這下活該海瑞要出名了。出獄後身價自然倍增，大致就屬於“人民的好兒子，大明王朝的模範幹部”一類典範。但新皇帝也明白這樣的人會到處惹麻煩，若讓他獨當一麵，是沒有人敢與其共事的，便隻是讓他做一些閑差。於是海瑞不斷抗議，中心主題為:“滿朝中數我是最需要回報朝廷隆恩的，若皇上感到我不適合當前的工作，那就幹脆把我開回家算了。”當然誰也不敢砍倒這麵旗幟，朝廷隻好給了他一個實差，讓他負責蘇州一帶的巡撫工作。
結果那一帶的官僚們一聽說這家夥來了，全都嚇得屁滾尿流，紛紛自動離職或請求他調。不走的也加緊應對，有的把朱漆大門改成黑色，有的把八人抬轎子改作四人抬。海瑞當然也不含糊，下車伊始，就發布督撫條約，規定:凡不願守節的寡婦，請速速改嫁;凡溺殺女嬰的，通通給我停下;凡公文紙，一律必須寫滿，才能領下一張空白的;凡小資一些的飾品(如頭飾)、食品(如甜食)等一律停止製造……
在辦理日常公務中，他堅決恪守著限製富戶發展、縮小貧富差別的原則，連自己當年的朝中救命恩人都不放過，一樣施出重手嚴加打壓。但問題是，當時的許多社會經濟現象已形成了較為強勢的“氣場”，譬如高利貸，盡管不合理，卻符合一定的社會需求，是無法通過簡單打壓而最終徹底解決掉的。作為一個不諳經濟法則，僅以道德武器為準繩的鬥士，海瑞就難免孤軍奮鬥，進而使自己陷於不能自主之境。
八個月後，海瑞遭到各種彈劾。盡管他沒有經濟問題，但家庭矛盾叢生:他以前就曾多次休掉妻子，後來妻妾相爭的事也時有發生，二人竟同日而縊;他的小女兒在五歲時，因為偷吃了別人送給他的禮品，他便硬將其關起來懲戒，直到活生生餓死。在工作能力上，海瑞其實也並不怎麼樣，升衙斷案完全是意氣用事，民間官司一到他手上，不問是非曲直青紅皂白，總是有錢人敗訴吃虧。催交賦稅同樣辦理，窮苦小民交不起一律免除，其欠額便分攤到富戶頭上。在他的轄區內，由於他“道德至上”的要求，佃戶不敢向業主交租，借方不敢向資方還款-這往輕裏說是胡鬧，往重裏說都能危及帝國的安全了。結果弄得地方縉紳怨氣沸騰，不到兩年時間，富室商家紛紛舉家遷徙他鄉以避禍。蘇州膏腴之地，在他手上治得竟然經濟蕭條，賦稅驟減。於是官員們紛紛上奏折說，趕緊再讓海瑞去幹他原來那些沒有實權的差事吧。重壓之下，憤憤不平的海瑞也隻好提出辭呈。但他在辭呈中還是忘不了痛斥道:“舉朝之士，皆婦人也。”得，有這一句，從此誰也不會再同情他了。