既然在康有為的建議中，大學堂、高等學堂、中學堂和小學堂的教學內容都包含以經學為主的孔子之學，那麼，孔教會與這些學堂究竟是個什麼樣的關係呢？更進一步，既然開學堂在一定意義上能夠承擔發明孔子之道的製度功能，那麼，建孔教到底還有什麼意義呢？與這個問題相關的一個細節是，在《請改直省書院為中學堂鄉邑淫祠為小學堂令小民六歲皆入學折》中，康有為建議將鄉邑淫祠改為小學堂，而前麵我們已經提及，在《上清帝第二書》、《上清帝第三書》和《請商定教案法律厘正科舉文體聽天下鄉邑增設文廟謹寫〈孔子改製考〉進呈禦覽以尊聖師而保大教折》中，康有為則是建議將淫祠改為孔廟。其間的差異部分可以通過訴諸上書和奏折所具有的明顯的時機性和策略性得到解釋，但是，一個疑問仍然會由此而生發出來：是不是從製度設置的層麵上看包含孔子之學的學堂可以代替孔教會，假如不考慮開孔教會與辦教案的關聯？
如果聯係《教學通義》中康有為對教與學的明確區分，我們就不難找到答案。康有為自然主張孔子之學應當成為各類學堂必不可少的教學內容，但是，孔教會的設置自有其製度功能：除了康有為當時非常關切的教案問題之外，設置孔教會的一個更重要的製度功能在於化民美俗。而化民美俗光靠各類學堂的設置是不足敷用的。實際上，康有為在戊戌期間提出的改革舊有教育製度的舉措與他在《教學通義》中就教學問題而提出的從今改製主張具有明顯的連續性。前麵已經梳理過，在《教學通義》中，康有為明確區分了教、學、官：“教，言德行遍天下之民者也；學，兼道藝登於士者也；官，以任職專於吏者也。”並以此為基礎區分了庶民之教、士夫之教與官吏之教，相應地，就學的內容而言，在庶民之教是公學，包括幼學、德行學、藝學和國法掌故等；在官吏之教則特重私學，或稱專學，即官守之學；在士夫之教則是公學與私學兼之。而且，他認為，春秋以來，庶民之教、士夫之教與官吏之教三者合而為一其實意味著庶民之教和官吏之教皆亡，隻剩下士夫之教，而再往後士夫之教又亡於章句、詞章之學。
以此衡之，康有為在戊戌期間所提出的改革科舉製的舉措中，開學堂與辦孔教之間的差異，正對應於《教學通義》中教與學之間的差異，或者說對應於士夫之教與庶民之教之間的差異。而開學堂一項中對專科之學——即科學——的重視，又可以看作是《教學通義》中與官吏之教與士夫之教皆有關的專學的一種擴展或引申，因為新的處境要求國家廣開民智，以期獲得“有一民，即得一民之用”的強國之效。且正如在《教學通義》中敷教主張相對於已有的教學製度而言基本上屬於新增加的內容一樣，辦孔教在康有為改革科舉製的舉措中也基本上屬於新增加的內容，二者同樣顯示出康有為從國家治理的層麵對庶民之教的特別重視。就是說，從總體上看，康有為改革科舉製的思路與《教學通義》中提出的教學複興方案完全一致，因為壞於八股的科舉製正是《教學通義》中所說的壞於章句、詞章之學的士夫之教。
從甲午戰爭到戊戌變法這段時間裏，康有為除了積極上書、企圖走“得君行道”的上行路線之外，還發起、組織了一些以士人、學子為主要參與者的會社。（康有為如是談及上書與開會之間的關聯：“自上書不達之後，日以開會之義，號之於同誌。”（《我史》，光緒二十一年條下，見《康有為全集》第五集，86頁））關聯於戊戌變法，學界大都強調這些會社的政治性質，比如其中有些會社甚至被認為已初具政黨的模型。（如梁啟超後來認為，強學會的性質“實兼學校和政黨而一之焉”。馬洪林說：“保國會已粗具資產階級政黨的規模和性質。”參見馬洪林：《康有為大傳》，275、280頁，沈陽，遼寧人民出版社，1988。）不過，從康有為為這些會社所寫的序文、緣起和章程中，我們可以看到他發起、組織這些會社與其孔教建製主張之間的密切關聯。
1895年9月，康有為在北京籌設強學會，基本會員除康有為之外，還有梁啟超、陳熾、楊銳、文廷式、王鵬運、沈曾植、沈曾桐、袁世凱等人。1895年11月，上海強學會成立，列名會籍的有黃體芳、屠仁守、康有為、梁鼎芬、黃紹箕、蒯光典、張謇、喬樹楠、黃紹第、汪康年、鄒代鈞、黃遵憲、左孝同、誌鈞、沈瑜慶、龍澤厚等人。在為北京強學會所寫的序文中，康有為以尊王攘夷為號召，發保國、保教、保種之義：“有能來言尊攘乎？豈惟聖清，二帝、三王、孔子之教，四萬萬之人，將有托耶！”（康有為：《京師強學會序》，見《康有為全集》第二集，89頁。值得注意的是這裏康有為不是直接言孔教，而是與他在確立今文經學立場之前一樣言“二帝、三王、孔子之教”。）在為上海強學會所寫的章程中，康有為一開始就闡述了講學、修教以強國的宗旨：“本會專為中國自強而立。以中國之弱，由於學之不講，教之未修，故政法不舉。……今設此會，聚天下之圖書器物，集天下之心思耳目，略仿古者學校之規，及各家專門之法，以廣見聞而開風氣，上以廣先聖孔子之教，下以成國家有用之才。”（康有為：《上海強學會章程》，見《康有為全集》第二集，93頁。）具體到修教方麵的內容，康有為強調了三點：一是強調“創講堂以傳孔教”為入會者“義所應為之事”；二是強調入會者須“德業相勸，過失相規，患難相恤，務推藍田鄉約之義，庶自保其教”；三是強調入會者講求學問可以“聽性所近”而“分門別類”，但必須“以孔子經學為本”。（參見《康有為全集》第二集，94頁。）在為上海強學會所寫的後序中，康有為再一次發保國、保教、保種之義：“凡吾神明之胄，衣冠之族，思保其教，思保其類，以免為象、駝、牛、馬之受檻、縶、刲、割，豈無同心乎？抑其甘淪異類耶？其諸有樂於會友輔仁歟？仁者何？仁吾神明之胄，先聖孔子之教，非歟？”（康有為：《上海強學會後序》，見《康有為全集》第二集，97頁。）