萬曆皇帝能登上帝位完全得自於他的祖父嘉靖皇帝在前朝正德皇帝死後無嗣的情況下被選定繼承大統。萬曆8歲登基，在此之前，他一直接受慈聖太後和張居正的教導。慈聖太後教子極為嚴格，當萬曆隻有三四歲的時候，就開始每日要在寅時被太監叫起去聽張先生的授課。這個時間大概就是現在的早晨四五點鍾。
張先生對小皇帝的授課也一絲不苟，一旦萬曆在背誦經史課本時有錯或是瞌睡，張先生一定會拿出嚴師的身份加以斥責，甚至是罰打手掌心。這種經曆使萬曆在成年以後相當長的時間裏，仍然對張先生非常敬畏。張居正身居內閣首輔多年，與萬曆皇帝重視他們多年來的師生情誼分不開。然而，這種敬畏感也並非自始至終表現為對張先生的愛護，多年以後，張居正被清算，他對小皇帝的鐵麵無私也並非沒有付出代價。萬曆想起幼年跟張先生上課時的情景，不能不有一股怨恨。
公元1582年是萬曆一生中非常重要的一年。這一年3月，他曾在一天冊封過九位嬪妃，其中就有一個在他今後的生活中占有重要地位的女人——當時被稱為淑嬪的鄭氏，後來的鄭貴妃。鄭貴妃當時不過14歲，然而萬曆卻對她一往情深，並且至死不渝。鄭貴妃喜歡讀書，同時也不像其他的妃子對萬曆隻有敬畏和服從。從某種意義上說，鄭貴妃不是把他當成一個皇帝，而是當成一個男人來看待。他們經常在一起讀書、參佛，甚至把他們願意生死同穴的誓言書寫下來放置在錦盒中。
愛情讓萬曆對鄭貴妃許諾將他們的兒子封為太子。然而，自小受到的那種不違綱常倫理的教育在萬曆的性格中根深蒂固，他還沒有足夠的膽量和魄力真正履行這一諾言。在此後的幾十年時間裏，他竭力維護他與鄭貴妃的愛情的最有力證據就是，在立太子一事上有意識地與群臣對抗。
但是，一直到公元1620年他以57歲的年齡駕崩時，他也始終沒能給予他寵愛的鄭貴妃他想給予的一切。他們生死同穴的誓言也成了一句空話，他生前未能好好愛自己心愛的女人，在死後也不能和她葬在一起。陪在萬曆身邊的是他一生中從未愛過的孝端皇後王氏，而他所愛的鄭貴妃則在死後孤零零地被安葬在另一處皇陵中。
在他親政的後20年，他基本上是一個不理朝政的皇帝。因此，萬曆後期朝政的混亂，直接導致了萬曆四十七年（公元1619年）明朝軍隊在與努爾哈赤軍隊的薩爾滸一戰中喪師10萬，從而喪失了明軍對後金軍隊的優勢，間接導致了明朝最終被清朝取代的結局。
萬曆十七年（公元1589年）十二月，大理寺左評事洛於仁上了一疏，疏中批評神宗（即萬曆皇帝）縱情於酒、色、財、氣，並獻“四箴”。對皇帝私生活這樣幹涉，使神宗非常惱怒。幸好首輔大學士申時行婉轉開導，說皇帝如果要處置洛於仁，無疑是承認洛於仁的批評是確有其事，外麵的臣民會信以為真的。最後，洛於仁被革職為民。在處理這件事的過程中，神宗曾召見申時行等人於毓德宮中，“自辯甚悉”。神宗對內閣大學士們說：“他說朕好酒，誰人不飲酒？……又說朕好色，偏寵貴妃鄭氏。朕隻因鄭氏勤勞，朕每至一宮，她必相隨。朝夕間她獨小心侍奉，委的勤勞。……朕為天子，富有四海之內，普天之下，莫非王土，天下之財皆朕之財。……人孰無氣，且如先生每也有僮仆家人，難道更不責治？”
神宗根本不承認洛於仁的批評。的確，明末社會好酒成風。清初的學者張履祥記載了明代晚期朝廷上下好酒之習：“朝廷不榷酒酤，民得自造。又無群飲之禁，至於今日，流濫已極。……飲者率數升，能者無量。……飲酒或終日夜。朝野上下，恒舞酣歌。”意思是說，明代後期對於酒不實行專賣製度，所以民間可以自己釀酒。又不禁止群飲，以致飲酒成風。喝酒少的能喝幾升，多的無限量，日夜不止，朝野上下都是如此。
神宗的好酒，不過是這種飲酒之風的體現罷了。神宗在17歲的時候，曾經因為醉酒杖責馮保的義子，差點兒被慈聖太後廢掉帝位。這件事他倒是承認。至於說到好色，神宗雖然似乎不及他的祖父，但卻一點兒也不遜色於他的父親。他在萬曆十年（公元1582年）的三月，就曾效仿他的祖父世宗的做法，在民間大選嬪妃，一天就娶了“九嬪”。而且，神宗竟然還玩起同性戀的勾當，在玩弄女色的同時，還玩弄小太監。當時宮中有10個長得很俊的太監，就是專門“給事禦前，或承恩與上同臥起”，號稱“十俊”。所以，洛於仁的奏疏中有“幸十俊以開騙門”的批評。這一點，神宗與當初荒唐的武宗有一點兒類似。
至於貪財一事，神宗在明代諸帝中可謂最有名了。他在親政以後，查抄了馮保、張居正的家產，就讓太監張誠全部搬入宮中，歸自己支配。為了掠奪錢財，他派出礦監、稅監，到各地四處搜刮。這個明朝享國時間最長的皇帝，廟號神宗，實為寓貶於褒，是說他神龍見首不見尾，隱居深宮數十年，不見朝臣，不理朝政，致使到萬曆末年，國家的官吏已經缺了一半。他又是個死要錢的皇帝，放出太監四處擾民搜刮（如開礦事），民間連養隻雞也要繳稅。