胡適出長北大後，他一方麵主張集中科技力量，在北大以物理係為基地迅速發展國家的尖端科學，以追趕世界的先進水平；另方麵主張實行教育改革，以培養出更多的人才來為國家建設服務。因此，在1947年8月他到南京出席中央研究院院士選舉籌委會時，曾親自向蔣介石與張群提出過他的“十年教育計劃”的主張，但蔣未置可否。後來他回到北平又寫成文章，以《爭取學術獨立的十年計劃》公諸於世向社會征求意見。他說，“我很深切的感覺中國的高等教育應該有一個自覺的十年計劃，其目的是要在十年之中建立起中國學術獨立基礎。”至於“學術獨立”的內容包括些什麼?他說，必須有四個條件：(一)世界現代學術的基本訓練，自己大學能解決，不需要求助於外國。(二)受了基本訓練的人才，國內應該有設備和師資，可做繼續研究。(三)本國需要解決的科學問題，如工業、醫藥與衛生、國防工業等問題，在國內應該有專門人材與研究機構，幫助社會與國家求得解決。(四)對於現代世界的學術，本國學人與世界各國學人分工合作，共同擔負發展科學的責任。為達此目標，需及早準備一個良好的基礎，故而他提出：“中國此時應該有一個大學教育的10年計劃，在10年之內，集中國家的最大力量，培植5個到10個成績最好的大學，使他們盡力發展他們的研究工作，使他們成為第一流的學術中心，使他們成為國家學術獨立的根據地。”其次，他還提出需要改革教育製度，其中包括“大學”觀念的改變。他說：“今後中國的大學教育應該朝著研究院的方向去發展，凡能訓練研究工作的人才的，凡有教授與研究生做獨立的科學研究的，才是真正的大學。凡隻能完成四年本科教育的，盡管有十院七八十係，都不算是將來的最高學府。”於是他提議在學校裏，大大減除行政衙門的幹涉，而多多增加學術機關的自由與責任，且設置博士學位製度，以此來提高各大學研究所的尊嚴，以減少出洋鍍金的社會心理。最後強調說，這個建議裏最重要又最簡單易行而收效最大最速的是：用國家最大力量培植5個到10個大學的計劃。這一點如果能實現，“10年之後，我相信中國必可以在現代學術上得著獨立的地位。”
胡適在此方案提出之前，對於其中的內容經過記者的采訪已在報刊上報道過。當時說得比較具體，如在10年教育計劃中，先集中力量培植5個大學為北大、清華、浙大、中央、武大。其次，關於經費問題，他認為可以從改變留學政策中想辦法：據估計中國當時花在留學生身上的外彙，每年約為400萬美元。這是一筆不算小的開支。他主張縮減這部分開支，把這些錢用來發展國內的大學。他的上述意見在報上披露後，引起輿論界廣泛注意，許多報刊發表社評，尤其教育界人士對於此計劃更感興趣。值得一提的是遠在美國的留學生，有一位名叫文長的寫信給胡適表示讚成他的10年教育計劃。他在信中說道，到美國來，從開始一直到現在，我的一句總感想是：“如果我們這一輩子在這裏留學的，結果不能使下一輩不再來外國討教育，則是我們這一輩的奇恥大辱!”這話我對許多中國同學談過，他們也有同感。這不是一時憤激的牢騷話，而是曆嚐甘苦之後體會出來的。可見胡適提出學術獨立的主張是有深遠意義的。但也有人提出批評，其中最有代表性的是原中山大學校長鄒魯和南開大學教務長陳序經。鄒主要是批評胡提出的5個大學按地區來說分配不公平。他認為胡適提出的方案，北方有北大、清華；華中一帶有中央、武大、浙大，唯獨南方沒有。因此他質問胡適說：既然要政府全力協助5個大學發展，為什麼北部中部可幫助，而南部獨不可以幫助呢?