隨後，康有為提出了“官立教部，而地方立教會”的國教主張，並明確闡述了“政教各立，雙輪並馳”的強國衛教之策：“夫舉中國人皆孔教也，將欲令治教分途，莫若專職以保守之，令官立教部，而地方立教會焉。首宜定製，令舉國罷棄淫祀，自京師城野省府縣鄉，皆獨立孔子廟，以孔子配天，聽人民男女皆祠謁之，釋菜奉花，必默誦聖經。所在鄉市，皆立孔子教會，公舉士人通六經、四書者為講生，以七日休息，宣講聖經，男女皆聽。講生兼為奉祀生，掌聖廟之祭祀灑掃。鄉千百人必一廟，每廟一生，多者聽之。一司數十鄉，公舉講師若幹，自講生選焉。一縣公舉大講師若幹，由講師選焉，以經明行修者充之，並掌其縣司之祀，以教人士。或領學校，教經學之席，一府一省，遞公舉而益高尊，府位曰宗師，省曰大宗師，其教學校之經學亦同。此則於明經之外，為通才博學者矣。合各省大宗師公舉祭酒老師，耆碩明德，為全國教會之長，朝命即以為教部尚書，或曰大長可也。各國學校，皆隸於教，學生日必頂禮，況我孔子，向專為學校所奉哉？應密其儀節矣。至凡為傳教奉職講業之人，學業言行，悉以後漢、宋、明之儒先為法。矩矱禮法，不得少逾，執持大義，匡弼時風。雖或極迂，非政客士流所堪，難從難受，而廉恥節義，有所扶賴。政教各立，雙輪並弛，既並行而不悖，亦相反而相成。國勢可張，聖教日盛，其於敬教勸學，匡謬正俗，豈少補哉？”（《康有為全集》第四集，98頁。）
從上麵的引文可以看到，可能讓很多人深感意外且難以想象的是，康有為在此提出立孔教為國教的主張，正是為了在製度安排上實現政教分離。在康有為看來，就中國而言孔教與君主製在漢代以來的結合可謂至美，但那種治教合一的模式僅僅適應於往昔一統閉關之世，而現在的世界則是列國縱橫，所以，政治製度要發生變化，孔教的落實方式也要發生變化。正如政治製度的變化主要是以“國民義”為圭臬一樣，孔教的落實方式的變化也必須以“國民義”為圭臬。既然從漢代以來孔教一直是中國國民的主導性教化，那麼，以“國民義”為圭臬來考慮孔教的落實方式自然就是在新的政治製度架構內立孔教為國教，而這個重新安置孔教的步驟也就是治教分途，即分別建立孔教製度與政治製度。（從現有文獻來看，康有為最早論及治教分途是在改定於19世紀90年代初的《實理公法全書》的“教事門”條下：“治教本有自然分為二事之形，蓋一人不能同時兼任二事，且事體不同，則人性多各有所長。”此為教事門中實理之二。其公法則曰：“教與治，其權各不相涉。”後加按語曰：“此乃幾何公理所出之法，最有益於人道者。”其比例之一曰：“行教者可侵政權。”後加按語曰：“此必有害。如某教士侵某國政權，則其害何如，皆可具征。”比例之二曰：“教事以行政者主之，教士應得之權，行政之人，得以無理想製。”後加按語曰：“如此亦有害。”（《康有為全集》第一集，156頁））
為了實現政教分離而主張立孔教為國教，毫無疑問這是國教折的核心思想。其中，一個以“國民義”為圭臬的現代國家構想呼之欲出。需要指出的是，康有為曾在兩種不同的意義上使用“國教”這個概念，其一是一個指向製度安排的、具有規範意義的概念，其二是一個指向客觀事實的描述性概念，即用來描述他所認為的漢代以來孔教就成了中國的國教這一事實。更多的時候，康有為是在第二種意義上使用“國教”概念的。以國教折為例，標題中“請尊孔聖為國教”的提法似乎意味著這裏的“國教”概念基本上是一個指向製度安排的、具有規範意義的概念。國教折的正文中隻有兩處出現“國教”一詞，分別是開始時的“以重國教”和結尾處的“以崇國教”，二者的提法基本相同，意味著正文裏的“國教”概念基本上是一個指向客觀事實的描述性概念。在寫作於1904年的《英國監布烈住大學華文總教習齋路士會見記》中，康有為說：“中國數千年民俗之宜、功德之盛，無有如孔子者，此為吾國國教也。”（《康有為全集》第八集，32頁。同樣的內容亦見《歐美學校圖記·英惡士弗大學校圖記》，見《康有為全集》第八集，125頁。）這是在第二種意義上使用“國教”概念；在同一段，康有為又有“宜立儒教為國教”的說法，這是在第一種意義上使用“國教”概念。因此，說康有為主張立孔教為國教，更確切的意思是說他主張將漢代以來一直是中國國教的孔教予以政治上的重新確認和製度上的明確安置。（幹春鬆在《宗教、國家與公民宗教——民族國家建構過程中的孔教設想與孔教會實踐》一文中注意到康有為國教概念的特別之處，即康有為主要是從文化和風俗的角度來理解國教的，該文載《哲學分析》，2012（2）。）