三年以來，皇族之破壞大局，罪實難數。事至今日，乃並皇太後皇上欲求一安富尊榮之典，四萬萬人欲求一生活之路而不見許。祖宗有知，能不恫乎。蓋國體一日不決，則百姓之因兵匪凍餒死於非命者日何啻數萬……謹率全軍將日入京，與王公部陳利害。
段祺瑞居然要率軍入京，清王朝一片混亂，人人自危。
1912年2月13日，清帝退位。2月15日，袁世凱在參議院選舉中以全票當選為臨時大總統，儼然成為共和的締造者，參議院甚至稱其為“世界之第二華盛頓，我中華民國之第一華盛頓”。
而段祺瑞也因為逼宮有功，被人視為“一造共和”的英雄。10月初，袁世凱當選為正式總統。
10月10日，在太和殿舉行了總統就職和開國紀念的盛大慶典，下午，北洋軍舉行了盛大閱兵式，由段祺瑞作檢閱總指揮長。
天氣雖然不好，下起了雨，但閱兵卻極為成功，袁世凱極為滿意，說：“我看陸軍總長該記頭一功。”“總統過獎了。”段祺瑞推辭道。
雨越下越大，大家勸袁世凱回去休息，袁世凱臨走前，把自己的黑色呢披風披到段祺瑞身上，說：“都是自己人，不必推辭。”受此殊榮，段祺瑞極為感動，不久，他又為袁世凱去了一塊心病。
段祺瑞秉性剛直，剛愎好強，對袁世凱盡心盡力卻不事趨奉，因而對袁世凱包辦一切的做法加以抵觸。袁世凱生性狐疑，加上旁人的挑撥，袁世凱對段祺瑞越來越不放心了。
1914年5月9日，袁世凱決定在原來總統府軍事處的基礎上，建立陸海軍大元帥統率辦事處，由他親自掌握，陸、海、參謀三部總長均為辦事處的大辦事員，實際上是收回了分散於三部的軍權。事情一開始，袁世凱瞞著段祺瑞，而讓阪西利八郎和王士珍參與籌劃，等到事情差不多時，才告訴段祺瑞。袁世凱的猜忌，使段祺瑞充滿了怨氣，他對身邊的人發牢騷說：“當年朝廷不信任項城，今天倒好，總統也不相信我了。如此下去，他還能信誰呀？”
袁世凱聽到了這話，解釋說，當時段祺瑞身在開封，沒法與他商討，最後讓段祺瑞不要多心。段祺瑞更為寒心，自己的話怎麼這樣快就傳進了袁世凱的耳朵？
到了八九月份，袁世凱決定成立模範團。成立模範團，表明袁對小站宿將的疑忌，要以模範團來改造北洋軍，而袁克定於此事最為熱心。模範團原準備建成一個軍，但袁世凱怕引起北洋將領的反感與不安，於是縮小為師，繼而為團，其實相當於個混成旅。其人員配備，均由袁克定操縱，其裝備、待遇均優於其他部隊，儼然成為袁世凱的“禦林軍”。
段祺瑞對此事一直持反對態度，當袁世凱問他時也不置可否，以後統率辦事處又專門開過幾次會商議模範團的事，段祺瑞不是借故不到，就是到會一言不發。袁世凱本想讓袁克定當團長，段祺瑞則當麵否定說：“我看他不行吧。”半天沒有結果，袁世凱怒氣衝衝地說：“你看我行不行？”於是，袁世凱自兼模範團團長。段祺瑞嘴上不說，心中暗自生氣。段祺瑞有個外號叫“段歪鼻”，一生氣就歪鼻子，但這種情況很少見，隻有在他極其惱怒的情況下才出現。這一次，段祺瑞的鼻子歪了。
1914年10月，模範團成立了，袁世凱自兼團長，但到第二期時，便把團長讓給了袁克定。模範團一事，加深了袁氏父子和段祺瑞之間的裂痕。
1912年3月，袁世凱想當皇帝的謠言開始流傳。6月25日，他專門為此通電辟謠。到1913年9月二次革命被鎮壓下去後，袁的親信就有人進言，隱隱地提到實行帝製。
1915年11月，袁世凱公開暗示了自己對帝製的態度，他說：“宣統滿族，業已讓位，果要皇帝，白屬漢族，清係自明取得，便當找姓朱的，最好是明洪武的後人，如尋不著，朱總長(朱啟鈐時任交通總長)也可以做。”12月23日，袁世凱仿照曆代皇帝在天壇舉行了祭天儀式，把複古浪潮推向了頂峰。
在帝製活動逐漸公開之時，段祺瑞基於對袁世凱當年的“知遇之恩”，再次慨然相勸，袁世凱卻敷衍了事。看到了袁世凱對談話心不在焉的樣子，段祺瑞動情地說：“總統，祺瑞自小站跟隨總統，鞍前馬後，將近二十一年，總統知遇之恩，祺瑞沒齒難忘。如今國勢危殆，倘有變動，後果不堪設想。祺瑞無知，赤誠可鑒，望大總統三思。”
袁世凱也裝作推心置腹的樣子說道：“芝泉，你是我的老部下，難道還不了解我嗎？我可以告訴你，皇帝我是絕不做的。如今我這個大總統與皇帝又有何異？如為兒孫計則更不可。克定是個殘廢，其他幾個亦無此才能。你盡可放心，不要胡思亂想。”
1915年12月12日，袁世凱帝製自為，改中華民國為中華帝國。次日，袁在居仁堂匆匆登基。段祺瑞沒有參加“登基大典”，他在公館與徐樹錚說：“項城作孽啊！”
徐樹錚也慨歎：“天作孽，猶可違；自作孽，不可活。”