴美，在船上他才有時間為《自由中國》雜誌草擬了一個宗旨，共四條：
第一，我們要向全國國民宣傳自由與民主的真實價值，並且要督促政府，切實改革政治經濟，努力建立自由民主的社會。
第二，我們要支持並監督政府用種種力量抵抗共黨鐵幕下剝奪一切自由的極權政治，不讓他擴張勢力範圍。
第三，我們要盡我們的努力，援助淪陷區域的同胞，幫助他們早日恢複自由。
第四，我們最後的目標是要使整個中華民國成為自由中國。寫好後，他寄給雷震及杭立武等人，再三說寫得不好，請他們修改擴充。後來國民黨在大陸，兵敗如山倒，很快逃往台灣。雷震等人於1949年11月20日，在台北推出《自由中國》雜誌第一期，以胡適為該刊發行人，實際負責的是雷震，並將胡適寫的“宗旨”一字未改的照登出來，主編為毛子水。這樣《自由中國》便問世了。
之後，該刊議論時政，在輿論界有相當的影響力。到1951年6月，《自由中國》發表一篇《政府不可誘民入罪》的社論，對國民黨的特務政治有所批評。結果遭到台灣軍方的指責，並稱還要抓人。在這種壓力下，雷震等人便寫了一篇《再論經濟管製的必要》的社論，表示賠罪道歉，這才了事。但遠在美國的胡適對此卻非常不滿，認為是受了一種侮辱，寫信給雷震(字儆寰)，要求辭去發行人的職務，以示抗議。信雲：“儆寰吾兄，我今天要正式提議請你們取消‘發行人胡適’的一行字。這是有感而發的一個很誠懇的提議，請各位老朋友千萬原諒。何所感呢?《自由中國》第四卷十一期有社論一篇《政府不可誘民入罪》。我看此文十分佩服、十分高興。這篇文字有事實，有膽氣，態度很嚴肅負責，用證據的方法也很細密，可以說是《自由中國》出版以來數一數二的好文字，夠得上《自由中國》的招牌!我正在高興，正想寫信給本社道賀，忽然來了‘四卷十三期’的《再論經濟管製的措施》，這必是你們受了外力壓迫之後，被逼寫出的賠罪道歉的文字!……我因此細想，《自由中國》不能有言論自由，不能有用負責態度批評實際政治，這是台灣政治的最大恥辱。我正式辭去‘發行人’的銜名，一來是表示我一百分讚成《不可誘民入罪》的社評，二來是表示我對於這種‘軍事機關’幹涉言論自由的抗議。”此事該刊編輯部表示難以同意，故“決議請求胡先生繼續領導”，胡也沒有繼續堅辭。這又拖了一年多，到1952年11月胡適第一次返台時，在《自由中國》3周年的紀念會上，胡適又再次提出這個問題。他說，我住在國外來負發行人的責任，名義上是爭取自由，這未免有一點假，所以，我希望朋友當中能負起實際責任的人來負發行人的責任。我願意擔任負比較實際責任的編輯委員，或海外通訊員等職，並稱：“言論自由是要自己爭取的。爭取自由，是應該負責的。我們在這個地方，說話錯了，要負說錯話的責任，違反了國家法令，要負違反國家法令在法律上的責任。”由於胡適辭意堅決，該刊編委會才表示同意。後來《自由中國》發行人，改由雷震擔任。
嗣後，胡適在該刊上發表過許多文章，以講文化為名，進行反共。如：1953年在該刊8卷3期上，發表《三百年來世界文化的趨勢與中國應采取的方向》。宣稱近300年來世界有兩大文化趨勢：一是科學與工業的進步；一是自由民主的發展。他說：“我已經60多歲了，我又是弄曆史的人，我可以誠懇地告訴大家，我現在還承認300年來科學民主自由的那種文化的趨勢，是人類曆史上一個大的趨勢，這個方向是對的，正確的。而這35年來，共產黨所代表的鐵幕的文化——反自由反民主的文化，是一個反動。”1954年又在該刊十卷六期上，發表《從“到奴役之路”說起》，誣蔑社會主義是“到奴役之路”。並聲明他對1926年在《我們對於西洋近代文明的態度》一文裏說過的那段話，即“18世紀的新宗教信條是自由、平等、博愛；19世紀中葉以後的新宗教信條是社會主義”是錯誤的，又說：“像我胡適之當眾懺悔的話，值得大家仔細一想的”。從上所述，可見胡適到美國後，反共反社會主義的思想和言論比以前更加猖狂了。
1956年10月31日，這天蔣介石70歲生日。事前蔣曾發通知：“婉謝祝壽，以六事谘詢於同人，均盼海內外同胞直率抒陳所見，俾政府洞察輿情’。希望大家提示問題，以便采納。於是《自由中國》在十五卷九期出了“祝壽專號”。執筆者有胡適、雷震、毛子水、徐複觀、陶百川等人。胡適寫的題目是《述艾森豪威爾總統的兩個故事給蔣總統祝壽》。此文大意是勸蔣介石信任部屬，不要管庶務，做一個無為的總統，他說：“我們憲法裏的總統製本是一種沒有行政實權的總統製，蔣先生還有近4年的任期，何不從現在起試試古代哲人說的‘無智、無能、無為’的六字訣，努力做一個無智而能禦眾智、無能無為而能禦眾勢的元首呢?”雷震寫的則是《謹獻對於國防製度的意見》。其他幾篇，中心大意都與上述文意差不多。這期《自由中國》在台灣輿論界轟動一時，連出七版之多。