對於八股的危害，在康有為自己所上的奏折和他為其他一些維新派人士代寫的奏折裏多有陳情，概而言之主要有兩個方麵。一個關乎智，即他認為民智不開根源於以八股試士：“今日之患，在吾民智不開。故雖多而不可用。而民智不開之故，皆以八股試士為之。學八股者，不讀秦、漢以後之書，更不考地球各國之事，然可以通籍，累致大官。今群臣濟濟，然無以任事變者，皆由八股致大位之故。”（這是《我史》中記載的康有為1898年6月16日利用召對的機會向光緒帝麵陳八股之害時所說的話，參見《康有為全集》第五集，93~94頁。類似內容亦見於此處討論的保教折。）另一個關乎德，即他認為風俗之壞、人心之薄亦根源於以八股試士，因為正是以八股試士的製度導致國人從小就不讀孔子之書，不習孔子之教：“以故今天下人士，知律而不知經，知勢而不知教，知利而不知義，知公而不知私，敢於作奸犯科，而不敢急公仗義。其事上也，知拜跪忌諱，貌為畏謹，而內便其欺詐粉飾之私；其交友也，應酬往還，飲食征逐，而內懷險詖輕薄之意；其臨下也，則刻暴殘忍，而無仁厚愷悌之心。都會尤甚！官場尤甚！”（《康有為全集》第四集，94頁。）在總結八股的危害時康有為更將之置於亡國、亡教的高度上：“故國亡於無教，教亡於八股。故八股之文，實為亡國、亡教之大者也。”（《康有為全集》第四集，94頁。）
鑒於康有為對科舉製的以上認識，我們能夠理解，康有為針對科舉製所存在的問題而提出的變法主張何以不是廢除科舉製，而是改革科舉製。（幹春鬆在《科舉製的衰落和製度化儒家的解體》一文中從製度儒學的角度論述了科舉製的衰落，參見幹春鬆：《製度儒學》，84~104頁，上海，上海人民出版社，2006。）如果聯係戊戌期間康有為等維新派人士的其他政治主張和政治活動，那麼，我們可以概括說，康有為改革科舉製的主要舉措包括開學堂、正文體、辦孔教。開學堂之目的在崇才學、開民智：“泰西變法三百年而強，日本變法三十年而強。我中國之地大民眾，若能大變法，三年而強。欲使三年而強，必使全國四萬萬之民皆出於學，而後智開而才足。”（康有為：《請改直省書院為中學堂鄉邑淫祠為小學堂令小民六歲皆入學折》，見《康有為全集》第四集，317頁。）正文體之目的在明經義、正士德：“今夫四書文之所以足貴者，將使人讀書以明理，窮經以尊聖也。今截搭枯窘、割裂破碎之題，非以通經，乃以蠹經；代古立言，優孟傀儡之體，非以尊聖，乃以侮聖。故臣謂非立法不善之為害，而文體不正之為害也。請特下明詔，斟酌宋、元、明舊製，厘正四書文體。凡各試官命題，必須一章一節一句，語氣完足者；其製藝體裁，一仿宋人經義、明人大結之意，先疏證傳記以釋經旨，次博引子、史以征蘊蓄，次發揮時事以覘學識；不拘格式，不限字數。……如此則觀聽一新，人務實學，有經義取士之效而無其弊矣。”（康有為代楊深秀作：《請正定四書文體以勵實學而取真才折》，見《康有為全集》第四集，63頁。）辦孔教之目的則在美風俗、辦教案，如前所述。
由此可見，戊戌時期康有為的孔教建製主張其實是他改革科舉製的一個重要內容。從這個視角看，我們不難理解，為什麼他會將建孔教的下手之處落在“厘正科舉文體”這一點上：“而下手之始、抽薪之法，莫先於厘正科舉及歲科試。四書文體以發明大道為主，必須貫串後世及大地萬國掌故，以印證之；使學通今古中外，乃可施行其文體如漢、宋經義。”（《康有為全集》第四集，94頁。）另一方麵，建孔教也因此與開學堂有所關聯了。我們知道，在康有為等維新派人士的多番鼓吹下，光緒帝於1898年7月3日頒布聖諭，下令開大學堂，停八股，舉行經濟常科。康有為在受到鼓舞的情況下馬上又上一道折，即《請改直省書院為中學堂鄉邑淫祠為小學堂令小民六歲皆入學折》，論及開高等學堂、中學堂和小學堂之事，以與大學堂的開設相銜接。在這道折子裏，康有為建議將直省及府、州、縣的公立書院及民間的義學、社學、學塾“皆改為兼習中西之學校”，而以“省會之大書院為高等學，府、州、縣之書院為中等學校，義學、社學為小學”。至於學堂的教學方針，一言以蔽之，則曰“通經史而講時務”（《康有為全集》第四集，318頁。）。