於是他指責胡適有成見。意思是：過去胡適南遊時到廣州，因吃了中山大學的閉門羹(取消了原請他的演講)，故今日拿此來報複中大。當時鄒魯任該校校長，所以他說我不得已有此商榷。至於陳序經，他主要提出兩點意見來與胡適商榷：一是，5個大學的根據何在?二是，關於留學政策問題。他首先質問說：“我們所不解者，是胡先生不知何所根據，而推薦這5個大學?胡先生抗戰開始就出國，戰後很久才作歸計。10年來的中國真麵目，或未必很了解，10年來的中國的大學教育，或未見得很能知道。若隻憑著那‘一點偏私’的感情作用，而隨便去提議，隨便去推薦，這不隻為了胡先生的地位與聲譽而會引起很大重大的影響與不公平的結果，而且是失了胡先生的一向的‘拿證據來’的治學的精神。”並指出胡適反對近年來的留學政策，從表麵上看起來，似乎很有理由，可是事實上也有很多的錯誤。他認為，400萬美元雖是一筆大數目，但與政府每年無益的浪費，如貪汙而浪費與因黨爭而浪費，及駐外國官員的浪費等相比真是微乎其微。所以他不同意節省留學生費用，而且主張多派留學人員到西方去學習。他說，在一個相當的時期裏，充實國內大學的設備固然很重要，而出洋留學尤宜注意。我們不要忘記世界學術而尤其是自然科學日新月異。最後他意味深長地說：康有為隻靠廣學會所出的幾本翻譯書籍而提倡維新，故後來成了開倒車的典型人物。梁啟超上了東洋漆，勉強讀日文，所以在日本辦新民叢報時成為國內新思想界的彗星。然而正如梁氏自己所說，對於西洋的認識太淺。隻拾日人的一些唾餘，來源易枯幹，結果是一代介紹西洋思想的大師，後來不得不跑回線裝書裏討生活。最後大聲疾呼，希望中國青年要往東跑，不要學西洋人的把戲。至於胡先生，他認為一直是站在學術界的前線的人物。所以他說：介紹新思想方麵來說，康有為比不上梁啟超，梁啟超比不上胡適之，這並不是一件偶然的事，我們希望胡先生不要忘記這一點啊。言下之意，希望胡不要走回頭路。因為胡適反對派遣留學生，又死抱著線裝書《水經注》不放，這都是思想退化的表現，所以他特別提出康、梁來議論，其用意是在提醒胡適不要倒退。上述鄒、陳二人從不同的立場出發發表文章和談話，當時在輿論界很引人注目。鄒是國民黨政府委員，廣東人，他的意見顯然是在維護中大，為中大鳴不平。在這點上，陳也是站在南開立場，那是沒問題的。此外，陳還是一位堅持全盤西化的學者，因此，他的批評比鄒更進一步，從文化觀念去分析，於是引起胡適的重視。所以他後來寫的書麵計劃沒有提名是哪5個大學，而隻是說在10年內培植5個到10個成績最好的大學，說明接受了批評。至於經費改變留學政策卻隻字不提了，隻是說：我深信用國家的大力來造成5個到10個第一流大學一定可以在短期內做到學術獨立的地位。顯然這也是接受了陳的批評。既然沒有具體主張，各方麵對他的方案也就沒有什麼意見了。而剩下來的問題就得看國民黨政府是否能接受了。為了了解政府的態度，記者訪問胡適時，問他“蔣主席可接受您的建議?”胡適沒有回答，隻是笑了笑!記者又問他“今後在學校教育方麵有什麼改革計劃?”胡適說：“教授們吃不飽，生活不安定，一切空談都是白費。”由此可見，計劃再好、再周到，沒有經濟基礎也是沒有用處的。胡適抱著滿腔熱忱，想去實現他一向主張“教育救國”、“科學救國”的願望，但處在國民黨反動統治下，不要說這麼大的計劃實現不了，就是他想在北大建造一個大禮堂作為學生活動的場所，這樣的一個願望結果也沒有實現，真是做了一場夢!
