麵對這樣的情景，一種仗義執言的衝動在司馬遷胸中像潮水一樣地起伏漲落。他與世代出名將的李家並沒有很深的交往，但也不是毫無因緣的陌路人。恰在司馬遷最初進入漢武帝的內廷擔任郎中前不久，李廣剛剛離開統領郎中的長官，即郎中令的職位;而接任李廣、成為司馬遷頂頭上司的人，就是李廣的兒子李敢。李廣之孫李陵又與他同在內朝做侍衛性質的官，可以算半個同事。因此可以說，司馬遷一直是在不遠處默默地關注著這一家子所遭遇的不尋常的命運。對李廣被迫自殺、李敢又因衝撞衛青而被霍去病害死，司馬遷大概一向懷有不平之心。而今李陵孤軍深入，作戰到矢盡力竭，被迫投降，那些貪生怕死、卑鄙勢利的“全軀保妻子之臣”就忙著對李陵落井下石。這更使司馬遷為李陵感到不公平。他的俠義心腸一定是在激勵著他，使他不能對此抱以沉默。另一方麵，看到皇帝一副“慘愴怛悼”的樣子，他也很想為皇帝分憂解愁，來報答武帝提拔他為太史令的知遇之恩。
恰恰在這時候，漢武帝問起他對這件事有什麼看法。司馬遷滿心以為這是一個替李陵說幾句公道話、並且好好安慰一下武帝本人的良機。所以他把自己鬱積多日的話一股腦兒倒將出來了。他對武帝的進言，大意是說:李陵平素對同僚“絕甘分少”(無爭利之心，取少予多)，與士卒同甘共苦，所以士兵們都肯用命效死。古代名將所能做到的也不過如此。他雖然投降，我看他的意圖，無非是想尋找適當的時機，報答皇帝對他的恩遇。這實在是無可奈何的選擇。再說，他擊敗匈奴的戰功，也足以向天下表白自己奮力報國的心跡了。
如果司馬遷隻是強調李陵有“國士之風”，他的投降不過是留有用之身以圖後報，情況或許還不會像後來發生的那般糟。但是司馬遷的心裏少了一根弦。為說動武帝，他還在那裏竭力讚揚李陵的戰功。這就正好觸痛了被武帝刻意隱藏著的一個心病!
和李陵同時出塞進攻匈奴的，還有漢武帝的大舅子李廣利。他率領三萬騎兵從酒泉出發，擊匈奴右賢王於天山，殲敵一萬餘人。但在回來的路上中了埋伏，士卒損失十之六七。就像不久前遠征大宛一樣，李廣利又一次白白辜負了武帝一心一意為他創造的建立輝煌戰功的機會。這在武帝內心引發出一種難以言說的挫折感。在司馬遷看來，他讚揚李陵的戰功是為了告訴漢武帝:李陵已經盡了自己最大的努力，所欠隻有一死;而李陵之所以不死，又不是因為他貪生惜命。但在漢武帝看來，李陵率五千步兵所獲得的戰績越大，就越顯出率領三萬騎兵的李廣利是何等無能。司馬遷這麼說，分明是為了打擊李廣利而有意抬高李陵!進一步去想，這也就是在指責皇帝任人唯親，用人不當，以至於真正有能力的人遭受不公平的待遇，而給國家帶來那麼大損失的無能之輩卻有過不罰，依然享受高爵厚祿。自己心裏有了鬼，就難免變得異常敏感。專製皇帝的喜怒無常，很容易地就直接轉化成當事另一方的生死之災。司馬遷被下獄了!他的一班朋友誰也不敢出來奔走營救，甚至連去探一探監都沒有勇氣。武帝左右的親貴更沒有誰肯為他講一句話。廷訊的結果，司馬遷被定了一個“誣罔”的罪名。這是在天漢二年(前99)歲末前後。
但在定罪之後不久，情況似乎又出現了某種好轉。當漢武帝從滿腹的憤怒和猜忌中清醒過來時，又發現司馬遷的話好像也有點道理。他甚至對自己在當年的調度失當也有了些許反省。他後悔地說，其實當初應該等到李陵出塞之後，再指派路博德作他的後援。這樣，路博德就再也不敢尋找借口拒絕配合，而李陵也就不至於被置於孤立無援的危局之中了。作為補償，武帝下令慰勞逃回來的那四百多名李陵所部殘軍。天漢四年(前97)，武帝又出動二十萬大軍，分幾路攻入蒙古草原。其中由公孫敖率領的一支，包括騎兵萬人、步卒三萬，特別奉命要注意尋找李陵，把他接回到漢朝來。可見司馬遷的勸說起了一點作用。關在監獄裏的司馬遷，以及李陵妻子老母的命運，而今全都取決於公孫敖此行的結果如何了!
不幸的是，公孫敖在草原上吃了敗仗，因此也就不可能縱橫敵方疆域去尋找李陵。更加不幸的是，他非但沒有尋獲李陵，反而帶回來一個壞消息:據一個匈奴俘虜說，李陵已在幫助匈奴訓練軍隊，以專門對付漢軍。後來的消息證明，真正幫助匈奴練兵的人，其實不是李陵，而是另一個名叫李緒的漢朝降將。但這已是後話了。由於公孫敖的這個並不確切的情報，漢武帝一年多以來正在逐漸平息下去的怒火，一下子又被吊升到頂點。李陵的母親和妻子被處死。對早已被判定的司馬遷的“誣罔”之罪進行懲處，現在終於也提上議事日程了。
“生存還是毀滅”?這個哈姆雷特式的問題，就這樣被尖銳地擱置在司馬遷麵前。