但是，諸葛亮身上，也有明顯的缺點，這個缺點，其實也是在用人方麵。諸葛亮雖然看人比較準，但是在大膽地使用人才上，卻遠遠不足。三國時期的第一武將呂布，無敵於天下，他自己親自出馬的戰鬥很少有失敗的，但是他的部下打的卻多是敗仗，最終造成他失敗的命運，這就是不肯放手培養人才、使用人才的後果。諸葛亮和呂布一樣，因為自身能力過強，所以凡事親力親為，不肯假手於人，最終過勞身死。這一點，他比起蕭何來，差得遠了。
“曆稽載籍，賢相如林，而名高萬古者莫如孔明。”諸葛亮作為一個分裂割據的蜀漢小國的丞相，是什麼原因使他這樣出名，這樣赫然地占有五千年曆史的泱泱大國的政治家的最高位置呢？《三國演義》的評論者毛宗崗認為小說人物中有“三絕”，而諸葛亮為三絕之首。他說諸葛亮“其處也彈琴抱膝，居然隱士風流；出而羽扇綸巾，不改雅人深致。在草廬之中，而知三分天下，則達乎天時；承顧命之重，而至六出祁山，則盡乎人事。七擒八陣，木牛流馬，既已疑鬼疑神之不測；鞠躬盡瘁，誌決身殘，仍是為臣為子之用心。比管、樂則過之，比伊、呂則兼之，是古往今來賢相中第一奇人”。
毛宗崗以小說為依據，概括得很全麵，但他還未能從民族的文化心理發展的角度進行曆史的具體分析，所以說得還不夠懇切。
諸葛亮的才智被肯定，最重要的就是他“未出茅廬，而知天下三分”的大勢。而且，諸葛亮出山之後，劉備的事業幾乎是無往不勝，他好像是劉備的幸運之神一樣，從他投靠劉備開始，在荊州立足、赤壁之戰勝利、奪取荊州、入主益州……每一件好像都和諸葛亮有千絲萬縷的聯係。
但是，就是這樣一個給劉備帶來無數好運氣的諸葛亮，最終還是沒有完成統一大業。對於諸葛亮的失敗悲劇，晉宋以來，人們曾反複進行過思索和探討，直到今天，依然眾說紛紜，莫衷一是。
《三國誌》的作者陳壽雖然對於諸葛亮的才幹和人格給予崇高的評價，但他認為諸葛亮北伐“連年動眾，未能有克”，是因為他“理民之幹，優於將略”，“治戎為長，奇謀為短”，就是說諸葛亮的治國才能優於軍事才能，而在軍事能力方麵，又長於治軍而短於謀略。
一種意見是認為諸葛亮死得太早，否則“若天假之年，則繼大漢之祀，成先王之誌，不難矣”。唐代中興名相，大家熟悉的“雪夜平蔡州”的統帥裴度，即持這種觀點。上文所引，即是他為成都武侯祠被後世稱為“三絕碑”所撰的碑文中的話。在碑文中，孫樵更公開地指責陳壽貶抑了武侯。有學者認為，陳壽雖稱良史，然其父陳式本為諸葛亮的部下，因犯法為諸葛亮所誅，故陳壽為諸葛亮立傳有失公正。
一種意見認為，諸葛亮的“隆中決策”，是“跨有荊、益”作為根據地，然後待“天下有變”，分兩路出師北伐，一路向宛洛，一路向秦川，以統一中國。其後由於關羽“大意失荊州”，而劉備伐吳又遭彝陵大敗，致使蜀漢國土失半，元氣大傷，再無統一的可能。杜甫的《八陣圖》詩所謂“江流石不轉，遺恨失吞吳”，即表達了這種觀點。
近年還有學者認為，諸葛亮的“隆中決策”本身就包含著悲劇的因素。從曆史、地理的因素看，漢末的中原包括關中與荊、揚及益州，已經發展成為三個互相對抗的經濟區，它是三國立國的社會基礎。荊州與揚州聯為一體，為東吳所必爭；而荊州和益州因為崇山峻嶺的阻隔，它們作為兩個各自獨立的經濟區，聯係極為不便，蜀漢集團無論以荊製益還是以益製荊都無可能，所以失荊州實為曆史的必然。故諸葛亮的“隆中決策”預見天下三分，有著非凡的眼力；認為劉備隻有向荊、益二州發展，也很正確；但他的“跨有荊、益”作為立國和發展的基礎，是不現實的，這也注定了他的理想要成為悲劇。
此外還有一些說法，諸如認為諸葛亮用人苛嚴，求全責備，致使蜀漢無人；不重經濟致使糧饋不繼；北伐本來就是以攻為守等等，不一而足。
客觀地說，諸葛亮之所以不成功，有很多方麵的因素存在。最重要的就是現實的基礎方麵的國力問題。當時，蜀漢政權的家底太薄弱，而在當時曹魏和孫吳的霸權已經確立的情況下，薄弱的蜀漢沒有發展的機會，就像是在美國的霸權確立之後，南美洲的小國無法得到發展而隻能或者淪為美國的殖民地或者成為美國的原料產地和產品傾銷市場一樣。
不過也有人就此提出不同的意見，他們說商湯以七十裏，周文王以百裏而有天下，漢高祖也是以漢中為基地戰敗項羽，故不能以實力懸殊為諸葛亮辯護。可是他們忘了，彼此的對手不同，夏桀、商紂與項羽雖然也都曾經擁有極大的權力和威勢，可是他們的力量是在走下坡路的，這注定了他們要失敗。