國際工人協會成立時，恩格斯正在丹麥旅行。11月初，恩格斯剛剛到曼徹斯特，就收到馬克思一封長信，通報有關國際工人協會成立大會的情況、總委員會的組成和會後的活動等“許多重要事情”。馬克思寫道：9月28日的群眾大會，參加的人很多，“會場上擠得使人透不過氣來（因為工人階級現在顯然重新開始覺醒了）……會上決定成立‘國際工人協會’，它的總委員會設在倫敦，‘聯係’德國、意大利、法國和英國的工人團體。……大會選舉了一個臨時委員會，其中奧哲爾、克裏默代表英國；沃爾弗少校、方塔納和其他一些意大利人代表意大利；勒·呂貝等人代表法國；埃卡留斯和我代表德國。委員會有權任意吸收新的成員。”“目前一切都進行得很順利。我參加了委員會的第一次會議。會議選舉了一個小委員會（也有我在內）起草原則宣言和臨時章程。”[5]
恩格斯獲悉國際工人協會已經建立，十分高興。他完全讚同馬克思的態度，認為參加協會是很有意義的。因為在協會中，“我們又同那些至少是代表自己階級的人發生了聯係，這畢竟是好的；歸根到底，這是一件主要的事情。”根據馬克思來信談到的情況，他十分正確地指出，由於協會的成分複雜，“一旦問題提得稍微明確一點，這個新協會就會立即分裂成為理論方麵的資產階級分子和理論方麵的無產階級分子。”[6]同馬克思一樣，他成了新協會最早的會員。
第一國際成立初期，恩格斯住在曼徹斯特，不能參加總委員會的工作。因此，他主要是作為馬克思的顧問和助手，協助馬克思領導協會。
雖然恩格斯沒有正式擔任總委員會的職務，但他從馬克思的來信中，十分了解第一國際的活動、總委員會的工作和內部發生的分歧。他經常根據馬克思的要求為協會的工作出謀劃策，幫助馬克思撰寫重要的文件，支持總委員會出版一份自己的報紙，為協會在短時期內不聲不響地占領了很大的地盤而高興。1865年3月，他寫信告訴僑居美國的老戰友魏德邁：“國際協會工作很有進展，巴黎的情況特別好，但是倫敦也並不差。在瑞士和意大利，工作都很順利。隻有德國的拉薩爾派搞不好，目前就更不用說了。不過……情況已有決定性轉變。”[7]
在籌備1866年國際日內瓦代表大會期間，曾有人提議大會延期舉行。馬克思征詢恩格斯的意見。恩格斯認為延期不會有很大好處，“歸根到底，任何這樣的表示在一定意義上——至少在我們的心目中——總是一種恥辱。”[8]馬克思立即讚同他的意見，決定盡力促使大會如期舉行。
有一次，馬克思寫信告訴恩格斯，在倫敦的法國人支部中的小資產階級分子和布魯塞爾的蒲魯東主義者正在進行反對國際協會的陰謀，真正的爭論中心是波蘭問題。他請恩格斯給予幫助，在報刊上撰文論述無產階級在波蘭問題上的立場。應馬克思的要求，恩格斯很快寫成一組論文：《工人階級同波蘭有什麼關係？》指出國際工人協會在波蘭問題上的立場：“抵抗俄國對歐洲的威脅——恢複波蘭！”闡明國際協會的立場與波拿巴主義的民族原則毫無共同之處，揭露“蒲魯東主義者充當被壓迫的波蘭的審判官”的反動麵目，大大支持了總委員會反對蒲魯東主義的鬥爭。
在處理國際工人協會許多重大問題上，恩格斯的意見受到馬克思高度的重視。1868年11月，貝克爾把巴枯寧派的《國際社會主義民主同盟的綱領和章程》寄給總委員會，要求接納國際社會主義民主同盟加入國際。馬克思把有關文件寄給恩格斯，征詢他的意見。恩格斯明確指出：國際不能讚同這種欺騙行為，“否則，就會有兩個總委員會，甚至兩個代表大會；這是國中之國，而設在倫敦的實際的總委員會和設在日內瓦的即‘理想主義’總委員會之間，從第一分鍾起，就會發生衝突。正如不能有兩個總委員會一樣，在國際內也不能有兩個國際的（按任務說）組織。”[9]馬克思完全讚同恩格斯的看法。根據馬克思的提議，總委員會拒絕接納國際社會主義民主同盟加入國際工人協會。