正在這時候，兵科給事中郝絅上疏攻劾吏部文選郎中吳昌時，而且矛頭直指首輔周延儒，說吳昌時“竊權附勢，納賄行私，為周延儒幹子。內閣票擬事關機密，而昌時事事先知”，說周延儒“多欲則不剛直，有用而無體，智足以掩過而忠不足以謀國”，是“天下之罪人”。
緊接著，一批禦史、給事中紛紛論劾吳昌時和周延儒，禦史蔣拱宸還揭發吳昌時勾結內監，直接在皇帝身邊做手腳。
而吳昌時是複社的第一號政治活動家，極善於鑽營，當初周延儒再次出山全是靠他一手操辦，在京中宮裏宮外關係又極多，自然是周延儒的頭號心腹。但他在周延儒再次出任首輔一年多之後，仍然隻是一個沒有實權的禮部儀製司主事，心中頗為不平。直到崇禎十六年三月，在周延儒和東林黨一派的吏部尚書鄭三俊的聯合支持下，吳昌時才調任吏部文選主事，代理郎中事，掌握了文官銓選的大權。
一朝權在手，吳昌時不由得意忘形起來，在京都的官場上頻繁活動，徇私受賄，一麵為朋友同黨安排好職位，一麵對結過夙仇的人痛下恨手。
在吳昌時代理文選郎中的當月，正值例行的科道外轉，就是在給事中和禦史中挑出幾個人出京作地方官。科道出京照例是要升官的，但通常還是被認為是很吃虧的事，因為給事、禦史不但在京中頗有勢力，而且隨時可能升為京卿，前程無量，而一入外官之流，遠離朝廷，前途就十分暗淡了。
何況此時正是天下多事之秋。外轉為地方官，天知道會落個什麼下場。因此科道們全都不想被外轉出去。按慣例，每次科道外轉都是給事中一人，禦史兩人，但這一次吳昌時偏要殺一殺言官們的威風，一下子外轉了四個給事中和六個禦史。大多數言官為此相當憤慨，但當時吳昌時的後台太硬，隻得隱忍。
可是隨著周延儒的失寵和鄭三俊去職，陳演等人又正在煽動一起摧毀周延儒在朝勢力的風潮，言官們的積怨終於爆發出來。再加上吳昌時平日招搖太甚。得罪的人很多，才有了這次對他的集中攻訐。
明朝的官僚向來彼此撕咬不休，但許多人共同攻擊一個郎中級的小臣的事件卻極為少見。崇禎皇帝正在邪火上撞的時候，見到劾書上有同首輔勾結操縱朝政、與宦官暗通聲氣及泄露機密等重大內容，立即對這宗案件表現出病態的關注。
在這時候。崇禎皇帝還收拾不了躲在通州大營的首輔周延儒，那就先收拾周延儒的首號爪牙——吳昌時吧！
崇禎皇帝執政從來就有一個保守機密、慎之又慎的原則。最忌諱宮中與外間。內閣與部僚互通消息。平日裏有關重大事宜的本章發往內閣，他都是親自密封在黃絹小匣中，親筆在封條上寫好“某日某時送閣”；內閣票擬之後，原本章連同票簽再放在原來的小匣裏，由閣臣密封“某日某時某臣等謹封”，再由他親自啟封。
這一套繁瑣的辦法。就是怕內臣或是中書一類辦事人員有意無意了解了機密，泄露出去。而這個膽大妄為的吳昌時竟然既勾通內閣又勾通太監，覬覦大密，暗操朝政。這還了得？
為了不讓手眼通天的吳昌時得到消息，他沒有把攻擊吳昌時的劾疏發往內閣，因為怕內官見了也會走露風聲，劾疏就一直裝在自己的袖子裏，趁著身邊沒人才親自批旨：立即將吳昌時除名，聽候審判。
崇禎皇帝在處理吳昌時案時表現出的極度小心謹慎，實在有點疑神疑鬼，小題大做。但他自己卻真是很鄭重其事的。他平時親自批的禦旨，字都是真草相間，唯獨這一次批旨全用楷書，無形中也反映出他當時的心態。
皇帝如此鄭重，這樣如臨大敵，吳昌時要想躲過這場災難已經不可能了。四月，崇禎皇帝再次在中左門平台上升堂斷案，親自審訊吳昌時。
這次審訊一派殺氣騰騰，內閣、五府、六部大臣以及京卿、科道官員全部被召入，崇禎皇帝身著素服角帶，更是一副要殺人的氣勢，太子和定王也隨侍在身旁。
在此之前，錦衣衛密探已經向皇帝報告了周延儒與吳昌時狼狽為奸、納賄營私的種種劣跡，圍在崇禎皇帝身邊的大太監們也摸準了他的脈，用真真假假的“事實”向周延儒大潑髒水，因此他在心裏早已拿定了主意，審訊不過是為了耍耍威風，出出惡氣。
沒想到，吳昌時卻是個硬骨頭，對於所有指控一一辯解。崇禎皇帝特別痛恨吳昌時罪款中的“通內”，因為宦官內臣是他自己的家奴，卻被朝臣中的小人利用，實在是情理難容。但吳昌時卻說：“祖宗之法，交結內侍者斬。此法最為森嚴，臣雖不才，哪裏敢觸犯？”