武帝臨死前五年，江充抓巫蠱犯居然抓到皇太子頭上去了。他指使胡巫，斷言宮中有蠱氣。漢武帝遂命江充入皇宮追查。江充誣告太子宮中埋的木人最多，又有帛書，上麵寫的全是想謀害武帝的話。隨後他們到太子宮中“掘蠱”，果真找到了六個針刺桐木偶人。太子得知後非常恐懼，想與當時住在郊外甘泉宮裏的武帝聯係，以便辯明情況。然而，“皇後(衛皇後、即太子生母)及家吏請問，皆不報”(沒有回應)。太子周圍的人開始懷疑武帝是否還活在人世。太子的老師石德提醒皇太子說，要防止秦末的悲劇重演。他指的是秦始皇死後，趙高隱瞞實情，矯旨令法定接班人扶蘇自殺的故事。於是太子聽從石德的計策，派人詐稱武帝使者，捕殺江充等人。在甘泉宮休養的漢武帝聞變，馬上命令包圍長安城，嚴厲鎮壓太子軍。麵對政府軍的進攻，太子被迫動員數萬市民守衛長安城。“巫蠱之禍”就這樣發展成一場父子相敵的內戰。漢武帝逼近長安，進駐城西的建章宮，下詔調集關中駐軍攻城，由他本人親自指揮。太子軍與政府軍大戰五日，死者數萬人。太子兵敗，出城東逃，在被追捕中自殺身亡。
江充迎合武帝的猜忌心理，靠誣陷無辜者邀寵，固然是巫蠱之禍的一種重要起因。但是他膽敢誣陷到皇太子頭上，實在很難看作是一樁沒有其他更加深刻的曆史背景的偶然事件。班固寫《漢書》，把這件事同衛皇後因色衰而失去武帝的寵愛相聯係。他以為，漢武帝企圖廢去衛夫人而另立正宮皇後，因此才栽贓於衛夫人生養的皇太子。結果，太子和他的母親雙雙自殺，正好符合武帝的心意。但是，按照一位當代曆史學家的看法，巫蠱之禍的背景，更像是武帝與皇太子之間因政見不同而引發的衝突，導致武帝企圖更換法定接班人，也就是皇太子的人選;它與衛皇後倒沒有多少直接的關係。
我們一開始就提到過，武帝時期，西漢國策實現了從“無為”政治向“有為”政治的轉變。這裏麵既有不得不如此的成分，也有因國力強盛而催發的驕逸奢侈的動機。於是因廣開邊功、兵革數動而國庫虛竭;因國用不足、賣官鬻爵而使吏治漸壞;因壟斷鹽鐵、專注搜刮而使言利刻薄之臣布列朝廷。這一係列的政策環環相扣，越來越嚴重地破壞著西漢社會的正常運行機製。武帝中葉，天下戶口減半，關東流民達到二百萬之多，社會險情已極度表麵化。後來的人回顧這段曆史說，漢武帝的窮奢極侈，幸虧是發生在文帝、景帝的大治以後。人們還沒有忘記文、景“遺德”，所以人心不亂。如果漢高祖之後即有武帝，則“天下必不能全”。
麵臨這樣凶險的局勢，漢武帝並不是毫無意識的。封禪之後不過數年，他就總結自己前三十年的作為說:“我過去所做過的很多事，是不得不為，因而也就不得不勞民傷財。但是如果後世再像我一樣地行事，那就是在重走亡秦的老路了!”他意識到，形勢已發展到必得扭轉整個治國方向的關頭了。但是真要轉過這個彎子來，又談何容易!這會牽涉到太多的人以及他們的現實利益;另外，他驕奢淫逸、好大喜功的習性也不是輕易就能改變的。西漢帝國就像一艘航行在茫茫海麵上的大船，找不到北，在那裏漂浮不定。
既然理應轉彎子卻又轉不過來，或者轉得太遲緩，自然就會有人不滿意。這些不滿意的人物中，有一個就是皇太子。他是大將軍衛青姐姐的兒子，個性“仁恕溫謹”，對父親不斷興師動眾非常不以為然，所以經常成為武帝決策的反對者。武帝曾回答兒子的勸諫說:“就讓我把該做的事全做完，好留一個安逸的局麵給你。這不是也挺好嗎?”父子兩人政治主張的分歧，逐漸發展為互相間的疏遠、猜疑和算計。衛青死後，衛氏外戚集團失去了一根極重要的支柱。此後不久，漢武帝就好像開始為更換自己的接班人預作安排。他先後翦除了衛氏集團的很多成員。“巫蠱之禍”發生時，武帝與皇太子以及衛皇後之間的關係，已發展到不通消息的地步。江充把巫蠱之罪安到皇太子頭上，即便沒有受到武帝的直接指使，一定也是他看準了武帝的心思，因此才會有這樣的膽量。也正因為如此，皇太子對江充的怨憤爆發，才會立即引起武帝的激烈反彈，以至於他會直接把它當作一場叛亂來鎮壓。