通過這一回合，魏忠賢第一次明確認識到，朝廷上下有一股反對自己的巨大勢力。這僅僅是個開始，後來，此類奏疏越來越多，從不同角度直接或間接地攻擊魏忠賢。天啟四年（公元1624年）六月，東林黨人的代表、左副都禦史楊漣上書曆數魏忠賢24條大罪，指責魏忠賢奪皇帝之權，恣意專擅；指責魏忠賢擅改成例，破壞法度；指責魏忠賢僭越，出行時儼然是天子的派頭。這一上書實際上成了東林黨人對魏忠賢發起總攻的動員號令。六、七、八月，彈劾魏氏的奏疏蜂擁而至，竟多達70餘章。
見到這些鋪天蓋地的奏疏，魏忠賢心中惶惶無主。一方麵他感覺委屈，自己一心一意為大明朝做事，換來的卻是這樣的結果；另一方麵，他也越來越心虛，畢竟，他也知道，太監幹政，曆來都是不合社會正統觀念的。他立刻找到了客氏，一起到皇帝麵前去乞求庇護。在魏忠賢和客氏“日夜哭訴”之後，天啟皇帝堅定地站在了魏忠賢一邊，維護魏忠賢的權威。皇帝的庇護就像金鍾罩、鐵布衫，刀箭不傷。對於這一發現，魏忠賢滿心驚喜。
執政之初，除了皇帝的信任之外，魏忠賢在朝中並沒有政治基礎，所有人都對他的能力和合法性表示懷疑。在東林黨人向魏忠賢發起攻擊之初，滿朝大臣都拭目以待。東林黨人一次次無功而返，讓越來越多的人意識到魏忠賢的地位不可動搖，因此，許多政治嗅覺敏銳的人立刻轉變風向，果斷地向魏忠賢靠攏。很短的時間內，一批大臣就聚攏在魏忠賢身邊，而且形成了滾雪球效應，越聚越多。史載所謂“十孩兒”、“四十孫”中大部分都是三榜進士、朝中中級以上官僚。做了魏忠賢的兒子或孫子，對他們來說，就等於給自己的前程加了一個保險。
魏忠賢在組織自己的集團時，大認幹兒義孫，這樣才能對這些人放心使用。對他的“兒孫”們，他真的盡心盡力地照顧栽培，隻要投奔他，他就立刻給予回報，他對自己的力量充滿了自信。“擔當能斷”的他更加有恃無恐。很快，他就向東林黨人發起了****。
事實證明大義凜然的東林黨人其實不堪一擊。魏忠賢在他的謀士指點下，尋找各種借口，組織人對東林黨人進行彈劾，然後再以皇帝的名義加以罷免。東林黨人好麵子，有的時候，不用魏氏罷免，遭到彈劾的大臣自己就提出了辭職。數月之間，東林黨人就已被清洗殆盡。
對那些曾經指責自己統治不合法、能力低下、出身卑賤的人，魏忠賢報複起來殘酷無比。楊漣、左光鬥、高攀龍等人都被他百般折磨而死。楊漣死前，經受了多次慘絕人寰的毒刑，死時被鐵釘貫腦，身無完肉。魏忠賢之所以如此惡毒，就是因為他確實出身卑賤、能力低下、統治不合法。
魏氏執政後，人們很快發現魏忠賢有個近乎病態的愛好：愛講排場，愛聽恭維，無論怎麼過分的吹捧他都能欣然接受。於是，恭維魏忠賢就成了朝中大小官員的一個升官捷徑。從天啟五年（公元1625年）開始，朝臣們對魏忠賢的讚頌越來越多，很快變得鋪天蓋地。朝廷也因為魏氏的一樁樁大功不斷對其加以封賞。魏忠賢先被稱為千歲，後被稱為九千歲，再後來居然被稱為“九千九百歲爺爺”，離萬歲隻有一步之遙了。
如此狂封濫賞，並不是完全出於貪欲，最主要的心理動機，還是魏氏心中那深深的自卑。在意識最深處，魏忠賢一刻也不能忘了自己出身至卑至賤，每天都在懷疑自己的能力，坐在這至高的權位上，他其實無時不在忐忑。登上權力頂峰之後，最讓他迷醉的，不是錦衣玉食、高官顯位，而是別人對他能力的肯定。別人的恭維一次次讓他確信自己果然不凡。
有一次，他的心腹不小心說了一句“外官謅哄老爺”，竟引得他冷笑：“原來天下人都是謅哄虛譽我。”並且因此數日稱疾不起。仆人一句不小心的話竟然就打破了無數次讚頌支撐的心理平衡，由此可見魏忠賢的內心其實是何等的脆弱。為了保持自己的自信，魏忠賢采取了兩種策略，一種是繼續聽取恭維，另一種是全力鎮壓反對者。
由於意識到了自己統治的不合法性，意識到了社會上的巨大反對力量，所以魏忠賢把特務組織的力量發揮到了極致。一方麵，是為了在全社會製造一種普遍的恐怖氣氛，讓所有的人都不敢亂說亂動；另一方麵，則是為了用無孔不入的偵察手段深挖潛在的政敵，防患於未然。
這個故事廣為人知：有朋友四人在密室飲酒。其中一人喝多了，大罵魏忠賢，另三個人不敢附和，僅瞠目而已。這時，東廠的特務突然破門而入，當即把四人抓到魏忠賢處。罵人者被活活剝皮，其他三人因為沒有附和而得到了獎賞。