酒色的過度，使神宗的身體極為虛弱。萬曆十四年（公元1586年），24歲的神宗傳諭內閣，說自己“一時頭昏眼黑，力乏不興”。禮部主事盧洪春為此特地上疏，指出“肝虛則頭暈目眩，腎虛則腰痛精泄”。萬曆十八年（公元1590年）正月初一，神宗自稱“腰痛腳軟，行立不便”。萬曆三十年（公元1602年），神宗曾因為病情加劇，召首輔沈一貫入閣囑托後事。從這些現象看來，神宗的身體狀況實是每況愈下。因此，神宗親政期間，幾乎很少上朝。他處理政事的主要方法是通過諭旨的形式向下麵傳達。萬曆三大征中邊疆大事的處理，都是通過諭旨的形式，而不是大臣們所希望的“召對”形式。在三大征結束之後，神宗對於大臣們的奏章的批複，似乎更不感興趣了。
然而，導致萬曆皇帝最終徹底罷工的原因，並不是他的身體狀況，而是他不能按照自己的想法冊立太子。
萬曆皇帝本來是有勵精圖治之決心的，除了從小敬畏的張居正並不那麼居正帶來的打擊之外，使萬曆消極怠工的主要因素還是“國本之爭”，也就是立哪個兒子做太子的爭論。這實在是令人歎息的一件事情。曾子《大學》雲“修身齊家治國平天下”，論的正是帝王之道。家不能齊，必然禍起蕭牆。萬曆朝實在是一個家庭悲劇和性格的悲劇。
首先，大臣們太過於忠直不阿，王皇後和皇長子並不是有強有力的外戚作為支撐，立皇長子並不是於他們有什麼好處，偏是大臣們死抱著“立長不立幼”的古訓，和皇帝力爭。本來，臣子們有一定分量的話語權，哪怕被當廷杖死，也要據理力爭一向是政治清明的象征。有明一朝，大臣因直諫被杖死、瘐死的不計其數，然而白發蒼蒼的大臣們，即使被當廷扒下褲子，屁股開花，也要前赴後繼地上疏。這是出於長期文化積累的對於敢於直諫即為忠臣這個符號的認可，死諫可青史留名，也是氣節所在，也可以裁抑君權。
從小嚴母厲師的關於帝王之道的教導，使萬曆知道大臣們是對的，但是在感情上他一定是萬萬不能接受。於是同樣是帝王家事，和祖父嘉靖不一樣，他隻能極不情願地屈服於群臣，甚至用撒謊和拖延近於無賴的手段，口頭上說明年就立，卻不講信用地一拖再拖。
本來臣子們和萬曆能和解的唯一機會在於皇後死了就好了，那樣的話萬曆就可以封鄭貴妃為皇後，按立嫡的原則，大臣們就沒話說了。偏偏這位多病的皇後硬是正位中宮42年，和萬曆死在同一年。皇後賢孝，很得太後歡心，廢不得。長壽的皇後粉碎了君臣可能的和解機會，萬曆皇帝不得不於萬曆二十九年（公元1601年）立了長子。也許這就是天意。
這場君臣間的較量是曠日持久的，消耗了萬曆帝勵精圖治的雄心，所以他消極反抗。雖然辛辛苦苦當個明君，百年之後，最心愛的女人也不能和自己永遠在一起，反倒是那個毫無感情、與一段肮髒記憶有關的宮女長伴地下。我能體會萬曆帝感受到的巨大的失落和打擊。他不理朝政，他貪財，也許都出於這麼一種報複的心理：既然拗不過你們，萬年之後我也將永遠痛苦，那這江山還好好治理做什麼？最好是把天下的財富都搜刮來送給小兒子，至於江山被弄得怎麼千瘡百孔，留一副爛攤子給老大去繼承好了。所以他不問朝政，隻顧拚命搜刮，重重賞賜福王（即鄭貴妃之子）。他隱居深宮，誰也不能見到他，隻有小兒子福王可以。
由於萬曆帝的內心一直偏向福王，所以皇位繼承權的歸屬，直到很晚才定局。這個定局，緣於皇太子朱常洛的一個陰謀。
一個叫做張差的傻大漢，提著一根棗木棍衝進皇宮，見人就打，很快被抓。他被抓了以後口口聲聲說自己是要行刺太子的，是受的鄭貴妃指使。大家想一下，從古到今，哪朝哪代見過這樣的刺客？要離刺慶忌，不惜斷臂求信任；荊軻刺秦王，那把匕首是藏了又藏。明目張膽的也有，人家聶政怎麼著也拿了一把大砍刀。問題就在於，張差一口咬定，自己是受人指使的刺客，朝中大臣再這麼一鬧，要求嚴懲凶手，這樣做的目的有兩個：其一，最好的結果是神宗皇帝受了蒙蔽，對太子的同情分上漲，拒絕太子輪替；其二，如果神宗不上當，就製造緊張空氣，加劇朝野對立，神宗為了保持社會穩定，也不能輕易換人。這個事件的最後結果是，鄭貴妃和朱常洛進行了一次高峰會談，之後神宗召見群臣，確認太子的合法性。朱常洛的陰謀，獲得了完全的成功。