台灣當局對此甚為惶恐，於是組織部屬刊物進行圍攻。聲稱《自由中國》雜誌，是“思想走私”，為“共匪統戰工作的鋪路”。此外，台灣國防部總政治部，在《向毒素思想總攻擊》小冊子裏，不指名地攻擊胡適，略謂：有一知名的學者，發表所謂“向政府爭取言論自由”的言論。“目的在於製造人民與政府對立，破壞團結，減損力量，執行分化政策，為共匪特務打前鋒。”又說：“要‘總裁’仿效他做一個‘無智’、‘無能’、‘無為’的元首”，這是荒謬絕倫的言論。“名為自由主義，實際卻是共匪的幫凶。”胡適對台灣官方的這種做法，甚表遺憾!他在給趙元任的信裏說；“這大半年來所謂圍剿《自由中國》事件，其中受圍剿的一個人就是我。所以我當初決定要回去，實在是為此(至少這是我不能不回去的一個理由)。”原來胡適回台灣定居，除了想繼續做未完工之著作外，還有一個原因卻是為了這個雜誌。可見《自由中國》在胡適心目中的地位是多麼重要的。
1958年4月，胡適離美定居台北。5月應邀在自由中國社餐會席上講話，題為《從爭取言論自由談到反對黨》。在這次演說中，他認為台灣在爭取言論自由方麵，比過去有所進步，而《自由中國》雜誌也辦得很有成績。因此他對雷震特表示敬意，他說，“這幾年來，如果說言論自由格外普遍，我覺得雷先生的功勞最大。我說，台灣應該替他造一個銅像，以表示他是真正爭取言論自由的英雄、好漢、鬥士。在此時此地，我想請求諸位一起舉杯共祝雷震先生健康。”接著他對當時台灣輿論關注的反對黨問題發表意見說：今天大家覺得一黨當政的時間太久了，沒有一個製裁的力量，流弊甚多，應該有一個別的黨派出來。我在多年前曾公開說過，希望中國國民黨能學土耳其凱末爾的榜樣。黨內分化為兩個黨。但直到今天都還沒有出來。現在可否讓教育界、青年、知識分子出來組織一個不希望取得政權的在野黨。一般手無寸鐵的書呆子出來組黨，大家總可相信不會有什麼危險，政府也不必害怕。“從這裏找出一個新的方向走去，產生一個沒有危險，不可怕的在野黨，將來也許可以走到一個新的方向。”胡適的這次講話，雷震深受鼓舞。之後，他便積極進行組黨活動，先是從事於“地方自治研究會”的工作，希望從地方選舉入手。後來到1960年夏天，正式開始新黨的組織工作。與此同時，並公布雷震、李萬居、高玉樹3人為發言人，並推定他們三人及夏濤聲、吳三連、郭雨新等17人為召集委員。同年8月雷震宣布新黨將於9月底或10月初正式成立。在此之前，胡適公開反對蔣介石在台灣做第三屆“總統”。他說：“國大”即將召開(2月20日)，蔣先生應樹立合法、和平、轉移政權之範，不應為第三任“總統”。此事在報上披露後，引起國民黨高層人士之不滿。在一次宴會上，張群就當麵批評過他。事後，王世傑找胡適說：“你盡可堅持你的主張，但台灣現時國際地位太脆弱，經不起你與蔣先生公開決裂。”經過王的勸解，胡適也就不再堅持己見了。雷震這時常到胡適住處請教，並要求胡適出來領導，做黨魁，實際工作可由雷本人來負責。胡適仍堅持“四不”的主張，表示不同意，認為擔任中央研究院院長是政府的一個學術機構，出來搞政治實不相宜。但他盡力支持雷震出來組織，他可在旁協助，做一個黨員，召開成立大會時他一定出席講演捧場。並以孟子的話相勉，謂“待文王而後興者，凡民也。若夫豪傑之士，雖無文王猶興”。在胡適的鼓勵下，雷震勇往直前地在進行組黨工作。不料在新黨即將組成之前，9月4日他卻被台灣警備總司令部逮捕，罪名為“文字叛亂”和“知匪不報”，同時被捕的有《自由中國》的編輯兼新黨秘書傅正，及會計劉子英、馬之驌共4人，《自由中國》因此停刊。
這時，胡適在美國得此噩耗非常悲痛，他說：“我雖不殺伯仁，伯仁因我而死。”於是他很快打電報給陳誠說，“鄙意政府此舉不甚明智，其不良影響……恐將騰笑世界。”建議將此案交司法審判，一切偵審及審判皆予公開。隨後又再電陳誠說：“萬望我公戒軍法機關不得用刑審，不得妄造更大罪名，以毀壞政府的名譽。”在回答美國記者時，針對雷的罪狀，他說：“相信雷震是一個愛國反共的人。”並稱“這個雜誌一直是台灣新聞自由的象征”。希望雷震案件由普通法院審理，而不付諸軍事審判。”胡適對台灣當局的這種獨裁政治，甚為不滿。王世傑那時也在美國，據其日記雲：“彼(胡適)對雷案之憤激，超出餘預計之外。言外之意，似有改變其20餘年來支持政府之一貫態度，餘勸其可向政府作不公開之爭議，但仍以避免公開批評為宜。彼似不甚以餘意為然。”之後，王繼續對胡適做工作，勸其“今後注意其提倡科學教育工作，不可輕易放棄其最近兩年來在此一方麵努力之成果。至於政治問題，盡可繼續為政府之諍友，不可改變其20年之一貫態度”。在王世傑等人的撫慰下，胡適的怒氣逐漸有所減弱，但這對他的刺激實在太大了。