1911年在日本出版的《戊戌奏稿》中載有《請尊孔教為國教，立教部教會，以孔子紀年而廢淫祀折》（以下簡稱“國教折”）。由於在《傑士上書彙錄》中發現了前麵討論過的保教折，所以論者提出，國教折是康有為後來根據原來所上的保教折“改刪而來”（孔祥吉：《康有為變法奏議研究》，386頁，沈陽，遼寧教育出版社，1988。）。比較一下保教折和國教折，發現無論從立意到內容，二者的差異都非常之大，因此，說國教折是根據保教折改刪而來其實是非常勉強的。不過，從《我史》的有關文字可以證實，國教折與保教折的確具有對應關係，即就康有為的寫作動機而言，國教折的確是對保教折的重撰。
《我史》“光緒二十四年”條下記載說：“於初一日……又陳請廢八股及開孔教會，以衍聖公為會長，聽天下人入會，令天主、耶穌教各立會長與議定教律。凡有教案，歸教會中按照議定之教律商辦，國家不與聞。並進呈《孔子改製考》，請聽沿邊口岸準用孔子紀年。”（《康有為全集》第五集，94頁。）茅海建指出，《我史》手稿本中“並進呈《孔子改製考》，請聽沿邊口岸準用孔子紀年”之語為後來添加，補在行間與頁腳。（參見茅海建：《從甲午到戊戌——康有為〈我史〉鑒注》，442頁。）以孔子紀年是國教折的一個要點，而在保教折中根本沒有出現。既然康有為在此增加了以孔子紀年的說法，就表示他將專門論及以孔子紀年的國教折係之於光緒二十四年五月一日進呈的論及孔教的折子，即後來在《傑士上書彙錄》中發現的保教折。
還須指出的是，在國教折中，並沒有“請聽沿邊口岸”等字眼。由此我們可以推斷，《我史》中“並進呈《孔子改製考》，請聽沿邊口岸準用孔子紀年”之語的添加要早於國教折的撰寫，因為如果國教折的撰寫在先，那麼，康有為在修改《我史》時增加國教折中沒有的“請聽沿邊口岸”等文字就是難以理解的。還有一個證據可以說明這一點。國教折中提到此次進呈的與孔教有關的書目除了《孔子改製考》的刻本之外，還有《新學偽經考》和《董子春秋學》。孔祥吉指出，《孔子改製考》並非以刻本進呈，而是康有為重新繕寫後進呈的，且《新學偽經考》和《董子春秋學》二書康有為並未進呈。（參見孔祥吉：《康有為變法奏議研究》，350、386頁。《董子春秋學》即《春秋董氏學》。）康有為之所以掩蓋自己以繕寫本而非刻本進呈的事實，是有明確的原因和意圖的。（有關康有為何以繕寫《孔子改製考》的具體分析可參見孔祥吉：《康有為變法奏議研究》，350頁以下。）可以想見，康有為在國教折中將進呈的書目從《孔子改製考》擴大到《新學偽經考》和《董子春秋學》，同樣並非隨意為之。如果國教折的撰寫在先，那麼，康有為在修改《我史》時所增加的字樣就不會僅僅是“進呈《孔子改製考》”了，而應當是“進呈《孔子改製考》、《新學偽經考》、《董子春秋學》”了。
那麼，國教折究竟撰於何時呢？雖然目前對這個問題我們無法得到一個確鑿的答案，但是，將國教折與康有為其他著作中的有關內容作一對照性的分析，我們大概可以得出一個比較清晰的結論。
如前所述，在保教折中，康有為一開始就提出教案問題，然後順著如何解決教案問題的思路引出自己的孔教建製主張。在國教折中，康有為一開始則是提出淫祀問題，然後順此引出自己的孔教建製主張。對於淫祠遍布中國的危害，康有為言之鑿鑿：“夫神道設教，聖人所許，鄉曲必廟，禱賽是資。而牛鬼蛇神，日竊香火，山精木魅，謬設廟祠，於人心無所激厲，於俗尚無所風導，徒令妖巫欺惑，神怪驚人，虛糜牲醴之資，日竭香燭之費。而歐美遊者，視為野蠻，拍像傳觀，以為笑柄，等中國於爪哇、印度、非洲之蠻俗而已。於國為大恥，於民無少益。”（《康有為全集》第四集，96頁。）接著，康有為分析了淫祠遍布中國的原因。
在康有為看來，從宗教進化的角度上看，孔教無疑是最先進的，孔子乃是文明世之教主：“夫大地教主，未有不托神道以令人尊信者，時地為之，若不假神道而能為教主者，惟有孔子，真文明世之教主，大地所無也。”（同上書，97頁。）宗教進化的思想，康有為獲之甚早。在出版於1898年春的《日本書目誌》中，康有為在“宗教門”下所加的按語就是以宗教進化為主題，其中他以勇、仁、智說宗教進化之跡，並在闡明“教必明之鬼神”的基礎上指出人類智慧越發展，就越是重視精神，即他所謂“人智愈鑿，賤形而尊魂”：“合無量數圓首方足之民，必有聰明首出者作師以教之。崇山洪波，梯航未通，則九大洲各有開天之聖以為教主。太古之聖，則以勇為教主；中古之聖，則以仁為教主；後古之聖，則以知為教主。同是圓顱方趾則不畏敬，不畏敬而無以聳其身，則不遵信，故教必明之鬼神。故有群鬼之教，有多神之教，有合鬼神之教，有一神之教。有托之木石禽畜以為鬼神，有托之屍像以為鬼神，有托之空虛以為鬼神，此亦鬼神之三統、三世也。有專講體魄之教，有專講魂之教，有兼言形魂之教，此又教旨之三統也。老氏倡不神之說，阮瞻為無鬼之論，宋賢誤釋為二氣良能，而孔子六經、六緯之言鬼神者晦，而孔子之道微。豈知精氣為物，遊魂為變，《詩緯》以魂為物本，魂靈固孔子之道。而大地諸教乃獨專之，此亦宋賢不窮理而誤割地哉！人智愈鑿，賤形而尊魂。必矣，後十年魂教其大明乎！日人所譯佛、婆羅門、耶、回之書，及《宗教進化論》、《宗教新論》、《未來世界論》、《天地鎔造化育論》，環偉連忭而俶詭可觀也。日本神學乃儒、佛未東渡之前為東夷舊俗，無足觀焉。”（《康有為全集》第三集，297~298頁。）從這一段按語以及按語前麵所列的書目可以斷言，其時康有為對西方宗教學界關於巫術與宗教的區分、多神教與一神教的區分、自然宗教與啟示宗教的區分，乃至啟蒙運動以來的理性宗教等概念都有所了解，而且他將宗教進化與他的三世說也關聯起來了。