寧錦之役，明軍取得了勝利，但作為主帥的袁崇煥並沒因此而受重賞，隻是升了一級官。其根本原因在於袁崇煥不是魏忠賢的同黨，袁崇煥當年中進士的主考老師和推薦他做遼東防務的人都是東林黨的首領，因而，雖有“寧遠大捷”和“寧錦大捷”，袁崇煥還是討不到魏忠賢的歡心。這時，魏忠賢見袁崇煥威勢日增，便指使同黨，攻擊袁崇煥不去救錦州。袁崇煥隻好辭職，回老家廣東去了。
這年八月，愛捉迷藏和做木工的熹宗皇帝死了，因無子嗣，由他的親弟弟朱由檢繼位，改年號崇禎。崇禎帝當時才十七歲，他年紀雖小，卻十分精明能幹，與哥哥大不相同。他不動聲色地翦除了魏忠賢的閹黨，然後逼得魏忠賢自殺，巧妙而又幹淨地除掉了朝廷的一個毒瘤。魏忠賢死後，附和他的大臣或殺頭或充軍，被魏忠賢排擠的袁崇煥重新被起用。
1628年（崇禎元年）7月，袁崇煥從老家應召來到北京，崇禎召見了他，問他遼東防務事宜，經過一番深談，崇禎可以說對他言聽計從。袁崇煥提出了諸如糧草供給保障、排除幹擾等要求，崇禎都一口答應，至於具體的守遼東的策略，袁崇煥認為可用以下三個原則：“一、以遼人守遼土，以遼土養遼人；二、守為正著，戰為奇著，和為旁著；三、法在漸不在驟，在實不在虛。”崇禎的確是有一番事業心，對袁崇煥的這些提法，都表示了讚同和照辦的意思。
崇禎賜給袁崇煥一柄尚方寶劍，以表示他對袁崇煥的信賴和支持，讓他去總督寧遠防務。但袁崇煥尚未到寧遠，那裏就發生了兵變，其原因很簡單，軍隊沒有糧餉。當時中央無力，財富均被各級官員和地主刮走，國庫空虛，拿不出錢來發軍餉。袁崇煥則建議用內帑（即皇宮中的錢）來發餉，崇禎是一個愛財如命的人，聽後十分生氣，從此對袁崇煥有了看法，不再像以前那樣信任他了。
不久以後，袁崇煥誅殺皮島大將毛文龍又引起了崇禎的疑忌。
皮島是遼東南部海中的一個島嶼，地勢十分重要，北可聯清，東可控朝鮮，西南則可衛護膠東半島的蓬萊、登州。皮島守將毛文龍曾抗滿清有功，但他後來成了魏忠賢的幹兒子，還貪汙橫行不法，並曾寫信給皇太極說：“爾取山海關，我取山東”。袁崇煥為了安定形勢，消除隱患，便於1623年（崇禎二年）7月伏兵捉住了毛文龍，宣布了他的十二條罪狀，請出尚方寶劍，將他誅殺。
袁崇煥向崇禎報告了誅殺毛文龍的原因和經過，崇禎十分驚訝，認為他擅殺大將，別有用心。但因當時正依靠袁崇煥來抗清，就未加責備。
皇太極知道自己的力量敵不過明朝，所以一直想議和，但崇禎極其傲慢，根本不予承認，雖經袁崇煥從中調停，總是不能成功。於是，1629年（崇禎二年）11月，皇太極率兵十餘萬，繞開袁崇煥駐防的寧西，從西路直奔北京，經過艱難的行軍，攻進了長城，進迫遵化，明軍紛紛潰退，清軍攻克遵化。巡撫王元雍自殺，山海關總兵趙率教也戰死遵化城下。清軍攻下遵化後，直撲京師。這時袁崇煥率兵，火速來援，並沿途留下軍隊以截斷清軍退路。
袁崇煥於11月10日抵薊州，但清軍繞過薊州西進，接連攻下三河、香河等城，袁崇煥又急忙帶兵去保衛京師，駐兵於北京廣渠門外。
清軍的猛烈進攻嚇得崇禎魂飛魄散，京師一片慌亂。現在袁崇煥來了，崇禎心神略定，對他讚賞備至。袁崇煥認為部隊疲勞，要求入城休息，但崇禎心中十分疑忌，借故推托不許其部隊入城。袁崇煥又要求屯兵外城，崇禎也不答應。隻是催促他快與滿清軍隊交戰。
袁崇煥以兩晝夜三百餘裏的速度緊急增援京師，已是人困馬乏，但在崇禎的催促之下，不得不與滿清軍隊交戰。仗打得非常艱苦，兩軍相持了很久，袁崇煥身穿鎧甲，衝鋒陷陣，兩脅下受了幾處箭傷。後來滿清軍隊終於不支，退到南海子邊休整。崇禎見滿清軍隊沒有退遠，便急不可耐地催促袁崇煥追擊，甚至圍殲敵人。
這時雖然明軍來了幾路人馬，袁崇煥也統一了指揮權，但決戰時機很不成熟。萬一出城決戰，滿清軍隊以置之死地而後生的態度來與明軍拚命，明軍很有可能潰退。如果發生了這種情況，那北京城就頃刻而下了。因此，袁崇煥的堅守不戰是正確的。