在《英國監布烈住大學華文總教習齋路士會見記》和《歐美學校圖記·英惡士弗大學校圖記》中，我們又一次看到康有為就此事為自己辯護。他從國人“得新則棄舊，故絕無古物之留存”的遺憾說起，引出“近者毀佛寺以興學”的問題，然後提到自己戊戌年間毀淫祠的建議，申說此建議並未針對“有教之庵寺”，並暗示“毀佛寺以興學”的責任也不在光緒皇帝：“吾戊戌之主毀淫祠，乃為無名之廟宇耳，非有教之庵寺也。即欲毀棄，而一教之大，安有不明下詔書，辨析而後去取之？坐使吏胥之奉行不善，以致僧尼震驚，是豈煥發明詔之初心哉？”（《康有為全集》第八集，37頁，或130頁。就此事而為光緒皇帝明確進行辯護見諸《戊戌奏稿》麥仲華在國教折下的注：“按：淫祀與教育有異，然奉上諭後，有司奉行不善，寺觀多毀。此胥吏訛索所致，非上諭意也。此折可證。仲華注。”轉引自茅海建：《從甲午到戊戌——康有為〈我史〉鑒注》，496頁。茅海建認為此注是康有為以麥仲華的名義所寫。）
此處康有為所謂“近者毀佛寺以興學”，有著真實的曆史背景。1901年，義和團運動之後，慈禧太後主導朝政，推行新政，史稱“清末新政”。新政的一項重要舉措就是興學育才。而在如何解決興辦學堂的經費問題上，新政的有關政策文件中的確有“可借公所寺觀等處為之”等廟產興學的內容。盡管這些政策文件對於廟產興學隻是提了一個大略的方向，其中並沒有具體的規定，但各地在督撫的支持和官員的主導下，毀佛寺以興學的現象屢屢發生，直到1905年朝廷頒發保護寺廟產業的上諭。（參見徐躍：《清末廟產興學政策的緣起和演變》，載《社會科學研究》，2007（4）。）
值得注意的是，在討論毀廟興學問題的這些文字之前，恰是前麵已經引用過的“宜立儒教為國教，而其餘聽民之自由信仰”等文字。如果將前後的文字關聯起來，那麼，我們可以看到，康有為在此處就毀廟興學問題而為自己所做的辯護就不像《我史》中那樣僅限於就事論事，他實際上是將這個問題上升到政治理念和製度安排的高度，就是說，從政治理念和製度安排而言，最能夠表明他沒有毀他教之思想的，就是在主張立孔教為國教的同時也主張信仰自由。上引國教折的最後一段專門提到其他宗教也是要申說立孔教為國教的同時也要提倡信仰自由：“除各教流行久遠，聽民信教自由，及祀典昭垂者外，所有淫祠，乞命所在有司，立行罷廢，皆以改充孔廟，或作學校，以省妄費而正教俗。”這就是說，如果說康有為後來作國教折，有意就他改淫祠為學堂的建議所引發的毀廟興學問題而為自己辯護的話，那麼，在此折中他的辯護與他在《英國監布烈住大學華文總教習齋路士會見記》和《歐美學校圖記·英惡士弗大學校圖記》中的辯護是一樣的，二者都將這個問題上升到政治理念和製度安排的高度上而提倡立孔教為國教和信仰自由並行不悖。（茅海建就上引“除各教流行久遠”這一段話評論說：“根據這一段話，即變成康建議可以保留流行久遠的佛、道及祀典所錄的各種寺廟觀院。康事後補作此論，以為自己洗刷。”（《從甲午到戊戌——康有為〈我史〉鑒注》，496頁）這個評論非常容易讓人誤解為，康有為原本是主張毀各種寺廟觀院以興學，後來又反其初論而為自己開脫。）
另外，國教折中“官立教部以統國教，其餘皆聽民之自由信仰”的主張，亦見於《官製議》的第十一卷“增司集權”。該書初版由上海廣智書局於1904年7月發行，其中多卷刊載於1902—1904年的《新民叢報》，但第十一卷“增司集權”並未在《新民叢報》刊載。在這一卷中，康有為倡導立教部以掌國教，其言曰：“教部掌布宣國教之事。俄、土、波、英皆有教部，與政府對舉，最為重要。法、意、普則以教部兼法部，奧、匈、瑞、希則以文部兼教部。蓋各國之憲法，信仰各教，雖聽人自主，而本國之政治、人心、風俗，則各有其國教之宜，不可失墜也，故皆設教部以統之。中國政治、義理、學校、選舉皆出於儒，故禮部者實教部也。但禮部於供奉為多，亦兼領學校、風俗之事，職不專純，今宜正其名曰教部。各省學政，皆改為提督教事。各府各縣皆立教長，各鄉皆立掌教。教生即以今舉人、秀才之耆宿有德望誠心者充之，以教其鄉人。其一縣之教長，由各鄉掌教公舉，而提督教事定之；一道、府之教長，由各縣之教長公舉，而教部長主之；一省之提督教事，由各道、府之教長公舉，而教部長請旨任之；教部長由各省提督教事公舉，奏聞而簡任焉。自軍旅、獄室，皆置教生以教化之。其各縣、鄉淫祀，皆改為聖廟，立教生以司之。其有教案，皆由教部交涉。其行教於外國者，重賞而後禮之。”（《康有為全集》第七集，311頁。）