此內激之因緣亦牽涉到與民俗有關的其他宗教。寫作於1913年2月的《議院政府無幹預民俗說》就是康有為針對民國破壞民俗的現實而發，其中特別談到宗教問題，呼籲政府保護各種宗教在中國社會的自由發展。他以廣東的情況為例，說明民國破壞民俗的狀況的嚴重性，比如在談到“藉口破神權之故，而破人民之財產生計”時他說：“如七月鎖城隍廟門，扭廟之神頭；毀黃大仙祠，以鐵練鎖黃大仙而槍擊之，又投諸河。禁神誕，禁打醮，禁燒衣，捉喃巫者，令穿道衣下獄半月。因此之故，業香紛香燭販檀香者失業。芳村生花失業，陳村碧江元寶金銀紙失業，致數萬人無所衣食。佛山五色衣、紙神鏡、神花、神位、金銀紙、醮料失業，全佛山男女數十萬以神事為業，今則數十萬人無所衣食。鹽步大瀝製爆竹者十數萬人失業，男婦無所衣食。尤可驚者，甚至燒陰騭文版，而龍藏街全街店鋪失業，善堂無以為勸講之計，小民無自聞勸善之言。”（《康有為全集》第十集，24頁。其列舉的其他問題還有“藉口行新曆之故，奪人民之權利自由”、“藉口於講衛生之故，而奪人民之財產生計者”、“藉口於改良風俗之故，而奪人民之財產生計，害人民之生命”、“藉口於歐美文明，而奪人民之財產與人民之自由”以及“藉口於平民主義而侵人民之自由及家宅”等方麵。）然後，他指出宗教乃風俗之源，根據憲法政府不應當幹預：“至於神道設教，尤為大義。管子所謂‘不明鬼神則陋民不悟’，孔子所謂‘明鬼神以為黔首，則百官以畏，萬民以服”。至於各教，有一神多神之異，此乃立法之少殊。至於鬼神為德，在上在旁，以臨悚人民，懲惡勸善，俾之齋明誠祀，其義一也。日本變法盛強至近矣，而神廟數萬，植有鬆村六百戶，而神社五百餘者，政府何嚐過問之。今即天主之教，何嚐不燃矩過百，陳燈光明，而後為祭哉？此為宗教之事，風俗之源，尤非政府所能幹預。若以握一日之政權，遂敢妄行，明背憲法，至令數十萬人衣食於是者一旦盡失，試問憲法所以謀人民之安寧幸福者安在哉？”（《康有為全集》第十集，25~26頁。）
康有為建言保護佛教、道教及其他各種宗教，與他立孔教為國教加信仰自由的政教主張是完全一致的。令人慨歎不已的是，民國以前，至少從1895年公車上書開始，康有為屢屢呼籲朝廷將不在祀典的淫祠廢掉，改為孔廟或學校，而民國以後，隨著科學觀念的影響僭越性擴展到人生觀的問題上，孔廟——當然還有其他一些宗教的行教場所——卻被當作類似於淫祠一樣的東西廢掉了。
另外，在孔教會主導的定孔教為國教的運動中，其他宗教有反對者，亦有支持者，其中反對聲音最大的來自基督教界。（曾亦說：“民初孔教運動的開展及失敗，與基督教的活動有莫大關係。蓋自清末預備立憲以來，基督教即試圖在將製定的憲法中確立信教自由的條款。民國以後，隨著孔教活動的開展，以基督教為主，包括佛、道、回在內的宗教界，積極努力，反對定孔教為國教，呼籲信教自由。基於反孔教組織的巨大聲勢，袁世凱表示，‘自未便特定國教，致戾群情’，‘至於宗教崇尚，仍聽人民自由’。至於南方的孫中山，亦有信教自由的承諾。袁氏帝製失敗後，陳煥章等再度試圖在憲法中‘明定孔教為國教’，各地基督教乃組織政教分離請願團、基督教公民憲法請願團、信教自由會等，極力指斥孔教與帝製的關聯，甚至稱孔教乃中國近代衰弱之禍根，遂致孔教之國教化再度失敗。”（《共和與君主》，264頁）另外，關於國教運動中孔教與其他宗教的關係，參見韓華《民初孔教會與國教運動研究》一書第十章。值得注意的是，兩次國教運動中都有佛、道等宗教團體向參眾兩院請願、上書，支持定孔教為國教，盡管在第二次國教運動中來自佛、道等教的反對聲音加強，而其理由則曰：“孔教苟廢，則各教必不能獨存，應請列入憲法，定孔教為國教，庶與信教自由並行不悖。”（中國道教公會：《上參眾兩院請定國教書》，載《尚賢堂紀事》，第10冊第7期，1916，轉引自韓華：《民初孔教會與國教運動研究》，249頁）相比之下，兩次國教運動中宗教界反對定孔教為國教的聲音主要來自包括新教和天主教的基督教界。）而在民國初年針對孔教的行動中，基督教界非常有效、充分地利用了孔教是不是宗教這個引起爭議的話題：從1912年3月11日《中華民國臨時約法》頒布後，基督教界屢屢以其中“人民有信教之自由”的條款呼籲廢孔，其根據則是以孔教為宗教；而在兩次國教運動中，基督教界又以孔教非宗教為其反對定孔教為國教的主要理由之一。（這兩個方麵分別參見韓華《民初孔教會與國教運動研究》一書23頁以下和240頁。）就是說，基督教界的策略是，在廢孔的時候把孔教作為宗教看待而以信教自由非難之，在反對定孔教為國教時則又說孔教非宗教故不能定為國教。以至於後來達到如此地步，1917年5月4日，不僅是定孔教為國教的議案被憲法審議會否決，而且，竟然在將1913年憲法草案第19條第2項“國民教育以孔子之道為修身大本”撤銷的基礎上，又將第11條“中華民國人民有信仰宗教之自由，非依法律不受限製”的條文改為“中華民國人民有尊崇孔子及信仰宗教之自由，非依法律不受限製”。這一改動意味著憲法不得不專門就尊崇孔子的自由做一規定，可見當時孔教處境的艱難。