但舉朝撤離北京，不論表麵上說得怎樣冠冕堂皇，具體做出怎樣的安排，實際上都意味著要最後放棄北京和北方廣大地區，下一步大概隻能在江南偏安一隅。
那樣的話雖然算不上亡國，但導致一個一統天下成為半壁山河，卻也有點像曆史上晉代的惠帝、宋代的徽宗，難免要擔誤國昏君的名聲。
自以為是聖賢之君而且極重視自己臉麵的崇禎皇帝因而在這個問題上又一直極為慎重。他希望最好是能有一個有威望的大臣出麵力主南遷，而自己則最後在群臣的極力勸說之下“不得已”而為之。至少可以保持一點麵子。
而在這個問題上，崇禎皇帝的心態多少有點像在對清構和問題上的心態，內心極想，卻不願露出形跡，因而在醞釀的時候極其機密，到後來卻多半不會有什麼結果。
最倒黴的常常是參與了機密的人，一旦稍有泄露，就會被當作遮羞和泄忿的犧牲品。當年陳新甲就為了泄露和款的天機而被殺，就有著崇禎皇帝欲蓋彌彰的原因。
出於這樣的心理，在崇禎十六年初，關於南遷的討論也進行得極其詭密。正月初三日，宮裏城裏都還在忙著過年，崇禎皇帝悄悄地把詹事府左中允李明睿召進宮來，在德政殿裏秘密召見。
李明睿隻是個不起眼的文學侍從之臣，這次能夠受到特別召見，是因為他一直主張“南遷圖存”。他在年前曾上疏提出過這個問題，由於人微言輕，並沒有引起強烈反響。
崇禎皇帝在召見李明睿的時候把左右人等完全摒退，又再三四顧無人之後，才仔細訊問了關於南遷的設想。並且對他說：“朕早已有南遷之意。但無人讚襄，才拖到今日。你的意見同朕一致，朕決心已定。但諸臣都不同意，怎麼辦？你現在要保守秘密。”
崇禎皇帝同李明睿談了很長時間，中間還在文昭閣賜宴賜茶，茶飯後召入再談，詳細地商量了南遷的具體路線、沿途護衛、餉銀以及留守等諸方麵的事宜，直到天黑才讓李明睿出宮。
從這次極不平常的召見中可以看出，崇禎皇帝當時在內心裏確實已經決定了舉朝南遷，但出於名聲和麵子的考慮。他卻遲遲沒有把這個問題提到桌麵上來交群臣進行討論，他所希望的由閣部重臣首先提請南遷的情況也一直沒有發生，因而一拖再拖，
所謂南遷圖存終於成為泡影。而在這時候，崇禎皇帝再想要找一個如楊嗣昌、陳新甲那樣可以說說心裏話的股肱大臣也已經沒有了。因為其他大臣都知道。就算是南遷成功，自己有了“首議之功”。可崇禎皇帝未來一定會秋後算賬。用自己的腦袋來挽回他的顏麵的。那麼誰又敢去做哪必死之事呢？
當然，崇禎皇帝也不是隻有南遷這一手準備的，發現棄城逃跑難以施行，那就隻有盡最大努力加強京城的守備。
而京城的常備衛戍部隊是所謂的“京營”，是一支**已極的部隊，平時鬧餉生事。戰時不堪一擊。數年來清兵幾次威脅京師，真正的保衛力量主要都是靠著各路勤王部隊。
可是這一次大順軍可能不久就要兵臨城下，調軍入衛的事當然應該早作安排。可是京城以外的北方各路兵馬要在沿途抵禦大順軍，不可能事先龜縮到天子腳下。南方的部隊又遠水不解近渴，崇禎皇帝能想到的隻有山海關外麵的寧遠總兵吳三桂部（當時朝廷也把餘繼率領的狼嘯鎮，也算到了吳三桂的關寧鐵騎兵力中）。