康有為在《實理公法全書》中提出的以地球開辟之日紀元以及與此相關的對以聖紀元、以君紀元和以事紀元的批評可以與《大同書》中的大同紀元思想相對照。在《大同書》中，康有為基於他的三世說刻畫了人類社會在紀元問題上的進化軌跡。首先，他指出曆史上的紀元“或以君主，或以教主，或以立國，大率始於小君主，中於大帝主，而終於大教主也”（《康有為全集》第七集，142頁。）。接著，他論及在曆史進化過程中以教主紀元何以會取代以君主紀元，並順帶指出中國宜以孔子紀元：“凡人服從君主之權勢，不如服從教主之道德。以教主紀年，於義最大，於力最省，允為宜也。若中國既非耶教，自宜以孔子紀年。……從後百年，君主當不現於大地上，君主紀元之義，不俟大同世而先絕矣。非文明大國，亦必不能久存至於大同之世，然則建國紀初祖之義亦必不能存矣。然則所存者，惟教主紀元一義耳。”（《康有為全集》第七集，143頁。）然後，康有為提出，以教主紀元與大同之世不相洽，大同之世當以大同紀元：“然諸教競爭，各尊其教，誰肯俯就？此事人人各有自主之權，自由之理，不能以多數勝少數論也。若今日耶元之理，至大至盛矣，然十九世紀、二十世紀等字，終非孔、佛、婆、回之教之人所甘願。且新理日出，舊教日滅，諸教主既難統一全地，終當有見廢之一日。此大劫難挽，亦與國主略同，但少有久暫大小之殊耳。然則君師、國祖之紀元並廢，大同之世宜以何者紀年乎？欲為大同之世紀年，即以大同紀年為最可也。地既同矣，種既同矣，政治、風俗、禮教、法律、度量、權衡、語言、文字無一不同，然則不以大同紀年而以何哉！吾敢斷言之曰：來者萬年，必以大同紀年，雖萬國之文字有殊，而義必不能外之也。”（《康有為全集》第七集，143頁。）之後又有當今之世宜以教主、大同紀元並行之說：“今歐洲雖久以教主紀年，而又未嚐不間紀君主之年者，如日本稱立國幾年而又稱其君主紀年。蓋紀事各有宜，不妨大小兩元並記之，計久遠者從其大元，紀近事者聊從小元，如今中國人亦多有以孔子與君紀元並稱者矣。既因現時通俗之宜便，又順將來大勢所必趨，莫若於今兩元並紀焉。”（同上書，144頁。“於今兩元並紀”《不忍》本、中華本作“以教主與大同並紀元”，故知此處的兩元並紀是指教主紀元與大同紀元並用。）最後，康有為聯係萬國同盟之近事，發揮庚子更始之義，提出應以1901年為大同元年：“近年以大同紀元，當以何年托始乎？凡事必有所因，端必有所指，大同因之所托，必於其大地大合之事起之。近年大地萬國大合之大事，其莫如俄皇所倡在荷蘭之萬國同盟矣。是事也，起於己亥，終於庚子。庚者，更也；子者，始也。庚子之冬至為西曆一千九百零一年，耶紀以為二十世開幕之一年者。當即以庚子春分為大同元年托始之正月朔日。”（《康有為全集》第七集，144頁。）
在《實理公法全書》中，康有為提出以地球開辟之日紀元，是因為他相信通過考明古籍可以確定地球開辟於何時；在《大同書》中，康有為則認為地球開辟於何時無法確定：“大地之生，不知其始，或謂數萬年，或謂數百萬年，皆推測之說，非必實也。”（同上書，142頁。）這實際上意味著他否定了以地球開辟之日紀元的可能性。在《實理公法全書》中，以聖紀元和以君紀元皆在康有為的批評之列；在《大同書》中，康有為則基於他的三世說肯定了以聖紀元和以君紀元的曆史合理性，同時也提出這兩種紀元將隨著曆史的不斷進化而消亡。兩相對照之下，盡管康有為在前後兩個文本中對以聖紀元的評價在傾向上有明顯的不同，但有一點是清楚的，即他主張在尚未進至大同紀元之前，中國宜以孔子紀元。
康有為不僅在理論上闡述以孔子紀元的合理性，還勇敢地將之付諸實踐。之所以說他勇敢，是因為在當時的環境裏以孔子紀元是一件很犯忌的事情，既有可能被認為是對正統曆法的挑戰，更有可能被認為是對當時的清朝皇帝乃至整個大清王朝的不恭。1896年1月12日由上海強學會刊行的《強學報》就是以孔子紀元的，而根據《我史》的記述，以孔子紀元在當時引起了強烈震動，而強學會的被封，亦與以孔子紀元有關：“吾以十二月母壽，須歸，先調君勉、易一來辦事，急須開報。以用孔子紀年，及刊上諭事，江寧震動。適有京師劾案，遂藉此停止。”（《康有為全集》第五集，87頁。）康有為在1896年1月26日寫給何樹齡、徐勤的信中也提到過張之洞“排孔子紀年”的事情。（參見《康有為全集》第二集，100頁。）1897年康有為等人在桂林發起、組織的聖學會，也是以孔子紀元的。
既然康有為在戊戌變法之前就已經有了以孔子紀元的思想和實踐，那麼，給皇帝上一道建議以孔子紀元的奏折並非不可能之事，雖然事實並非如此。曆史學界往往以康有為重撰戊戌奏稿為有意作偽，這種評價忽略了康有為重撰這些奏稿時可能的心境。極有可能的是，康有為重撰這些奏稿時不僅帶著很多遺憾，而且處於重演的假想之中。因此，從某種意義上說，康有為重撰這些奏稿是對這些奏稿的重演性改寫。於是，不難理解，在這些重撰的奏稿中，改寫的內容有的是他戊戌以後才有的思想，有的則是他在戊戌時已經有但由於種種原因當時未能寫入奏折的思想。