但崇禎卻懷疑袁崇煥了，認為他是擁兵自重，要挾製自己，甚至謀權篡位，至少也是要強迫自己采用他一貫與滿清議和的主張。這麼一想，崇禎那顆剛愎自用而又傲慢的心就受到了很大的創傷。
此時，滿清軍隊在城外大肆燒殺搶掠，使得京郊的百姓大受其害，且崇禎身邊的太監也多在京都置有田產，都深痛自己大破其財。想來想去，這怨憤就潑在了袁崇煥的身上，說清兵是袁崇煥引來的，是想要挾皇上與清人議和的。一時之間，這些輿論不知怎麼就漫天而起，甚至大罵袁崇煥是“漢奸”，弄得人心惶惶，真假不分。竟有人站在北京城的城牆上往城下袁崇煥士兵的頭上扔石頭，一邊扔一邊罵“漢奸兵”，砸死砸傷了一些士兵。
崇禎知道了這一消息，疑心更大，恐慌起來。恰在這時，皇太極依照《三國演義》上的“群英會蔣幹中計”一節，使起反間計來。
就在這以前，清軍捉到了兩名明宮派到城外負責養馬的太監，一個叫楊春，一個叫王成德。在撤回途中，皇太極派副將高鴻中和參將鮑承先、寧完成等人監守。這三人是歸降滿清的漢人。到了晚上，鮑承先與寧完成二人依照皇太極所授的密計，大聲“耳語”道：“這次撤兵，並不是我們打了敗仗，那是皇上的妙計，你看到了嗎？皇上單獨騎了馬逼近敵人。敵軍中有兩名軍官過來參見皇上，商量了好久，那兩個軍官就回去了。皇上和袁崇煥已有密約，大事不久就可成功了。”兩名太監正躺在旁邊，把這些話聽得十分清楚。第二天，姓楊的太監見敵人撤退時十分慌亂，便趁敵人的“疏忽”逃奔而歸，並馬上把這些話報告了崇禎。
聽了這些話，以崇禎多疑而又忮刻的性格，當然是馬上相信了。他立刻召袁崇煥進宮，在宮中將其逮捕下獄。袁崇煥的部將祖大壽等人見狀，驚慌莫名，隻好出城等候。
三天之後，聖旨下來，說袁崇煥以通敵謀反罪被捕，隻問袁崇煥一人，餘者不問。將士聞訊大哭，還有的將士破口大罵，頓足而號。如果此時有人倡議，說不定真會反了。
祖大壽當然極為悲憤，他即刻率軍回錦州，途中遇見馳援的袁軍主力，了解了北京的情況後，也當即掉頭而回。
祖大壽掉頭而回，崇禎大為恐慌，他深怕清軍再來攻城，連忙派人去讓袁崇煥寫信，召回祖大壽。這實在是一個奇怪的邏輯，既不肯正式下詔讓袁崇煥寫信，又派各部官吏前往勸說。袁崇煥先是不肯寫，認為這種做法於情理不通，既不奉明詔，於獄中寫發書召兵回京，無異於私人行為，但崇禎無論如何不肯向袁崇煥認錯。在群臣的勸說之下，袁崇煥“以國家為重”，寫信召回祖大壽。祖大壽本把崇禎派的使者看做敵人，但有袁崇煥的親筆信，他遲疑不決。這時，祖大壽的母親說：“如果不回軍，隻能加重袁督師的罪名，如果您回去攻下一些地方，打一些勝仗，或許能救袁督師出獄。”祖大壽聽了母親的話，率師返回，沿途攻陷了清軍占領了兩座城池，也就是斷了清軍的兩條歸路。
皇太極聽說袁崇煥下獄，大喜過望。他本來已攻克了北京以南二十公裏處的良鄉，立刻回師盧溝橋，破了所謂的“車軍”，又大破明軍四萬多人，擒獲和斬殺了一些明軍的高級將領，京師大震。但聽說祖大壽率兵返回，懼怕歸路被截，便寫了幾封議和信，領兵從山海關緩緩而退。
清兵一退，崇禎又感心中大定。是時，朝野之上、軍隊之中替袁崇煥辨冤求情的人，紛紛上書，連孫承宗也寫詩說：“東江千古英雄手，淚灑黃龍半不平。”還有許多人情願以身代之。袁崇煥也在獄中寫信，讓部下安心抗敵，半年之後，明軍把清軍趕出了長城。
這半年之中，袁崇煥再有什麼樣的罪行也該調查清楚了，也該做出決定了。不，早不殺袁崇煥，晚不殺袁崇煥，清兵退出長城以後就殺袁崇煥。
想袁崇煥死日，北京人情洶洶，莫不欲食肉寢皮。一條小小的反間計，竟然“傾國傾城”，令人想來真有些不寒而栗。說其是千古第一反間計，恐怕並不過分。
一條小小的反間計，可以滅亡一朝一國。由此看來，反間計的確可以毫不誇張地被稱為百計之首。
（參見《史記》、《左傳》、《戰國策》、《清史稿》等）