武帝追查《史記》的事情，還在司馬遷的家鄉陝西韓城被演繹成一係列動人的民間故事。據說司馬遷被下獄後，妻子柳倩娘回到家鄉，守護早已被女兒司馬英暗地裏轉移回家的《史記》正本。後來，司馬遷的長子司馬江被李廣利誣奏，被迫從邊關奔太行山造反。柳倩娘聽說司馬江造反，恐怕被官府滅門，遂命後輩改名換姓，離家避禍;她自己攜帶《史記》入庵為尼姑。她在庵中修道四十年，終於成仙，乘龍而去。司馬遷的三叔司馬厚，則在與前來搜查《史記》的官軍搏鬥中被殺死。
韓城民間還傳說，司馬遷的生日是農曆二月初八。而他的妻子柳倩娘，又被說成是李陵的姑表妹。故事說，李廣利要納柳倩娘為妾，倩娘不肯，李陵也不同意，為此他遭到李廣利的忌恨，所以後來李廣利坐視李陵陷敵而不救。柳倩娘則經李陵介紹，拜司馬遷為師學藝，遂由相互愛慕而終成婚配。
這些傳說反映了民間的感情和想象，但並沒有什麼曆史根據。司馬遷應該是有兒子的，名字已不可考。他的女兒十分有主見，嫁給一個地位不低的官僚，也沒有留下名字。她生了兩個兒子，分別叫楊忠、楊惲。最早把司馬遷的書傳布開來的人，正是司馬遷的外孫楊惲。
不過漢武帝怒刪《史記》的說法也未必能使人完全相信。理由至少有三條。
第一，《史記》之所以缺少十篇，也可能是因為司馬遷壓根兒就沒有按原計劃真正把它們寫出來。或許我們隻能說，司馬遷生前已經基本上完成了《史記》的撰寫，但他還留下若幹篇章始終沒有寫完。《史通》作者劉知幾就持這種看法，即所謂“十篇未成，有錄(目錄)而已”。清代前期負責編輯《四庫全書》的一批大學問家，認為“當以知幾為是也”。王國維也批評武帝刪書之說“最為無稽”。
第二，《史記》有目而無書的共達十篇。其中大多數內容與漢武帝無關，根本不可能是被他刪毀的。既然其他篇章的遺失都可以與漢武帝沒有關係，又有什麼理由斷定漢景帝、漢武帝兩篇本紀的丟失就一定出於武帝所為?事實上，西漢一代既無印刷術，紙張也還未曾代替絲綢或竹簡、木片成為書寫的最主要材料(這要在兩晉時才發生)。一部五十多萬字的書，整本抄寫既不容易;即使抄出來，要把它全部裝訂在一起也不可能，當時隻能一卷一卷地分別裝訂。正因為如此，像這樣的大部頭著作，往往按閱讀需要被拆散開來，分卷抄寫，並分卷流傳，叫作“寫以別行”。在這樣的傳播過程裏，有若幹卷失傳，並不是不可理解的事情。非要找出一個為這類偶然事件負責的人物，有時反而顯得牽強無據，真正變得“吃力不討好”。
第三，武帝如果因《史記》“極言其短”而毀去記載景帝和他本人時代的兩篇本紀，那麼他必得要以同樣的手段毀去《史記》中的其他一些篇章!景帝朝用晁錯的“削藩”策來收拾劉邦當年分封的同姓王後裔(同出劉家一門骨肉的同姓諸侯)，弄得宗室人怨沸騰，最後逼出一場“吳楚七國之亂”。西漢朝廷削藩自有其理由，但景帝在這個過程裏顯得刻薄寡恩也是事實。尤其無情的是，七國之亂剛剛爆發時，他一時慌了手腳，竟把滿心為朝廷的長治久安著想而被諸侯切齒痛恨的晁錯當成替死鬼，把他斬殺在長安東市，以求與叛亂的諸侯妥協。景帝在那天一早派人到晁錯家裏傳喚他。晁錯還以為是召他進宮問對，把朝服穿戴得整整齊齊才出門。萬沒想到的是，他被直接領到東市受刑，連再見一次景帝之麵的機會也沒有。唐朝有人寫詩說:“旋見衣冠就東市，忽遺弓劍不西巡。”前一句裏用的就是這個典故。