司馬遷的所謂“誣罔”之罪，也就是欺君之罪。這在當時是要被處以腰斬的。不過，這時候放在司馬遷麵前的，還可能有三種選擇。
一是拿錢來贖死罪。恰巧就在他的處罰將被執行之前，西漢政府公布了一條法令，宣布“死罪人贖錢五十萬，減死一等”。這就是說，犯了死罪的人，若出錢五十萬，便可以按照輕一等的處罰來執行。所謂輕一等，當時指的是用竹板責打三百下。這條法令公布在天漢四年九月。司馬遷後來回憶說:“家貧，財賂不足以自贖。”可見這條法令在他受刑時已經存在了。有人甚至認為，它最初就是針對處罰司馬遷而頒布的。五十萬錢究竟是什麼樣一個概念呢?
西漢的官俸，也就是現在所謂官員工資，是按每年多少石穀子來衡量的。太史令是一個每年六百石的官職，實際支取數則是每月七十石。司馬遷是在武帝封禪的第三年，也就是元封三年(前108)被任命為太史令的。從那時直到天漢二年被下獄，司馬遷一共做了十年的太史令。他在這十年內的總收入為八千四百石，按當日市價折合銅錢，為一百萬八千錢。也就是說，死刑的贖金，相當於司馬遷做十年太史令所得全部收入的一半。但是他實際上拿不出這麼多錢來。是不是有人肯解囊相助呢?用他自己的話來講，叫作“交遊莫救，左右親近不為一言”。也許他們怕的還不是出點錢，而是怕因為幫助了直接得罪皇帝的人而遭來橫禍。因此用錢來贖死，這條路對司馬遷根本不現實。
第二種選擇是接受宮刑來代替死刑。說到這裏，就需要介紹一下，宮刑究竟是怎麼回事?它對漢朝時候的人，尤其是對漢朝的士大夫，又意味著什麼?
中國古代處罰罪犯的刑法種類，一般稱為“五刑”，由輕到重分別是墨刑(把犯罪人的額頭皮膚割開，然後在傷口處塗抹墨汁，留下終生擦不去的墨印。又叫“黥刑”)、劓刑(割去鼻子)、刖刑(截腿;或是剝去膝蓋上的髕骨，所以又叫“臏刑”;後來稍微減輕一點，改為斬斷左趾或右趾，叫“斷趾”，斷趾之刑在秦代十分流行)、宮刑(男子割去生殖器官即睾丸，女子則幽閉在宮中，終生不得婚配)，最後一種便是死刑。死刑的執行方式除斬首外，還有“”(音“環”，即用四輛車或五輛車對犯人實施“車裂”，把受刑者的身首四肢活生生地撕扯開來)、椹質(即腰斬)、梟首(處死後將首級掛在高杆上示眾)等。可見最初所謂“五刑”，有四項屬於身體刑，一項是生命刑;其中沒有包括自由刑(就是用限製罪犯的人身自由來處置罪犯的徒刑)。徒刑要到秦王朝時期才比較常用，即將犯人的頭發剃光，男人去築城牆(包括修築萬裏長城)，女人用來替官府舂穀子。
五刑裏的宮刑，在遠古時候，曾經是專門懲治淫亂的一種刑法。所以它最初屬於“對應處罰刑”，即罪犯使用身體的什麼部位來實施犯罪，就用殘毀犯人相應部位肢體的方式來予以懲治。古代印度對偷竊者處以砍手、對在高貴的人麵前放屁者處以在臀部燙上烙印，也都是“對應處罰刑”。後來，宮刑逐漸地不止於用來懲治淫亂。它被視為僅次於死刑的重刑，又叫“下蠶室”。古人相信受宮刑後的瘡口若經風吹，便要感染，導致“破傷風”，所以受刑時以及受刑後的一段時間裏，必須呆在像飼養蠶繭的屋子那樣溫暖而不透風的地方。所以受宮刑又叫“下蠶室”。
大約在司馬遷出生之前的近三十年，漢朝政府已經頒布了廢止肉刑的明令。但從這以後刑罰執行的實際情況來看，真正停止使用的僅限於劓刑和斬斷腳趾的刑罰;黥刑與宮刑仍然在使用，不過也終究不會像從前那樣盛行了。宮刑最終被廢除，還要等到隋朝前期，那已是在7世紀前後。隋唐時形成了一種新的“五刑”體係，包括生命刑一等，也就是死刑(分斬、絞兩種)，自由刑兩等，也就是流刑和徒刑，身體刑也有兩等，即杖刑和笞刑(分別用木棍和竹板責打臀部)。所以，中國取消施加於肉體的酷刑，要比西歐社會早得多。在那裏，火刑、車刑、溺刑、剜目刑、割耳割鼻刑、斷手刑、烹刑、斷舌刑之類五花八門的肉刑，要等到16世紀才被取消。