這個規定的一個特別之處，是強調了學校設立經科這一條。1904年，張之洞、張百熙等主持的《癸卯學製》頒布，大約也是從那時起，康有為屢屢強調學校讀經的重要性。1912年1月，中華民國教育部頒布《普通教育暫行辦法》，其中規定小學廢止讀經科。1912年4月，蔡元培發表《對於教育方針之意見》，明確反對學校讀經，該意見隨後成為教育部製定教育政策的理論根據。因此，康有為在《擬中華民國憲法草案》中強調學校設立經科是有明確的針對性的。但之後的情況並沒有什麼改觀，到1913年8月《壬子癸醜學製》頒布，大、中、小學的經科皆被廢止。在1916年9月寫給當時教育總長範靜生的信中，康有為專門針對“各國小學皆不讀其教之經，則我何妨取法之”的論調進行了反駁。他的核心看法是，在讀經問題上，“我國必不可法歐美之小學，蓋有二焉”：“夫歐美之學校之可不讀經，以其人人皆被教會之教而無人不已讀經也；學校之不讀教經者，以其不切於治，而非同孔子之經之治教兼備也。”（《康有為全集》第十集，323頁。）其申論中國無教會故應當在學校設讀經科曰：“吾國既無教會之特別學堂，又無神父、牧師之家喻戶曉、七日宣講，又無人民之七日禮拜拳跪讀經，若吾國果禁讀經也，則驅全國之兒童、國民子弟終身不知有經。則二三十年後，經必絕於天下。此其為滅孔教之法，誠至捷矣，其如全國人心風俗將何歸乎？”（《康有為全集》第十集，322頁。）其申論佛、耶之經不切於治而孔教之經與之有異故不可不讀則曰：“且夫孔子之經與佛、耶之經有異。佛經皆出世清淨之談，耶經隻尊天養魂之說，其於人道舉動雲為，人倫日用，家國天下，多不涉及，故學校之不讀經，無損也。若孔子之經，則於人身之舉動雲為，人倫日用，家國天下，無不纖悉周匝，故讀其經者，於人倫日用，舉動雲為，家國天下，皆有德有禮，可持可循。故孔子之教，凡為人之道。故曰‘道不遠人，人之為道而遠人，不可以為道’。若不讀經，則於人之一身舉動雲為，人倫日用，家國天下，皆不知所持循。孰是孰非，孰從孰違，倀倀乎何所知，茫茫乎何所歸。無教之人，魂失憑依，舉國之人而失魂也，何以立國為？”（同上書，322~323頁。）
由此可見，康有為強調學校設立經科，一方麵是鑒於孔教缺乏麵向民間的敷教製度——我們知道，這是康有為在《教學通義》中提出來的一個一直非常重視的製度關切，另一方麵，則是激於民國不斷廢止經科的政治現實。陸寶千曾說：“然長素於民國初元所以大聲疾呼以孔教為國教者，尚有內激之因緣，則政府之明令廢孔是也。”（陸寶千：《民國初年康有為之孔教運動》，載《中央研究院近代史研究所集刊》第八輯，1983。）實際上，康有為辛亥以後有關孔教的很多方麵的言說和行動都是激於當時毀文傷教的政治現實。（即使是1917年康有為參與張勳複辟，在很大程度上也是內激之因緣所導致的後果，特別是考慮到康有為在辛亥之變後對清帝退位的擁護態度。對此，曾亦說：“南海畢竟以民主共和為高，晚年雖以虛君共和適合國情，亦未必遽以複辟為惟一途轍，實民初廢孔舉措有以激成之也。”（曾亦：《共和與君主》，282頁，上海，上海人民出版社，2010））在寫作於1913年5月的《覆教育部書》中，康有為針對教育部明令孔廟學田充公這一事件，質問說：“聞自共和以來，百神廢祀，乃至上帝不報本，孔子停丁祭，天壇鞠為茂草，文廟付之榛荊。鍾虡隳頓，弦歌息絕，神徂聖伏，禮壞樂崩，曹社鬼謀，秦庭天醉。嗚呼！中國數千年以來，未聞有茲大變也！頃乃聞部令行飭各直省州縣，令將孔廟學田充公，以充各小學校經費。有斯異政，舉國惶駭。既已廢孔，小學童子，未知所教，俟其長成，未知猶得為中國人否也，抑將為洪水猛獸也。嗚呼哀哉！何居我聞此政也，抑或誤效法國之革命，舉教產以充公乎？則彼新舊教爭，所毀者教皇之舊教耳，其敬奉者固在路德之新教也，其尊基督如故也。猶吾國昔逐荀子、鄭康成於文廟外，而尊孟子、程、朱雲耳，於孔子無損也。今乃公然收文廟之祭田，則是直欲廢黜孔子矣。在諸公久停丁祭，不敬已久，寧在此舉。然貴部主持教化，教者文行忠信，不知以何為教？育者果行育德，不知以何為育也？”（《康有為全集》第十集，115頁。）