從相關實踐來看，我們現在能夠知道的，是陳煥章在1899年就在自己家祠中祀天以孔子配了：“吾昔在高要創昌教會，即設聖位於硯洲鄉之陳氏祠，繼又設聖位於紐約之中華公所，後又設聖位於硯洲書院，去歲冬至且在硯洲南郊高築天壇，以祀天而推聖師為主，以實行公羊無主不止，及中廳配天之義。今春在鄉建勵剛家塾，以祀先君麗江公並及三代，則又特奉昊天上帝與至聖先師之牌位而崇祀之，以創尊天尊聖尊祖之儀，而為三本一堂之製。皆此誌也。今國人莫不有家，家莫不祀其先人，蓋報本之教然也。曷不推大報本之義，而宗祀孔子於家，以配上帝，且以時讀經，以為安身立命之計乎。誠如是，則家家皆有一孔教堂，處處皆有無數孔宅矣。”（陳煥章：《孔宅詩序》，載《宗聖學報》，總第十六號。）三本堂也見於康有為晚年在上海設立的天遊學院。劉海粟回憶說：“學院右邊有一間平房，門上康先生題著‘三本堂’橫匾。我請他解釋，他說：‘人受生於天，受教於聖，傳類於祖若父母，三者人生之本，絕不可忘，每逢朔望，必率兒孫後輩至三本堂焚香叩頭。孔子聖誕，所有學子皆來拈香。’”（劉海粟：《憶康有為先生》，見夏曉虹編：《追憶康有為》，309頁。）
如果陳煥章在家祠中祀天以孔子配的做法來自康有為的話，那麼，我們說，康有為至少在1899年之前就有了這個想法，但從康有為的現存文獻來看，他對祀天以孔子配這一製度設計的具體闡述則初見於國教折。我們知道，梁啟超曾稱康有為為“孔教之馬丁·路德”，據說是出於康有為的自況，這個說法當然主要並不是說康有為以基督新教為藍本——或模仿基督新教——而建立孔教，而是說，康有為對於孔教的改革，類似於馬丁·路德對於天主教的改革。（誠然，不可否認的是，康有為人人祀孔、人人祀天的孔教改革主張，的確受到基督教的影響。在寫作於1914年12月的《人民祭天及聖袝配以祖先說》一文中，康有為認為人人祀天、祀孔、祀祖對孔教來說堪稱完備之禮，也明言其中人人祀天之義得自基督教的啟發：“故吾國民於所在地祀天及聖，以其神及祖先配之可也，義之至也，禮之隆也。基督教人祀天聖而不祀先，吾國民祀先而不祀天，其士祀聖亦不祀天，各有缺典，皆不完不備之禮也。孔子曰：‘明乎郊社之禮，禘嚐之義，治國其如示諸斯乎！指其掌。’蓋人道莫大於仁，而孝弟為仁之本。故祀天以明萬物皆本於天也，則萬物一體矣，所以教仁莫大焉；祀先以明身體與宗族皆本於祖、父也，則以親九族矣，所以教孝莫深焉。令國民皆仁且孝，人道備矣，天下治矣，孔子之道行矣。故及今宜令國民祀天及聖，以祖先袝配之禮。”（《康有為全集》第十集，202頁））比較一下我們會發現，康有為的孔教改革與馬丁·路德的宗教改革最相似的即在人人可以祀孔、人人可以祀天這一點上。馬丁·路德的宗教改革是通過“因信稱義”的教義而使信徒能夠直接與上帝溝通，在客觀上削弱了教會的權力；康有為的孔教改革則通過援引經典而提出人人可以祀孔、人人可以祀天的主張，關聯於當時的實際狀況，這一主張當然意味著打破原本由官方壟斷的祀天、祀孔權力。我們知道，根據文獻記載，上古時期的中國曾發生過一次宗教改革，史家刻畫為從“家為巫史”到“絕地天通”，如果不考慮其中“巫史”概念與後來儒教義理之間的實質差異的話，那麼，我們說康有為的孔教改革所遵循的路線其實是類似於從“絕地天通”返回到“家為巫史”。
另值得注意的是，在國教折中，康有為依據他的三世說，刻畫了中國政教關係應該遵循的發展道路，即從適應於據亂世的治教合一發展到適應於升平世的治教分途，他也明確指出，在這一發展過程中，要點是從原來的“立天下義、立宗族義”發展到今後的“立國民義”：“夫孔子之道，博大普遍，兼該人神，包羅治教，固為至矣。然因立君臣夫婦之義，則婚宦無殊；通飲食衣服之常，則齊民無異。因此之故，治教合一。奉其教者，不為僧道，隻為人民。在昔一統閉關之世也，立義甚高，厲行甚嚴，固至美也。若在今世，列國縱橫，古今異宜，亦少有不必盡行者。其條頗多，舉其大者，蓋孔子立天下義，立宗族義，而今則純為國民義；此則禮規不能無少異，所謂時也。孔子自有平世之義，臣所輯《春秋筆削大義微言考》，略發明之。但今未明，若盡以據亂舊道繩人，則時義事勢不能行；若不以孔子大教為尊，則人心世道不可問。故今莫若治教分途，則實政無礙而人心有補焉。”（《康有為全集》第四集，98頁。）我們知道，康有為原來認為中國兩千年總總皆小康之道，而西方已先中國一步漸至大同。但他後來轉變了看法，認為西方與中國差不多皆處於據亂之世，而尚未達至升平之世。他的這一看法的轉變，正是在1904年遊曆歐洲之時。（錢穆1944年作《讀康南海〈歐洲十一國遊記〉》，其中說：“南海早年，實為歐洲文明之謳歌崇拜者，其轉而為批評鄙薄，則實由其親遊歐土始。”（《中國學術思想史論叢》卷八，325頁））此義見於《意大利遊記》：“竊觀今者歐美風俗人心，與中國正相若，其去性善自由，皆甚遠也。國爭若是，險詐橫生，此正大行《春秋》之時，且一切據亂之義，尚合於今時，而萬不能求之高遠。吾昔者視歐美過高，以為可漸至大同，由今按之，則升平尚未至也。孔子於今日，猶為大醫王，無有能易之者。”（《康有為全集》第七集，374頁。）可見，國教折“立國民義”背後對時代性質的判斷與《意大利遊記》中對時代性質的判斷是一致的，即二者皆斷當下的時代為據亂世，而所提治教主張皆留意於如何從據亂世達至升平世。