談學潮問題
抗日戰爭勝利後，蔣介石為了鞏固其獨裁統治，不顧人民的反對，在全國發動反共、反人民的內戰，與此同時又擬定於1946年11月在南京召開偽國民大會製訂憲法，企圖使其法西斯統治合法化。當時，中國共產黨從全國人民的根本利益出發，與其他民主黨派堅持和平、民主的方針，對這次會議進行了堅決的反對和抵製並拒絕參加。然而，蔣介石卻一意孤行，仍堅持一黨專政，不顧民意決定召開了這次會議。在會議籌備期間，他為了孤立共產黨，極力拉攏第三方麵勢力參加。蔣還親自出馬召見所謂社會賢達進行遊說工作。這時，離開會隻有兩天了，但遠在北平的胡適還未到達，這使蔣介石甚為不安，於是他親自打電報催請胡適“即日命駕，蒞京出席”，並要胡適回電答複。顯然這多少是有一點強製的意思。在此之前，朱家驊也曾給胡適去過電報催他到南京赴會。胡適是否出席這次會議感到很為難，但自接到蔣的電催後，次日(即11日)便毅然決然地飛到南京去了。到南京後，他在與一位鄉友談到此行時說：“這次開會，原是有些躊躇的：一則是國內這個局麵鬧不清，想再等一等，看一看，遲一步再說。二則北大也離不開身……所以直到開會前不久還不想來。最後，連蔣先生也發了電報去催，隻好來了。”以上說明，胡適出席這次偽國大，多少是有些被動，所以後來才出現了抱著《水經注》出入會場的尷尬場麵。
不料當胡適在南京出席偽國大之際，北平卻發生了美國兵皮爾遜強奸北京大學女學生沈崇的事件。沈是北大先修班的女生，家住王府井大街甘雨胡同。1946年的聖誕節前夕，即12月24日晚7時許她去東長安街平安電影院看電影，行至影院附近，被兩個美國兵架到東單操場強行奸汙。此事26日在報上被揭露後，北平各校師生舉行罷課，示威遊行，要求懲辦罪犯，並發出要美軍撤出中國的呼聲。這次事件是美軍在中國土地上犯下累累罪行之一。中國人民實在是忍無可忍，於是舉行了聲勢浩大的抗暴運動。但國民黨當局卻百般為之掩護，企圖縮小性質把一個政治問題說成是刑事案件，並汙蔑群眾運動為“有人假此鼓動風潮”等等。
胡適聽到這個消息，非常憤怒地說道：“這還得了!真豈有此理!”說著說著還敲桌子。這個態度使去訪問他的記者頗感意外。這位記者說：一向主張“怨而不怒”，提倡“自由”與“容忍”的大師，竟然也正氣凜然，金剛怒目起來，使他不免增加了一些敬意。當時胡適還說：“抗議、遊行，有何不可!眾怒難犯，伸張民意嘛!”記者聽了急忙問道：“適之先生，您這個態度可以捅出去吧?”胡適幹脆利索地回答說：“可以!”
自從“沈崇事件”發生後，胡適一連接到北大來電數通，皆催促他速回學校處理這次事件，故於12月30日飛返北平。抵平後接見記者，談對“沈崇事件”的態度，他說：“此次美軍強奸女生事，學生、教授及我自都非常憤慨。同學們開會遊行都無不可，但罷課要耽誤求學的光陰，卻不妥當。”並稱“此不幸事件為一法律問題，而美退出中國則一政治問題，不可並為一談。”胡適說這個話，顯然是受官方的影響，與國民黨當局保持一致。當時教育部曾有電報致胡適與清華大學校長梅貽琦等人，要他們設法勸阻學生，整飭風紀，並稱“美軍汙辱女生之事係違警刑事案件，自應聽由法律解決。”話雖如此說，但胡適對學生還是表示同情的：這時他一方麵盡量安撫學生、勸他們不要上街遊行，另方麵宴請法律專家依法解決，並決定以受害人沈女士監護人的名義，在美國軍人法院審理此案時出庭作證，他憤憤不平地說“誰沒有女兒?”當此消息傳出後，國民黨當局怕得罪美國方麵，於是由外交部長王世傑發電勸告胡適說：“報載兄對美兵案準備出庭作證，未知確否?美方刻正羞憤同深，兄之地位或未便如此。”胡適對此置若罔聞，還是按計劃出席了1947年1月17日至22日美軍事法庭對此案的審判。經過一個星期的辯論，此案在廣大民眾的壓力及胡適親自出庭作證的情況下，美軍事法庭不得不判處美兵皮爾遜為“強奸已遂罪”。但是，至於應判以什麼罪尚待美國海軍部長核定後宣布。後來此案轉移到美國華盛頓去審理。胡適曾對人說這是對美國司法部門的一次考驗。這時學生運動逐漸平息下來，學校恢複了上課。但半年後，美國海軍部竟公然撤銷原判，宣稱：皮爾遜罪證不確鑿，將其無罪釋放。這件事太不公平了，充分說明資產階級的法律並不是人人平等的，顯然它是為本階級服務的工具。