關中的才俊經過多日的討論構思，他們提出新的政治製度：需要有幾個獨立的部門來掌管國家的財政、軍事、官員等事務，還需要一個類似內閣的中樞機構來統籌大局。他們的意見與王莽的三省六部製度如此的接近，讓王莽不得不感歎，人才在什麼時候都是如此的多。經過官員與各地才子的討論與總結，他們提出了新的製度，雖然這新的製度是王莽通過官員的口傳出的三省六部製，但由於先前構想的製度與三省六部是如此接近，沒有人覺得突然，他們認為這是集天下人的智慧創造的新製度。
在廷議的時候，由官員提出的三省六部製度得到所有官員的讚同，即使是守舊的官員也不得不承認，新的製度更加適應如今的天下。王莽看著三省六部的順利通過，他非常高興，雖然在新製度提出過程中，他沒有參與進去，一切都是自由的進行，但在各個環節都要他的影子。王莽不喜歡自己表現的太出眾，他隻是在新製度出現偏差的時候推上一把，把它推到正確的方向，雖然這也是他所期望的方向，但在天下人看來，陛下隻是借著天下人所建立起來的勢，認同天下人的看法，接受他們的建議。在這過程中，王莽隻是扮演一個傾聽者與選擇者的角色，這些角色看起來很重要，但實際上卻沒有那麼重要，這就是天下人的想法。王莽的所作所為讓他成為能夠為天下百姓著想，順天下民意的皇帝，這樣的皇帝更讓百姓覺得這才是他們期待的明君。
三省六部製度雖然得以通過，但製度的建立卻不是那麼容易建立的。三省有中書省、門下省、尚書省；中書省管決策，門下省管審議，尚書省管執行，三省的長官都是宰相。中書省長官稱中書令，下有中書侍郎、中書舍人等官職；門下省長官稱侍中，下有門下侍郎、給事中等官職；尚書省長官為尚書令，下有左右仆射等官職。六部有吏部、禮部、兵部、戶部、刑部和工部，每部各轄四司，共為二十四司。六部長官為尚書，吏部掌管官吏的任免與考核等；戶部掌管土地戶口、賦稅財政等；禮部掌管典禮、科舉、學校等；兵部掌管軍事、刑部管司法刑獄；工部掌管工程營造、屯田水利等。
明確三省與六部的職權之後，政府的權力有了明確的分配，各個部門都有明確的責任，更能夠合理運用，把政府的所有事務處理的有條有理。對於主官的選擇則是重中之重，三省六部是成功改革的基礎，而各部門主官則是部門的基礎。對於這些新成立的部門，主官王莽都已經選擇好了，對於這些主官王莽已經考察了許久。太師王舜為中書省中書令兼任工部尚書，太傅平晏門下省侍中兼任吏部尚書，更始將軍甄豐為尚書省尚書令兼任刑部尚書，孫建為兵部尚書，哀章為禮部尚書，劉歆為戶部尚書。
新的製度確立之後，在各部門主官的努力下逐漸步入正軌，朝廷的權力開始分解並集中到新的部門，各個部門更是明確自己的責任與權力。隨著三省六部的確立並開始掌握政府的事務，政府的各項事務都有專門的機構處理，不會再出現一件事有幾個機構處理情況，也不會出現事情沒有人處理的情況。
自從三省六部製度發揮作用，政府的財政更加有理有條，財政收入支出更加清晰明了；政府對官員的考察任免也更加有序，不會讓那些無能的官員占據位置，也不會讓有功的官員得不到升遷；政府通過派遣使節，政府處理周邊各個屬國的事務遊刃有餘；政府在軍事方麵就更能夠處理好有關國家安全的問題，對軍隊的掌控更加有力。通過各個方麵的對比，新的製度具有更加先進的功效，更能夠適應如今的形勢。
成立三省六部，是王莽準備了許久的，他要通過新的製度來進行他的新政，讓新政能夠完美的實施，徹底改變國家的局勢，讓國家改變自漢末以來的頹勢，重新成為最強大的力量。