事實的確如此。“廟產興學”的政策在各地的確導致了很多廟產被奪事件，從而也成了康有為後來的罪名之一。梁啟超在《戊戌政變記》中將改淫祠為學堂的舉措所引發的問題作為後來政變發生的原因之一：“中國之淫祠，向來最盛；虛靡錢幣，供養莠民，最為國家之蠹。皇上於五月間下詔書，將天下淫祠悉改為學堂。於是奸僧惡巫，鹹懷恣怨。北京及各省之大寺，其僧人最有大力，厚於貸賄，能通權貴，於是交通內監，行浸潤之譖於西後，謂皇上已從西教，此亦激變之一小原因也。”（梁啟超：《飲冰室專集》之一，見《飲冰室合集》第六冊，72頁。）
論者已經指出，將廟產被奪事件歸咎於康有為，在很大程度上是不公平的。（參見徐躍：《清末廟產興學政策的緣起和演變》，載《社會科學研究》，2007（4）。）在康有為的奏折中，隻是說改淫祠為學堂，並沒有將佛、道等教的廟宇包括在內，而且，在光緒皇帝的上諭中，也明確指出所謂淫祠的範圍隻限於“其有不在祀典者”。論者認為，廟產被奪事件實際上與張之洞的主張更有關聯。光緒二十四年六月初七（1898年7月25日），光緒皇帝諭令將張之洞所著的《勸學篇》頒發各省督撫、學政各一部，並在諭旨中稱其“持平通達”。而在《勸學篇》外篇第三中，張之洞談到興學堂的經費問題時說：“府縣書院經費甚薄，屋宇甚狹，小縣尤陋，甚者無之，豈足以養師生、購書器？曰：一縣可以善堂之地、賽會演戲之款改為之，一族可以祠堂之費改為之。然數亦有限，奈何？曰：可以佛道寺觀改為之。今天下寺觀何止數萬，都會百餘區，大縣數十，小縣十餘，皆有田產，其物業皆由布施而來，若改作學堂，則屋宇、田產悉具，此亦權宜而簡易之策也。……大率每一縣之寺觀取十之七以改學堂。留十之三以處僧道；其改為學堂之田產，學堂用其七，僧道仍食其三。計其田產所值，奏明朝廷旌獎；僧道不願獎者，移獎其親族以官職，如此則萬學可一朝而起也。”（轉引自徐躍：《清末廟產興學政策的緣起和演變》，載《社會科學研究》，2007（4）。）由此可見，張之洞關於興學堂的建議比康有為要激進得多，康有為隻是主張將不在國家祀典的淫祠改為學堂，而張之洞則明確主張將佛、道等教的寺、觀的十分之七改為學堂。（張之洞就此提出的一個理由也很值得玩味：“方今西教日熾，二氏日微，其勢不能久存。佛教已際末法中半之運，道家亦有其鬼不神之憂，若得儒風振起。中華乂安，則二氏固亦蒙其保護矣。”這裏至少有兩層意思值得注意：一是保中華方能保佛教、保道教，二是保儒教方能保佛教、保道教，而其所針對的皆是基督教在中國的興起，即所謂“西教日熾”的境況。）
於是，不難理解，康有為後來會就此事為自己辯護。在《我史》“光緒二十四年”條下，康有為提到此事時說：“時大學堂已定，吾乃上折請於各省開高等學堂、各府開中學、各縣開小學，撥各省善後款及各規費以充學費。並請廢天下淫祠，以其室宇充學舍，以其租入供學費。二十一日奉旨允行。於時各直省蒸蒸爭言開學矣。吾以鄉落各有淫祠，皆有租入，故欲改以充各鄉落學舍，意以佛寺不在淫祠之列。不意地方無賴，藉端擾挾，此則非當時意料所及矣。”（《康有為全集》第五集，95頁。）根據茅海建的查對，此處所有文字皆見於手稿本，沒有後來的添加。這就是說，在日本流亡期間寫作《我史》時，康有為已經針對毀廟興學問題而為自己辯護了。不過，其時他的辯護隻是就事論事，說明自己的主張隻是改不在祀典的淫祠為學堂，並沒有將佛寺歸入淫祠之列。