之後他提出了解決教案問題的建議：“臣愚久已隱憂，深思補救之策，以為保教辦案，亦在於變法而已；變法之道，在開教會、定教律而已。”（同上。）具體來說，就是建立一個全國性的孔教會，以衍聖公為孔教會的總理，“自王公士庶，有誌負荷者，皆聽入會”，並“聽會中士庶公舉學行最高為督辦，稍次者多人為會辦，各省府縣，皆聽其推舉學行之士為分辦”，然後由衍聖公出麵以孔教會的名義與教皇定約、定律，如此則“教律既定，從此教案皆有定式，小之無輕重失宜之患，大之無藉端割地之害。其於存亡大計，實非小補”（同上書，93頁。）。因為當時的教案主要發生在天主教的教堂，所以康有為的這個建議顯然從各國天主教會和梵蒂岡的關係中得到了啟發。（茅海建對康有為開教會、定教律以辦教案的建議評論說：“從以上文字來看，康對西方教會及其相關法律並不知詳，所擬‘以教製教’的方案，亦近同於說夢。”（茅海建：《從甲午到戊戌——康有為〈我史〉鑒注》，446頁）說康有為“對西方教會及其相關法律並不知詳”大概沒有錯，但沒有注意到康有為這一建議受到各國天主教會與梵蒂岡的關係的啟發，使得這一評論不夠公允；而且，從朝廷的角度來看，教案問題最迫切的是與割地賠款有關的政治問題，因此，將康有為的這一建議概括為“以教製教”，就是完全錯誤的。即使康有為的孔教建製主張在一定程度上就是針對基督教而發，他的目的也是為了保孔教。）康有為注意到，在中國的天主教會一方麵隸屬於他們的國家，一方麵隸屬於梵蒂岡。於是，為了使教案問題與國家間關係脫鉤，也就是去掉教案問題中的國家因素，他提出建立一個全國性的孔教會與梵蒂岡定約、定律，以避免國家以教案為借口進行要挾：“今若定律，必先去其國力，乃可免其要挾。莫若直與其教會交，吾亦設一教會以當之，與為交涉，與定和約，與定教律。”（《康有為全集》第四集，93頁。）
那麼，這是否意味著康有為在此主張建立的是一個獨立於國家的教化組織呢？或者說，康有為在此主張建立的是否是一個孔教的梵蒂岡呢？答案是否定的。在康有為的建議中，衍聖公作為孔教會的總理要“上之朝”，對於孔教會的性質，他也明確地說：“教會之名，略如外國教部之例。其於禮部，則如軍機處之與內閣，總署之與理藩院，雖稍聽民舉，仍總於聖公。則亦如官書局之領以大臣。”（《康有為全集》第四集，93頁。）在1898年6月21日進呈給皇帝的《日本變政考》中，康有為如是概括他開孔教會以辦教案的主張：“今宜改禮部為教部，以發明孔子之道為主，日講君臣父子之義、忠愛之道，定集會教徒，講說教義，結教會之例，定兩教之律，及判訟之例。庶幾吾教明，而教案易辦也。”（《康有為全集》第四集，152頁。）由此“吾教明而教案易辦”的思路可見，康有為此處建議設立的孔教會實際上還是一個國家機構，其主要職能除了傳播孔教之外，還承擔國家的宗教事務管理工作。這樣一個既有傳教組織性質、又有國家宗教事務管理機構性質的孔教會意味著康有為那時的孔教主張仍然不脫早期官辦教化的敷教思路，且在教案問題的激發下又出新義。
與此相應的是，康有為在《教學通義》中依據經典而提出的“通於治理而言教化”的觀點正是他在這個折子中提出保教主張時所陳述的一個重要理由：“夫天之生民，有身則采君以群之，有心則尊師以教之。君以紀綱治大群，師以義理教人心。然政令徒範其外，教化則入其中；故凡天下國之盛衰，必視其教之隆否。教隆則風俗人心美，而君坐收其治；不隆則風俗人心壞，而國以從之。此古今所同軌，萬國之道義也。”（同上書，94頁。）順此，康有為還對保教與保國、保朝廷的緊密關聯作了進一步的發揮，並在“變法之本”的意義上論及保教的重要性：“若大教淪亡，則垂至綱常廢墜，君臣道息，皇上誰與同此國哉？方今割地頻仍，人心已少離矣。或更有教案生變，皇上與二三大臣，何以鎮撫之耶？臣愚竊謂，今日非維持人心，激厲忠義，不能立國；而非尊崇孔子，無以維人心而厲忠義。此又變法之本也。”（同上書，94頁。）
此外，在《上清帝第二書》中已經提出的改淫祠為孔廟的建議也出現在這個折子裏，康有為還進一步請求光緒帝舉行臨雍之禮，親自祭孔，並就講明孔學、弘揚孔教一事出台具體的獎賞措施，以示其對孔教的重視：“伏惟皇上舉行臨雍之禮，令禮官議尊崇之典，特下明詔，令天下淫祠皆改為孔廟，令士庶男女鹹許膜拜祭祀，令孔教會中選生員為各鄉縣孔子廟祀生，專司講學，日夜宣演孔子忠愛、仁恕之道，其有講學之士行高道明者，賞給清秩。”（《康有為全集》第四集，94頁。）
此折子還有一個重要內容，即題目中所謂的“厘正科舉文體”，焦點在廢八股。我們知道，廢八股以改革舊的教育體製——即科舉製——是以康有為為代表的維新派的一項重要的政治訴求。康有為充分肯定科舉製的意義，指出這一製度設置的目的在於培養、選拔德才兼備的人士以為國家所用，“而欲其負荷大教，推行聖道，講明義理，培養人心，美化風俗，立功立政，毗佑國家”（同上書，93頁。）。更明確地說，除了從為國家培養、選拔官吏的為政之法的意義上肯定科舉製之外，康有為還從能“負荷孔子之教”的為教之法的意義上肯定科舉製。因此在敘述科舉製的曆史時，他說：“若夫為教之法，自朱子講明義理，發明四書，元、明尊之，以四書義試士，本欲天下士人日誦聖言，發明大道也。”（同上書，93頁。）之後他提出，科舉製的問題在於“積久弊生”，以致有八股之製。